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- EMDB-74378: The TMD structure of native mouse AMPAR with 4 TARPs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74378
タイトルThe TMD structure of native mouse AMPAR with 4 TARPs
マップデータ
試料
  • 複合体: native AMPAR
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードiGluR / AMPA receptors / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Activation of AMPA receptors / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Synaptic adhesion-like molecules / LGI-ADAM interactions / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Activation of AMPA receptors / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Synaptic adhesion-like molecules / LGI-ADAM interactions / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / axonal spine / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of membrane potential / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cellular response to ammonium ion / response to sucrose / L-type voltage-gated calcium channel complex / myosin V binding / cerebellar mossy fiber / neuron spine / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / proximal dendrite / regulation of AMPA receptor activity / protein phosphatase 2B binding / response to arsenic-containing substance / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / channel regulator activity / cellular response to L-glutamate / ligand-gated calcium channel activity / cellular response to dsRNA / membrane hyperpolarization / nervous system process / dendritic spine membrane / beta-2 adrenergic receptor binding / long-term synaptic depression / protein targeting to membrane / cellular response to peptide hormone stimulus / voltage-gated calcium channel complex / cellular response to amine stimulus / peptide hormone receptor binding / response to psychosocial stress / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / response to morphine / perisynaptic space / spinal cord development / neuronal cell body membrane / neuromuscular junction development / protein kinase A binding / response to lithium ion / AMPA glutamate receptor activity / transmission of nerve impulse / immunoglobulin binding / adenylate cyclase binding / behavioral response to pain / AMPA glutamate receptor complex / regulation of receptor recycling / response to electrical stimulus / ionotropic glutamate receptor complex / asymmetric synapse / G-protein alpha-subunit binding / glutamate receptor binding / membrane depolarization / conditioned place preference / positive regulation of synaptic transmission / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / long-term memory / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density, intracellular component / response to fungicide / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / synapse assembly / excitatory synapse / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / dendritic shaft / synaptic membrane / PDZ domain binding / calcium channel regulator activity / response to cocaine / neuromuscular junction / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / response to nutrient levels / cerebral cortex development / response to calcium ion / receptor internalization / regulation of synaptic plasticity / recycling endosome
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-8 subunit / Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor / Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Glutamate receptor 1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fang CL / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Native AMPA receptor architecture reveals SynDIG4 engagement and auxiliary subunit heterogeneity
著者: Fang CL / Gouaux E
履歴
登録2025年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月29日-
マップ公開2026年4月29日-
更新2026年4月29日-
現状2026年4月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 392 pix.
= 323.4 Å		0.83 Å/pix.
x 392 pix.
= 323.4 Å		0.83 Å/pix.
x 392 pix.
= 323.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-1.1098804 - 1.6582763
平均 (標準偏差)0.00029571765 (±0.03674947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 323.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_74378_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_74378_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_74378_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : native AMPAR

全体名称: native AMPAR
要素
  • 複合体: native AMPAR
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor 2
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: native AMPAR

超分子名称: native AMPAR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Glutamate receptor 1

分子名称: Glutamate receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 55.260184 KDa
配列文字列: TYIVTTILED PYVMLKKNAN QFEGNDRYEG YCVELAAEIA KHVGYSYRLE IVSDGKYGAR DPDTKAWNGM VGELVYGRAD VAVAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSVVLFL VSRFSPYEWH S EEFEEGRD ...文字列:
TYIVTTILED PYVMLKKNAN QFEGNDRYEG YCVELAAEIA KHVGYSYRLE IVSDGKYGAR DPDTKAWNGM VGELVYGRAD VAVAPLTIT LVREEVIDFS KPFMSLGISI MIKKPQKSKP GVFSFLDPLA YEIWMCIVFA YIGVSVVLFL VSRFSPYEWH S EEFEEGRD QTTSDQSNEF GIFNSLWFSL GAFMQQGCDI SPRSLSGRIV GGVWWFFTLI IISSYTANLA AFLTVERMVS PI ESAEDLA KQTEIAYGTL EAGSTKEFFR RSKIAVFEKM WTYMKSAEPS VFVRTTEEGM IRVRKSKGKY AYLLESTMNE YIE QRKPCD TMKVGGNLDS KGYGIATPKG SALRGPVNLA VLKLSEQGVL DKLKSKWWYD KGECGSKDSG SKDKTSALSL SNVA GVFYI LIGGLGLAML VALIEFCYKS RSESKRMKGF CLIPQQSINE AIRTSTLPRN SGAGASGGSG SGENGRVVSQ DFPKS MQSI PCMSHSSGMP LGATGL

