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- EMDB-74526: Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74526
タイトルCryo-EM structure of human PI3KC3-C2
マップデータHalf map A
試料
  • 複合体: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: UV radiation resistance-associated gene protein
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードLipid kinase / endocytic sorting / cytokinesis / autophagosome maturation / lysosome recycling / LC3-associated phagocytosis / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein serine/threonine kinase activity / lytic vacuole / maintenance of Golgi location / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III ...regulation of protein serine/threonine kinase activity / lytic vacuole / maintenance of Golgi location / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / host-mediated activation of viral genome replication / presynaptic endosome / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / positive regulation of autophagosome assembly / response to L-leucine / early endosome to late endosome transport / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of autophagosome assembly / protein localization to phagophore assembly site / multivesicular body sorting pathway / receptor catabolic process / SMAD protein signal transduction / protein targeting to lysosome / late endosome to vacuole transport / endosome organization / pexophagy / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / positive regulation of autophagosome maturation / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / centrosome cycle / negative regulation of programmed cell death / phosphatidylinositol 3-kinase / spindle organization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / lysosome organization / response to vitamin E / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to iron(II) ion / Macroautophagy / SNARE complex assembly / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / RSV-host interactions / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autolysosome / autophagosome membrane / PI3K Cascade / chromosome, centromeric region / amyloid-beta metabolic process / autophagosome maturation / axoneme / autophagosome assembly / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / synaptic vesicle endocytosis / regulation of macroautophagy / cellular defense response / neuron development / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to copper ion / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SNARE binding / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / chromosome segregation / trans-Golgi network / circadian rhythm / protein processing / response to lead ion / GABA-ergic synapse / SH3 domain binding / autophagy / ISG15 antiviral mechanism / phagocytic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Protein kinase domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / Beclin-1 / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / UV radiation resistance-associated gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Chen M / Joiner A / Hurley JH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS134598 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus
著者: Chen M / Joiner A / Hurley JH
履歴
登録2025年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.4694857 - 0.8418478
平均 (標準偏差)0.00016118649 (±0.020341279)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_74526_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_74526_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II

全体名称: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II
要素
  • 複合体: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
    • タンパク質・ペプチド: UV radiation resistance-associated gene protein
    • タンパク質・ペプチド: Beclin-1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II

超分子名称: Human Phosphatidylinositol-3 kinase class III complex II
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

