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- EMDB-72632: attPsym bound large serine integrase and RDF complex in the dimer... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72632
タイトルattPsym bound large serine integrase and RDF complex in the dimeric state
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF fusion proteins.
    • タンパク質・ペプチド: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
    • DNA: attPsym
  • DNA: attPsym
  • リガンド: ZINC ION
キーワードSite-specific DNA Recombinase / Large serine integrase / DNA binding domains / Recombinase / Resolvase / Zinc ribbon recombinase / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Recombinase / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / : / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Resolvase homolog YokA / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
類似検索 - 構成要素
生物種Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Shin H / Olorunniji FJ / Rice PA
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)2223480 米国
UK Research and Innovation (UKRI)2223480 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2223480 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of directionality control in large serine integrases.
著者: Heewhan Shin / Ying Pigli / Tania Peña Reyes / James R Fuller / Femi J Olorunniji / Phoebe A Rice /
要旨: Large serine integrases (LSIs) catalyze unidirectional site-specific DNA recombination reactions, yet those reactions are reversed by the presence of a cognate recombination directionality factor ...Large serine integrases (LSIs) catalyze unidirectional site-specific DNA recombination reactions, yet those reactions are reversed by the presence of a cognate recombination directionality factor (RDF). Mechanistic understanding of directionality control has been hampered by a lack of structural information. Here, we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of six SPbeta integrase-DNA complexes along the integrative (-RDF) and excisive (+RDF) reaction pathways, at 4.16-7.18Å resolution. Our findings reveal how RDF-mediated repositioning of an integrase subdomain (1) dictates which pairs of DNA sites can be assembled into a synaptic complex to initiate recombination and (2) dictates which product complexes will be conformationally locked, preventing the back reaction. These mechanistic insights provide a conceptual framework for engineering efficient and versatile genome editing tools.
履歴
登録2025年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72632.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.8 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.8 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 340.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.597358 - 1.0504786
平均 (標準偏差)0.0011644525 (±0.022397876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 340.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_72632_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_72632_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_72632_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF f...

全体名称: attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF fusion proteins.
要素
  • 複合体: attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF fusion proteins.
    • タンパク質・ペプチド: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
    • DNA: attPsym
  • DNA: attPsym
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF f...

超分子名称: attPsym bound dimeric complex of large serine integrase and RDF fusion proteins.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Spbetavirus SPbeta (ウイルス)

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分子 #1: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized pr...

分子名称: Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
分子量理論値: 71.56018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MELKNIVNSY NITNILGYLR RSRQDMEREK RTGEDTLTEQ KELMNKILTA IEIPYELKME IGSGESIDGR PVFKECLKDL EEGKYQAIA VKEITRLSRG SYSDAGQIVN LLQSKRLIII TPYKVYDPRN PVDMRQIRFE LFMAREEFEM TRERMTGAKY T YAAQGKWI ...文字列:
MELKNIVNSY NITNILGYLR RSRQDMEREK RTGEDTLTEQ KELMNKILTA IEIPYELKME IGSGESIDGR PVFKECLKDL EEGKYQAIA VKEITRLSRG SYSDAGQIVN LLQSKRLIII TPYKVYDPRN PVDMRQIRFE LFMAREEFEM TRERMTGAKY T YAAQGKWI SGLAPYGYQL NKKTSKLDPV EDEAKVVQLI FNIFLNGLNG KDYSYTAIAS HLTNLQIPTP SGKKRWNQYT IK AILQNEV YIGTVKYKVR EKTKDGKRTI RPEKEQIVVQ DAHAPIIDKE QFQQSQVKIA NKVPLLPNKD EFELSELAGV CTC SKCGEP LSKYESKRIR KNKDGTESVY HVKSLTCKKN KCTYVRYNDV ENAILDYLSS LNDLNDSTLT KHINSMLSKY EDDN SNMKT KKQMSEHLSQ KEKELKNKEN FIFDKYESGI YSDELFLKRK AALDEEFKEL QNAKNELNGL QDTQSEIDSN TVRNN INKI IDQYHIESSS EKKNELLRMV LKDVIVNMTQ KRKGPIPAQF EITPILRFNF IFDLTATNSF HTSGSGGSGG SGGSGR SGT EPYQRYEELK KKTIKVVQKE NYSIRYITQD EASNDLDEFY KQFAQHLLEA ALERKAE

UniProtKB: Resolvase homolog YokA, SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN

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分子 #2: attPsym

分子名称: attPsym / タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: DNA duplex / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
分子量理論値: 20.761484 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
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分子 #3: attPsym

分子名称: attPsym / タイプ: dna / ID: 3 / 詳細: DNA duplex / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Spbetavirus SPbeta (ウイルス)
分子量理論値: 20.528189 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DA) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / 詳細: DNA duplex / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris

詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 24616
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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