UniProtKB: Glutamate receptor 1

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分子 #2: Glutamate receptor 2

分子名称: Glutamate receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.118758 KDa
配列文字列: VVTTILESPY VMMKKNHEML EGNERYEGYC VDLAAEIAKH CGFKYKLTIV GDGKYGARDA DTKIWNGMVG ELVYGKADIA IAPLTITLV REEVIDFSKP FMSLGISIMI KKPQKSKPGV FSFLDPLAYE IWMCIVFAYI GVSVVLFLVS RFSPYEWHTE E FEDGRETQ ...文字列:
VVTTILESPY VMMKKNHEML EGNERYEGYC VDLAAEIAKH CGFKYKLTIV GDGKYGARDA DTKIWNGMVG ELVYGKADIA IAPLTITLV REEVIDFSKP FMSLGISIMI KKPQKSKPGV FSFLDPLAYE IWMCIVFAYI GVSVVLFLVS RFSPYEWHTE E FEDGRETQ SSESTNEFGI FNSLWFSLGA FMRQGCDISP RSLSGRIVGG VWWFFTLIII SSYTANLAAF LTVERMVSPI ES AEDLSKQ TEIAYGTLDS GSTKEFFRRS KIAVFDKMWT YMRSAEPSVF VRTTAEGVAR VRKSKGKYAY LLESTMNEYI EQR KPCDTM KVGGNLDSKG YGIATPKGSS LRNAVNLAVL KLNEQGLLDK LKNKWWYDKG ECGSGGGDSK EKTSALSLSN VAGV FYILV GGLGLAMLVA LIEFCYKSRA EAKRMKVAKN AQNINPSSSQ NSQNFATYKE GYNVYGIESV KI

UniProtKB: Glutamate receptor

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分子 #3: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 35.938746 KDa
配列文字列: MGLFDRGVQM LLTTVGAFAA FSLMTIAVGT DYWLYSRGVC KTKSVSENET SKKNEEVMTH SGLWRTCCLE GNFKGLCKQI DHFPEDADY EADTAEYFLR AVRASSIFPI LSVILLFMGG LCIAASEFYK TRHNIILSAG IFFVSAGLSN IIGIIVYISA N AGDPSKSD ...文字列:
MGLFDRGVQM LLTTVGAFAA FSLMTIAVGT DYWLYSRGVC KTKSVSENET SKKNEEVMTH SGLWRTCCLE GNFKGLCKQI DHFPEDADY EADTAEYFLR AVRASSIFPI LSVILLFMGG LCIAASEFYK TRHNIILSAG IFFVSAGLSN IIGIIVYISA N AGDPSKSD SKKNSYSYGW SFYFGALSFI IAEMVGVLAV HMFIDRHKQL RATARATDYL QASAITRIPS YRYRYQRRSR SS SRSTEPS HSRDASPVGV KGFNTLPSTE ISMYTLSRDP LKAATTPTAT YNSDRDNSFL QVHNCIQKDS KDSLHANTAN RRT TPV

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

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分子 #4: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 43.502938 KDa
配列文字列: MESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFS AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA ...文字列:
MESLKRWNEE RGLWCEKGVQ VLLTTIGAFS AFGLMTIAIS TDYWLYTRAL ICNTTNLTAG DDGPPHRGGS GSSEKKDPGG LTHSGLWRI CCLEGLKRGV CVKINHFPED TDYDHDSAEY LLRVVRASSI FPILSAILLL LGGVCVAASR VYKSKRNIIL G AGILFVAA GLSNIIGVIV YISANAGEPG PKRDEEKKNH YSYGWSFYFG GLSFILAEVI GVLAVNIYIE RSREAHCQSR SD LLKAGGG AGGSGGSGPS AILRLPSYRF RYRRRSRSSS RGSSEASPSR DASPGGPGGP GFASTDISMY TLSRDPSKGS VAA GLASAG GGGSGAGVGA YGGAAGAAGG GGAGSERDRG SSAGFLTLHN AFPKEAASGV TVTVTGPPAA PAPAPAPPAP AAPA PGTLS KEAAASNTNT LNRKTTPV

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

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分子 #5: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 11 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID

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分子 #6: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: OLC
分子量理論値: 356.54 Da
Chemical component information

ChemComp-OLC:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 112903
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る