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- EMDB-7116: CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7116
タイトルCryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state
マップデータCryo-EM structure of myosin VI-actin complex, B factor sharpened to -150
試料
  • 複合体: myosin VI-actin in the rigor (nucleotide-free) state
    • 複合体: myosin VI
      • タンパク質・ペプチド: Unconventional myosin-VI
    • 複合体: actin
      • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードCytoskeleton / Filament / complex / CONTRACTILE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CH domain binding / regulation of secretion / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / myosin complex / clathrin-coated vesicle / cytoskeletal motor activator activity / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding ...CH domain binding / regulation of secretion / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / myosin complex / clathrin-coated vesicle / cytoskeletal motor activator activity / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / myosin binding / actin filament bundle / microvillus / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / cytoskeletal motor activity / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / ruffle / clathrin-coated pit / actin filament polymerization / actin filament organization / actin filament / filopodium / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / intracellular protein transport / sensory perception of sound / ADP binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ruffle membrane / endocytosis / calcium-dependent protein binding / disordered domain specific binding / actin filament binding / intracellular protein localization / myelin sheath / actin cytoskeleton / lamellipodium / cell body / cytoplasmic vesicle / cell cortex / nuclear membrane / calmodulin binding / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / centrosome / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / : / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / ATPase, nucleotide binding domain / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-VI / Calmodulin / Actin, alpha skeletal muscle / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Gurel PS / Alushin GA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the Director5DP5OD017885 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures reveal specialization at the myosin VI-actin interface and a mechanism of force sensitivity.
著者: Gurel PS / Kim LY / Ruijgrok PV / Omabegho T / Bryant Z / Alushin GM
#1: ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2017
タイトル: Controllable molecular motors engineered from myosin and RNA.
著者: Omabegho T / Gurel PS / Cheng CY / Kim LY / Ruijgrok PV / Das R / Alushin GM / Bryant Z
履歴
登録2017年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月10日-
マップ公開2018年1月10日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 6
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  • 原子モデル: PDB-6bnp
  • 表面レベル: 6
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  • 原子モデル: PDB-6bnv
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6bnp
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  • 原子モデルPDB-6bnv
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of myosin VI-actin complex, B factor sharpened to -150
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-9.431532000000001 - 20.607714000000001
平均 (標準偏差)0.000000001548081 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 650.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z650.240650.240650.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-256-256-256
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-9.43220.6080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : myosin VI-actin in the rigor (nucleotide-free) state

全体名称: myosin VI-actin in the rigor (nucleotide-free) state
要素
  • 複合体: myosin VI-actin in the rigor (nucleotide-free) state
    • 複合体: myosin VI
      • タンパク質・ペプチド: Unconventional myosin-VI
    • 複合体: actin
      • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: myosin VI-actin in the rigor (nucleotide-free) state

超分子名称: myosin VI-actin in the rigor (nucleotide-free) state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 42 KDa

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超分子 #2: myosin VI

超分子名称: myosin VI / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #3: actin

超分子名称: actin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Unconventional myosin-VI

分子名称: Unconventional myosin-VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 79.837367 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EDGKPVWAPH PTDGFQVGNI VDIGPDSLTI EPLNQKGKTF LALINQVFPA EEDSKKDVED NCSLMYLNEA TLLHNIKVRY SKDRIYTYV ANILIAVNPY FDIPKIYSSE TIKSYQGKSL GTMPPHVFAI ADKAFRDMKV LKLSQSIIVS GESGAGKTEN T KFVLRYLT ...文字列:
EDGKPVWAPH PTDGFQVGNI VDIGPDSLTI EPLNQKGKTF LALINQVFPA EEDSKKDVED NCSLMYLNEA TLLHNIKVRY SKDRIYTYV ANILIAVNPY FDIPKIYSSE TIKSYQGKSL GTMPPHVFAI ADKAFRDMKV LKLSQSIIVS GESGAGKTEN T KFVLRYLT ESYGTGQDID DRIVEANPLL EAFGNAKTVR NNNSSRFGKF VEIHFNEKSS VVGGFVSHYL LEKSRICVQG KE ERNYHIF YRLCAGASED IRERLHLSSP DNFRYLNRGC TRYFANKETD KQILQNRKSP EYLKAGSLKD PLLDDHGDFI RMC TAMKKI GLDDEEKLDL FRVVAGVLHL GNIDFEEAGS TSGGCNLKNK STQALEYCAE LLGLDQDDLR VSLTTRVMLT TAGG AKGTV IKVPLKVEQA NNARDALAKT VYSHLFDHVV NRVNQCFPFE TSSYFIGVLD IAGFEYFEHN SFEQFCINYC NEKLQ QFFN ERILKEEQEL YQKEGLGVNE VHYVDNQDCI DLIEARLVGI LDILDEENRL PQPSDQHFTS AVHQKHKDHF RLSIPR KSK LAIHRNIRDD EGFIIRHFAG AVCYETTQFV EKNNDALHMS LESLICESRD KFIRELFESS TNNNKDTKQK AGKLSFI SV GNKFKTQLNL LLDKLRSTGA SFIRCIKPNL KMTSHHFEGA QILSQLQCSG MVSVLDLMQG GF

UniProtKB: Unconventional myosin-VI

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分子 #2: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Skeletal Muscle
分子量理論値: 41.560266 KDa
配列文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY ...文字列:
MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQK EIT ALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVH

UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMC14H24N2O10EGTA
10.0 mMC3H4N2imidazole
2.0 mMC4H11NO3Tris hydrochloride
0.5 mMC4H10O2S2dithiothreitol
200.0 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate
0.01 %NaN3sodium azide
10.0 U/mLApyraseApyrase

詳細: Buffer was filtered through 0.44 um filter and degassed.
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Sample was applied to a glow-discharged holey carbon grid. 3 uL actin was incubated for 60 seconds. 3 uL of myosin VI was added and incubated for 60 seconds. 3 uL solution was removed. An ...詳細: Sample was applied to a glow-discharged holey carbon grid. 3 uL actin was incubated for 60 seconds. 3 uL of myosin VI was added and incubated for 60 seconds. 3 uL solution was removed. An additional 3 uL of myosin VI was applied. After 60 seconds, 3 uL solution was removed, and the grid was blotted for 3 seconds from the backside with filter paper..
詳細0.45 mg/mL myosin VI was added to 0.025 mg/mL actin

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-24 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 778 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 28.06 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -166.73 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 56116
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1990


詳細: low-pass filtered to 35 A
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)

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原子モデル構築 1

詳細Initial models were assembled from 8 actins (3J8A) and 6 myosins (2BKI) through rigid body docking in Chimera, followed by flexible fitting with DireX. Resulting models were subjected to MDFF.
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 150
得られたモデル

PDB-6bnp:
CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state

PDB-6bnv:
CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state, backbone-averaged with side chains truncated to alanine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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