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- EMDB-71060: Flavobacterium johnsoniae 70S initiation complex with rpsU mRNA c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71060
タイトルFlavobacterium johnsoniae 70S initiation complex with rpsU mRNA containing Shine-Dalgarno sequence. State 1.
マップデータ
試料
  • 複合体: 70S initiation complex
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 51種
キーワードRibosome / initiation complex / Flavobacterium johnsoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily ...Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL20 ...Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / DUF4295 domain-containing protein / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS2 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ortega J / Arpin D
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structure of a specialized 70S initiation complex.
著者: Dominic Arpin / Bappaditya Roy / Fawwaz M Naeem / Kurt Fredrick / Joaquin Ortega /
要旨: Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes ...Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes contain the anti-SD (ASD) sequence of 16S ribosomal RNA (rRNA) but are "blind" to SD sequences. This occurs due to the sequestration of the ASD through interactions with bS21, bS18, and bS6 on the 30S platform domain. In many Bacteroidia, including Flavobacterium johnsoniae, there is one gene with an extended SD-rpsU, which encodes bS21. Ribosomes lacking bS21 exhibit high-level translation of rpsU, establishing an autoregulatory circuit in the cell. In this work, we investigate the structural basis of initiation on rpsU mRNA. We find using cryo-electron microscopy that initiation entails the formation of a 13-base pair SD-ASD helix that sterically occludes bS21. Mutations of bS21, bS18, or bS6 that compromise the platform pocket liberate the 3' tail of 16S rRNA, enable SD-ASD pairing, and enhance initiation. As initiation on rpsU mRNA depends on SD-ASD pairing, we infer that dissociation of bS21 from replete ribosomes limits their initiation rate. This work shows how a compositional change of the ribosome can govern translation of a specific gene.
履歴
登録2025年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 410.4 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 410.4 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 410.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.11195616 - 0.4653114
平均 (標準偏差)0.002379588 (±0.019820655)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 410.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71060_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_71060_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 70S initiation complex

全体名称: 70S initiation complex
要素
  • 複合体: 70S initiation complex
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S22
    • RNA: rpsU mRNA
    • RNA: fMet-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 16S rRNA

+
超分子 #1: 70S initiation complex

超分子名称: 70S initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#56
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

+
分子 #1: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 35.661992 KDa
配列文字列:
UUAAGGUGGU UAUUGCGGCG GGGCUCACCU CUUCCCAUCC CGAACAGAGA AGUUAAGCCC GCUUGCGCAG AUGGUACUGC AGUUUUGUG GGAGAGUAUG UCGUCGCCUU UC

GENBANK: GENBANK: CP000685.1

+
分子 #4: rpsU mRNA

分子名称: rpsU mRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 1.877157 KDa
配列文字列:
AUUAUG

+
分子 #5: fMet-tRNA

分子名称: fMet-tRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 24.786785 KDa
配列文字列:
CGCGGGGUGG AGCAGCCUGG UAGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGGUUCAAA UCCGGCCCCC GCAACCA