分子名称: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 162.838141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFMPSSFSYS SWATCWLLCC LIILAKNSSI DGIEATMGNQ LAGIAPSQIL SVESYFSDIH DFEYDKSLGS TRFFKVARAK HREGLVVVK VFAIQDPTLP LTSYKQELEE LKIRLNSAQN CLPFQKASEK ASEKAAMLFR QYVRDNLYDR ISTRPFLNNI E KRWIAFQI ...文字列:
MFMPSSFSYS SWATCWLLCC LIILAKNSSI DGIEATMGNQ LAGIAPSQIL SVESYFSDIH DFEYDKSLGS TRFFKVARAK HREGLVVVK VFAIQDPTLP LTSYKQELEE LKIRLNSAQN CLPFQKASEK ASEKAAMLFR QYVRDNLYDR ISTRPFLNNI E KRWIAFQI LTAVDQAHKS GVRHGDIKTE NVMVTSWNWV LLTDFASFKP TYLPEDNPAD FNYFFDTSRR RTCYIAPERF VD GGMFATE LEYMRDPSTP LVDLNSNQRR RGELKRAMDI FSAGCVIAEL FTEGVPLFDL SQLLAYRNGH FFPEQVLNKI EDH SIRELV TQMIHREPDK RLEAEDYLKQ QRGNAFPEIF YTFLQPYMAQ FAKETFLSAD ERILVIRKDL GNIIHNLCGH DLPE KAEGE PKENGLVILV SVITSCLQTL KYCDSKLAAL ELILHLAPRL SVEILLDRIT PYLLHFSNDS VPRVRAEALR TLTKV LALV KEVPRNDINI YPEYILPGIA HLAQDDATIV RLAYAENIAL LAETALRFLE LVQLKNLNME NDPNNEEIDE VTHPNG NYD TELQALHEMV QQKVVTLLSD PENIVKQTLM ENGITRLCVF FGRQKANDVL LSHMITFLND KNDWHLRGAF FDSIVGV AA YVGWQSSSIL KPLLQQGLSD AEEFVIVKAL YALTCMCQLG LLQKPHVYEF ASDIAPFLCH PNLWIRYGAV GFITVVAR Q ISTADVYCKL MPYLDPYITQ PIIQIERKLV LLSVLKEPVS RSIFDYALRS KDITSLFRHL HMRQKKRNGS LPDCPPPED PAIAQLLKKL LSQGMTEEEE DKLLALKDFM MKSNKAKANI VDQSHLHDSS QKGVIDLAAL GITGRQVDLV KTKQEPDDKR ARKHVKQDS NVNEEWKSMF GSLDPPNMPQ ALPKGSDQEV IQTGKPPRSE SSAGICVPLS TSSQVPEVTT VQNKKPVIPV L SSTILPST YQIRITTCKT ELQQLIQQKR EQCNAERIAK QMMENAEWES KPPPPGWRPK GLLVAHLHEH KSAVNRIRVS DE HSLFATC SNDGTVKIWN SQKMEGKTTT TRSILTYSRI GGRVKTLTFC QGSHYLAIAS DNGAVQLLGI EASKLPKSPK IHP LQSRIL DQKEDGCVVD MHHFNSGAQS VLAYATVNGS LVGWDLRSSS NAWTLKHDLK SGLITSFAVD IHQCWLCIGT SSGT MACWD MRFQLPISSH CHPSRARIRR LSMHPLYQSW VIAAVQGNNE VSMWDMETGD RRFTLWASSA PPLSELQPSP HSVHG IYCS PADGNPILLT AGSDMKIRFW DLAYPERSYV VAGSTSSPSV SYYRKIIEGT EVVQEIQNKQ KVGPSDDTPR RGPESL PVG HHDIITDVAT FQTTQGFIVT ASRDGIVKVW KGTENLYFQS GMAAWSHPQF EKGGGARGGS GGGSWSHPQF EKGFDYK DD DDK

UniProtKB: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4

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分子 #2: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.680328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS ...文字列:
MGEAEKFHYI YSCDLDINVQ LKIGSLEGKR EQKSYKAVLE DPMLKFSGLY QETCSDLYVT CQVFAEGKPL ALPVRTSYKA FSTRWNWNE WLKLPVKYPD LPRNAQVALT IWDVYGPGKA VPVGGTTVSL FGKYGMFRQG MHDLKVWPNV EADGSEPTKT P GRTSSTLS EDQMSRLAKL TKAHRQGHMV KVDWLDRLTF REIEMINESE KRSSNFMYLM VEFRCVKCDD KEYGIVYYEK DG DESSPIL TSFELVKVPD PQMSMENLVE SKHHKLARSL RSGPSDHDLK PNAATRDQLN IIVSYPPTKQ LTYEEQDLVW KFR YYLTNQ EKALTKFLKC VNWDLPQEAK QALELLGKWK PMDVEDSLEL LSSHYTNPTV RRYAVARLRQ ADDEDLLMYL LQLV QALKY ENFDDIKNGL EPTKKDSQSS VSENVSNSGI NSAEIDSSQI ITSPLPSVSS PPPASKTKEV PDGENLEQDL CTFLI SRAC KNSTLANYLY WYVIVECEDQ DTQQRDPKTH EMYLNVMRRF SQALLKGDKS VRVMRSLLAA QQTFVDRLVH LMKAVQ RES GNRKKKNERL QALLGDNEKM NLSDVELIPL PLEPQVKIRG IIPETATLFK SALMPAQLFF KTEDGGKYPV IFKHGDD LR QDQLILQIIS LMDKLLRKEN LDLKLTPYKV LATSTKHGFM QFIQSVPVAE VLDTEGSIQN FFRKYAPSEN GPNGISAE V MDTYVKSCAG YCVITYILGV GDRHLDNLLL TKTGKLFHID FGYILGRDPK PLPPPMKLNK EMVEGMGGTQ SEQYQEFRK QCYTAFLHLR RYSNLILNLF SLMVDANIPD IALEPDKTVK KVQDKFRLDL SDEEAVHYMQ SLIDESVHAL FAAVVEQIHK FAQYWRK

UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

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分子 #3: UV radiation resistance-associated gene protein

分子名称: UV radiation resistance-associated gene protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.258836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSASASVGGP VPQPPPGPAA ALPPGSAARA LHVELPSQQR RLRHLRNIAA RNIVNRNGHQ LLDTYFTLHL CSTEKIYKEF YRSEVIKNS LNPTWRSLDF GIMPDRLDTS VSCFVVKIWG GKENIYQLLI EWKVCLDGLK YLGQQIHARN QNEIIFGLND G YYGAPFEH ...文字列:
MSASASVGGP VPQPPPGPAA ALPPGSAARA LHVELPSQQR RLRHLRNIAA RNIVNRNGHQ LLDTYFTLHL CSTEKIYKEF YRSEVIKNS LNPTWRSLDF GIMPDRLDTS VSCFVVKIWG GKENIYQLLI EWKVCLDGLK YLGQQIHARN QNEIIFGLND G YYGAPFEH KGYSNAQKTI LLQVDQNCVR NSYDVFSLLR LHRAQCAIKQ TQVTVQKIGK EIEEKLRLTS TSNELKKKSE CL QLKILVL QNELERQKKA LGREVALLHK QQIALQDKGS AFSAEHLKLQ LQKESLNELR KECTAKRELF LKTNAQLTIR CRQ LLSELS YIYPIDLNEH KDYFVCGVKL PNSEDFQAKD DGSIAVALGY TAHLVSMISF FLQVPLRYPI IHKGSRSTIK DNIN DKLTE KEREFPLYPK GGEKLQFDYG VYLLNKNIAQ LRYQHGLGTP DLRQTLPNLK NFMEHGLMVR CDRHHTSSAI PVPKR QSSI FGGADVGFSG GIPSPDKGHR KRASSENERL QYKTPPPSYN SALAQPVTTV PSMGETERKI TSLSSSLDTS LDFSKE NKK KGEDLVGSLN GGHANVHPSQ EQGEALSGHR ATVNGTLLPS EQAGSASVQL PGEFHPVSEA ELCCTVEQAE EIIGLEA TG FASGDQLEAF NCIPVDSAVA VECDEQVLGE FEEFSRRIYA LNENVSSFRR PRRSSDK

UniProtKB: UV radiation resistance-associated gene protein

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分子 #4: Beclin-1

分子名称: Beclin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.953102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI ...文字列:
MEGSKTSNNS TMQVSFVCQR CSQPLKLDTS FKILDRVTIQ ELTAPLLTTA QAKPGETQEE ETNSGEEPFI ETPRQDGVSR RFIPPARMM STESANSFTL IGEASDGGTM ENLSRRLKVT GDLFDIMSGQ TDVDHPLCEE CTDTLLDQLD TQLNVTENEC Q NYKRCLEI LEQMNEDDSE QLQMELKELA LEEERLIQEL EDVEKNRKIV AENLEKVQAE AERLDQEEAQ YQREYSEFKR QQ LELDDEL KSVENQMRYA QTQLDKLKKT NVFNATFHIW HSGQFGTINN FRLGRLPSVP VEWNEINAAW GQTVLLLHAL ANK MGLKFQ RYRLVPYGNH SYLESLTDKS KELPLYCSGG LRFFWDNKFD HAMVAFLDCV QQFKEEVEKG ETRFCLPYRM DVEK GKIED TGGSGGSYSI KTQFNSEEQW TKALKFMLTN LKWGLAWVSS QFYNK

UniProtKB: Beclin-1

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分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.32 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
25.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
1.0 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Started from the related entry D_1000296487
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 234920
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: 9ZPD
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 95.23
得られたモデル

PDB-9zpc:
Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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