GENBANK: GENBANK: CP122315.1

+
分子 #55: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 927.297188 KDa
配列文字列: AAAUAAGGGC GUAUGGGGAA UGCCUAGGCU CUCAGAGGCG AUGAAGGACG UGAUAAGCUG CGAAAAGCUG CGGGGACUGG CACACACAG AUUGAUCCGC AGAUAUCCGA AUGGGGCAAC CCGCUAUAUU GAAGAUAUAG CACACCGAUA GGUGGGCAAA C CCGCUGAA ...文字列:
AAAUAAGGGC GUAUGGGGAA UGCCUAGGCU CUCAGAGGCG AUGAAGGACG UGAUAAGCUG CGAAAAGCUG CGGGGACUGG CACACACAG AUUGAUCCGC AGAUAUCCGA AUGGGGCAAC CCGCUAUAUU GAAGAUAUAG CACACCGAUA GGUGGGCAAA C CCGCUGAA CUGAAACAUC UAAGUAGGCG GAGGAGAAGA AAACAAAAGU GAUUCCGUAA GUAGUGGCGA GCGAACGCGG AU UAGCCCA AACCAGUGCU GUUACGGCAG UGCUGGGGUU GUAGGACCAC GACAUUUUAU GCAUGCAGAA CCGGAAGUUA CUG GAAAGU GACGCCAAAG AGGGUGAUAG CCCCGUAUGG GUAAUAAAUG UAAUAGAUAG UGGUAUCCUG AGUAGGGCGG GACA CGUGA AACCCUGUCU GAAUUCGGCG GGACCAUCCG CUAAGGCUAA AUACUCCUGA GAGACCGAUA GUGAACCAGU ACCGU GAGG GAAAGGUGAA AAGAACCGUG AAUAACGGAG UGAAAUAGAU CCUGAAACCA UACGCUUACA AGCGGUCGGA GCCCUU UCG UGGGGUGACG GCGUGCCUUU UGCAUAAUGA GCCUACGAGU UAACGCUGCU GGCAAGGAUA AGUACUUCAG GUACGGA UC CGCAGCGAAA GCGAGUCUGA AUAGGGCGCU UUAGUCAGUA GUGUUAGACG CGAAACCGUG UGAUCUACCC AUGGGCAG G UUGAAGCUGU GGUAACACAC AGUGGAGGAC CGAACCGGUU GACGUUGAAA AGUCUUCGGA UGACCUGUGG GUAGGGGUG AAAGGCCAAU CAAACUCGGA AAUAGCUCGU ACUCCCCGAA AUGCAUUUAG GUGCAGCGUU AGUUAUAAAG UUAUACAGAG GUAGAGCUA CUGAUUGGAU GCGGGGGCUU CACCGCCCAC CAAUUCCUGA CAAACUCCGA AUGCUGUAUA AUGUUCACUA A CAGUGAGG GCUUGGGUGC UAAGGUCCAA GUCCGAGAGG GAAAGAACCC AGACCAUCAG CUAAGGUCCC CAAAUAUAUG CU AAGUUGA AAGAACGAGG UUUGUCUGCC CAGACAGCUA GGAUGUUGGC UUGGAAGCAG CCAUUCAUUU AAAGAGUGCG UAA CAGCUC ACUAGUCGAG CGGACGAGCA UGGAUAAUAA UCGGGCAUAA GCAUAUUACC GAAGCUAUGG AUUUGCAAGU AAUU GCAAG UGGUAGGGGA GCAUUCUAAC AGGGUUGAAG GUUUUUCGUA AGGAGGGCUG GACUGGUUAG AAAAGAAAAU GUAGG CAUA AGUAACGAUA AUGCGGGCGA GAAACCCGCA CACCGAAAAA CUAAGGUUUC CACAGCUAUG CUAAUCAGCU GUGGGU UAG UCUGGUCCUA AGGCGAACCC GAAAGGGACA GUCGAUGGCU AACGGGUUAA UAUUCCCGUA CUACUAAUUA CUGUGAU GG GGUGACGGAG UGAUGAAAGC GCCGCGAACU GACGGAAUAG UUCGUUGAAG UACCUAGCUA UAGGUCCUGU AGUAAAAU G CGCAGGAACU GGUGAAAUAC GAUAGUACUC GGAGUCUUCG GACAAAGAGA UAGUGCGCCU AAGGGCUUCC AAGAAAAAC CUCUAAACUU CAGGUAAUUA GUACCAGUAC CGUAAACCGA CACAGGUAGU UGAGGAGAGA AUCCUAAGGU GCUCGAGAUA UUCAUGGCU AAGGAAUUAG GCAAAAUAGA CCUGUAACUU CGGGAGAAAG GUCGCCCUGA GCAAUCAGGG CCGCAGUGAA G AGGUCCAG GCGACUGUUU AUCAAAAACA CAGGGCUCUG CAAAAUCGUA AGAUGAAGUA UAGGGCCUGA CACCUGCCCG GU GCUGGAA GGUUAAGAGG AGAUGUUAUC UUCGGAGAAG CAUUGAAUUG AAGCCCCAGU AAACGGCGGC CGUAACUAUA ACG GUCCUA AGGUAGCGAA AUUCCUUGUC GGGUAAGUUC CGACCUGCAC GAAUGGUGUA ACGAUCUGGA CACUGUCUCA GCCA UGAGC UCGGUGAAAU UGUAGUAACG GUGAAGAUGC CGUUUACCCG CAGUGGGACG AAAAGACCCU GUGCACCUUU ACUAU AGCU UAGUACUGAC CUUGGAUAAA UGAUGUGUAG GAUAGGUUGG AGACUAUGAA GCGGCGUCGC CAGGCGUUGU GGAGUC AUU GUUGAAAUAC AACCCUUUGU UUAUCUGAGG CCUAACCUCG CUAUGCGGGG GACAGUGCUU GGUGGGUAGU UUGACUG GG GUGGUCGCCU CCAAAAGAGU AACGGAGGCU UCUAAAGGUU CCCUCAGUAC GCUUGGUAAC CGUGCGUAGA GUGCAAUG G CAUAAGGGAG CUUGACUGAG AGACAUACAG GUCGAUCAGG UACGAAAGUA GAGCAUAGUG AUCCGGUGGU UCCGCAUGG AAGGGCCAUC GCUCAAAGGA UAAAAGGUAC GCCGGGGAUA ACAGGCUGAU CUCCCCCAAG AGUUCAUAUC GACGGGGGGG UUUGGCACC UCGAUGUCGG CUCGUCACAU CCUGGGGCUG GAGAAGGUCC CAAGGGUUGG GCUGUUCGCC CAUUAAAGUG G UACGCGAG CUGGGUUCAG AACGUCGUGA GACAGUUCGG UCUCUAUCUA CUGCGGGCGU UAGAAAUUUG AGUGGAUCUG AU UCUAGUA CGAGAGGACC GAAUUGGACU AACCUCUAGU GUAUCUGUUG UCCCGCCAGG GGCACCGCAG AGUAGCUACG UUG GGAAGG GAUAAGCGCU GAAAGCAUAU AAGCGCGAAA CCCACCACAA GAUGAGAUUU CUUUUAAGGA UCGUGGAAGA UGAC CACGU UGAUAGGCUA UAGAUGUAAA GGCAGUAAUG UCAUAGUCGA GUAGUACUAA UAAUCCG

GENBANK: GENBANK: CP031763.1

+
分子 #56: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 56 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 491.83325 KDa
配列文字列: UAUACGAUGA AGAGUUUGAU CCUGGCUCAG GAUGAACGCU AGCGGCAGGC UUAACACAUG CAAGUCGAGG GGUAGAAGUC UUCGGGCUU UGAGACCGGC GCACGGGUGC GUAACGCGUA UGCAAUCUGC CUUUCACAGA GGGAUAGCCC AGAGAAAUUU G GAUUAAUA ...文字列:
UAUACGAUGA AGAGUUUGAU CCUGGCUCAG GAUGAACGCU AGCGGCAGGC UUAACACAUG CAAGUCGAGG GGUAGAAGUC UUCGGGCUU UGAGACCGGC GCACGGGUGC GUAACGCGUA UGCAAUCUGC CUUUCACAGA GGGAUAGCCC AGAGAAAUUU G GAUUAAUA CCUCAUAGUA UUAUAGAGCG GCAUCACUUU AUAAUUAAAG UCACAACGGU GAAAGAUGAG CAUGCGUCCC AU UAGCUAG UUGGUAAGGU AACGGCUUAC CAAGGCCACG AUGGGUAGGG GUCCUGAGAG GGAGAUCCCC CACACUGGUA CUG AGACAC GGACCAGACU CCUACGGGAG GCAGCAGUGA GGAAUAUUGG UCAAUGGACG CAAGUCUGAA CCAGCCAUGC CGCG UGCAG GAUGACGGUC CUAUGGAUUG UAAACUGCUU UUGUACGAGA AGAAACACUC CUAUAUAUAG GAGCUUGACG GUAUC GUAA GAAUAAGGAU CGGCUAACUC CGUGCCAGCA GCCGCGGUAA UACGGAGGAU CCAAGCGUUA UCCGGAAUCA CUGGGU UUA AAGGGUCCGU AGGCGGUUUA GUAAGUCAGU GGUGAAAGCC CAUCGCUCAA CGGUGGAACG GCCAUUGAUA CUGCUGA AC UUGAAUUACU GGGAAGUAAC UAGAAUAUGU AGUGUAGCGG UGAAAUGCUU AGAUAUUACA UGGAAUACCA AUUGCGAA G GCAGGUUACU ACCAGUUUAU UGACGCUGAU GGACGAAAGC GUGGGGAGCG AACAGGAUUA GAUACCCUGG UAGUCCACG CCGUAAACGA UGGAUACUAG CUGUUGGGCG CAAGUUCAGU GGCUAAGCGA AAGUGAUAAG UAUCCCACCU GGGGAGUACG AACGCAAGU UUGAAACUCA AAGGAAUUGA CGGGGGCCCG CACAAGCGGU GGAACAUGUG GUUUAAUUCG AUGAUACGCG A GGAACCUU ACCAAGGCUU AAAUGCAGAC UGACCGAUUU GGAAACAGAU CUUAUCGCAA GACAGUUUAC AAGGUGCUGC AU GGUUGUC GUCAGCUCGU GCCGUGAGGU GUCAGGUUAA GUCCUAUAAC GAGCGCAACC CCUGUUGUUA GUUGCCAGCG AGU GAUGUC GGGAACUCUA ACAAGACUGC CAGUGCAAAC UGUGAGGAAG GUGGGGAUGA CGUCAAAUCA UCACGGCCCU UACG CCUUG GGCUACACAC GUGCUACAAU GGCCGGUACA GAGAGCAGCC ACUGGGUGAC CAGGAGCGAA UCUAUAAAGC CGGUC ACAG UUCGGAUCGG AGUCUGCAAC UCGACUCCGU GAAGCUGGAA UCGCUAGUAA UCGGAUAUCA GCCAUGAUCC GGUGAA UAC GUUCCCGGGC CUUGUACACA CCGCCCGUCA AGCCAUGGAA GCUGGGGGUG CCUGAAGUCG GUGACCGCAA GGAGCUG CC UAGGGUAAAA CUGGUAACUA GGGCUAAGUC GUAACAAGGU AGCCGUACCG GAAGGUGCGG CUGGAACACC UCCUUUCU

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L38

分子名称: 50S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 5.569749 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAKKTVASLQ TSSKRLSKAI KMVKSPKTGA YIFVESIMAP ELVDEFLKKK

UniProtKB: DUF4295 domain-containing protein

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S22

分子名称: 30S ribosomal protein S22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 3.696608 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MPSGKKRKRH KVATHKRKKR ARANRHKKKK

UniProtKB: AURKAIP1/COX24 domain-containing protein

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 29.991619 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MSVRKLKPIT PGQRFRVVNG YDAITTDKPE RSLISPIKNS GGRNSQGKMT MRYTGGGHKQ RYRIIDFKRT KDGIPATVKS IEYDPNRTA FIALLAYADG EKTYIIAQNG LKVGQKLVSG PESQPEIGNT LPLSRIPLGT VISCIELRPG QGAVIARSAG T FAQLMARD ...文字列:
MSVRKLKPIT PGQRFRVVNG YDAITTDKPE RSLISPIKNS GGRNSQGKMT MRYTGGGHKQ RYRIIDFKRT KDGIPATVKS IEYDPNRTA FIALLAYADG EKTYIIAQNG LKVGQKLVSG PESQPEIGNT LPLSRIPLGT VISCIELRPG QGAVIARSAG T FAQLMARD GKYATIKMPS GETRLILLTC SATIGEVSNS DHQLVVSGKA GRTRWLGRRP RTRPVAMNPV DHPMGGGEGR SS GGHPRSR NGLPAKGYRT RSKKNPSNKY IVERRKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 21.975359 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MSGLIGKKIG MTSIFDENGK NIPCTVIEAG PCVVTQVRTN EVDGYEALQL GFDDKNEKHS TKAALGHFKK AGTVAKKKVV EFQDFAAAQ ALGDLIDVSI FEEGEFVDVQ GVSKGKGFQG VVKRHGFGGV GQATHGQHQR LRAPGSVGAS SYPSRVFKGM R MAGRMGGD ...文字列:
MSGLIGKKIG MTSIFDENGK NIPCTVIEAG PCVVTQVRTN EVDGYEALQL GFDDKNEKHS TKAALGHFKK AGTVAKKKVV EFQDFAAAQ ALGDLIDVSI FEEGEFVDVQ GVSKGKGFQG VVKRHGFGGV GQATHGQHQR LRAPGSVGAS SYPSRVFKGM R MAGRMGGD NVKVQNLRVL KVVAEKNLLV VKGCIPGHKN SYVIIQK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 23.187557 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MEVKVLDFNG KDTGRKVQLS DSVFAIEPNN HAVYLDVKQY LANQRQGTHK AKERAEVTGS TRKIKKQKGT GTARAGSVKN PLFKGGGTV FGPRPRSYSF KLNKNLKRLA RKSAFSIKAK ESNIIVLEDF NFEAPNTKNF INVLKALGLE NKKSLFVLGE S NKNVYLSS ...文字列:
MEVKVLDFNG KDTGRKVQLS DSVFAIEPNN HAVYLDVKQY LANQRQGTHK AKERAEVTGS TRKIKKQKGT GTARAGSVKN PLFKGGGTV FGPRPRSYSF KLNKNLKRLA RKSAFSIKAK ESNIIVLEDF NFEAPNTKNF INVLKALGLE NKKSLFVLGE S NKNVYLSS RNLKASNVVT SSELSTYAIL NTNNLVLLEG SLELIEENLS K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 20.79932 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAYTPRLKEE YKSRVISALK EEFGYTNVMQ VPKLEKIVLS RGVGAAVSDK KLIDYAVDEL TKITGQKAVI TKARKSVAGF KIRQGYPIG CKVTLRGERM WEFFERLITI AVPRIRDFRG LSAKSFDGRG NYSMGVREQI IFPEIDYDKV DRVRGMDITF V TTAKTDKE AKSLLAELGL PFKKN

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 19.420445 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSRIGKSPIV IPAGVTVEVK DGIITVKGKK GQLVQEFSDV NVTVEGDQVL VERSSDHKDH RAKHGLFRSL ISNMVVGVSE GFTKELELV GVGYRAANQG NKLDLALGYS HNIVLEIAPE VSLETISEAG ANPIVKLTSF DKQLLGQVAA KIRGFRKPEP Y KGKGVKFV GEVLRRKAGK SA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 15.968622 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MEIILKQDVQ NLGFKDDVVS VKPGYGRNFL IPQGFATLAT PSAKKVLAEN LKQRAHKEAK IVADAKALAE TLKALEIKLT AKAGGEKLF GSITNIDIAE ALEKSGNAID RKFITSGVVK RIGKYNATVR LHRDVIVELP YEIVAEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 28.10758 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MANKIEVKEL LEAGVHFGHM TRKWDPNMAP YIYMERNGIH IINLYKTAAK IEEANEALKK IAASGRKILF VATKKQAKDI VADKAKAAN MPYITERWPG GMLTNFVTIR KAVKKMSSID KMKKDGTFNT LSKKERLQVD RLRAKLEKNL GSIADMSRLP A ALFVVDIK ...文字列:
MANKIEVKEL LEAGVHFGHM TRKWDPNMAP YIYMERNGIH IINLYKTAAK IEEANEALKK IAASGRKILF VATKKQAKDI VADKAKAAN MPYITERWPG GMLTNFVTIR KAVKKMSSID KMKKDGTFNT LSKKERLQVD RLRAKLEKNL GSIADMSRLP A ALFVVDIK AEHIAIKEAQ KLNIPVFAMV DTNSDPREVD YVIPANDDAS KSIDKILSLV TTAVIEGLSD RGAEKEVEAA EE APAAEAE AAPATEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 16.578273 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MDALSYKTIS ASKATVTKEW IVVDAEGHNL GRLASKVAMI LRGKYKPSYT PHVDCGDNVI VINSEKINLT GTKLNDKIYM RHTGYPGGQ RTLTAKVLQS KNPALLVEKA VKGMLPKNKL GAELFRNLNV VVGSEHTHGA QKPRTVNLND LK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 13.339537 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MVQQESRLKV ADNTGAKEVL TIRVLGGTKR RYASVGDKIV VSIKDATPNG NVKKGAVSTA VVVRTKKEVR RADGSYIRFD DNACVLLNA AGEMRGTRVF GPVARELREK QFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 15.994265 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MNLSNLQPAE GSTHNQNKRV GRGEGSGKGG TAARGHKGAK SRSGYSKKIG FEGGQMPLQR RVPKFGFKNI NRKEYEGVNL DTLQLLVDN GVITDSVSMT DFVANRLASK NEIVKILGRG ELKAKLKVTA HKFTATAKAA IEAAGGEAVT I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 16.075122 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MLQPKRTKYR KVQKGRMKGN SQRGHELSNG MFGIKSVHED GMFLTSRQIE AARIAATRYM KREGQLWIKI FPDKPITKKP LEVRMGKGK GAVEYWWAVV KPGRIMFEVG GVPLSVAKEA LRLAAQKLPV KTKFVVARDF EA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 18.092869 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MRHGKKINHL SRQTGHRKAM LANMACSLIE HKRINTTVAK AKALKQFVEP LITKSKEDTT HNRRIVFAYL RSKYAVTDLF RDVAAKVGD RPGGYTRIIK VGNRLGDNAD MAMIELVDFN ELYNGGKKEV KKAKSRRGGK AKKAEGTAPE APAAESESTT E ASE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 12.66072 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSLTKSERRQ RIKFRIRKTI SGSAAKPRLS VFRSNKEIYA QLIDDVNGVT ILAASSREKE IAKGTNVEIA AAVGKLVAEK ALKAGIDTI TFDRGGYLYH GRIKSLAEGA RAAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 13.316622 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MADLLKFVQN EFVAKKDFPD FGAGDTITVF YEIKEGEKTR TQFFKGVVIQ RRGSGTTETF TIRKMSGAIG VERIFPVNLP ALQKIEINK KGAVRRARIF YFRELTGKKA KIKDKLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 13.244699 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MPRSVNSVAK RARRKKIMKQ AKGFFGRRKN VWTVAKNAVE KAMSYAYRDR KQNKRNFRSL WIQRINAGAR LEGMSYSQFM GKVKANGIE LNRKVLADLA MNHPEAFKAI LNKVK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 15.90152 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MYAIVEIAGQ QFKVSKDLKV YVHRLANEEG SKVSFDKVLL LDDNGNVTLG APAIEGASVE AKVLQHLKGD KVIVFKKKRR KGYKKRNGH RQYLTQIVIE GITAAGGTKK AAAKKAVVAE EAAATEEVEA APKAKKAAPK AKKEATKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 15.475993 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MGVRKRETAD ARKEANKSIA FAKLNNCPTS PRKMRLVADL VRGQKVERAL NILRFSSKEA SRKLEKLLLS AINNWEQKNS EGNLEEAGL FVKEIRVDGG MMLKRLRPAP QGRAHRIRKR SNHVTIVLGA INNTQSNS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 10.690438 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSIIIRPIVT EKVTKESEVL NRFGFVVDKK ANKVQIKKAV EAAYGVTIVS VNTMNVRPDR STKYTKSGLI SGKTNAIKKA IVQVQEGET IDFYNNI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 11.439517 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MIKLKIKSGD IVRVIAGDHK GAEGKVLRVY REKNKAIVEG VNLVSKHTKP SAKNPQGGIV KKEASIQISN IALIDPKTKE TTRVGIRVE GDKKVRFSKK SNQVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 21.89165 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MKSITIKGSE RESVGKVSTK ALRNAGAVPC VLYGGNQAVH FSADAAAFKN LVYTPNAHTV VIELGAGKSF NAILQDIQVH PVTDKILHI DFFQLFDDKE ITMEVPVKIV GTSKGVLAGG VLRLNQRKLK VKALPANIPE FVEADITPLE MGNKLYVTKV G KPEYKIMH ...文字列:
MKSITIKGSE RESVGKVSTK ALRNAGAVPC VLYGGNQAVH FSADAAAFKN LVYTPNAHTV VIELGAGKSF NAILQDIQVH PVTDKILHI DFFQLFDDKE ITMEVPVKIV GTSKGVLAGG VLRLNQRKLK VKALPANIPE FVEADITPLE MGNKLYVTKV G KPEYKIMH PDNTVVAQVR ISRAAMKAAQ EAAKAAKAPA KGKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 9.422824 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAHKKGVGSS KNGRESESKR LGVKIYGGQA AIAGNIIVRQ RGSKHNPGEN VYISKDHTLH ARVAGVVKFQ KKRDNKSYVS IIPFEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 8.942626 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSRVCDLTGK RAMVGNNVSH AMNKTKRKFS VNLVKKRFYL PEEDRWITLR VQRSTIKTIN KNGITAVLKK AQSAGFIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 7.189451 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MKQSEIKDLS AAELQEKLSQ TKKVYADLKM AHAISPIANP LRIRSVRRTV ARLATELTKR ELQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 6.643993 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAKLLVKQVR SKINCPLSQK RGLEALGLRK LGQVVEHESN PAILGMINKV KHLVSVEEAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 9.646128 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MKKGIHPENY RLVAFKDMSN DDVFITKSTA DTKETIEVDG VEYPVVKMEI SRTSHPFYTG KSKLIDTAGR IDKFKTKYAK HAKK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L31

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 7.518691 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAHPKRKTSK TRRDKRRTHY KATVAQIATC PITGEAHLYH RAYWHEGKMY YRGQVVIDKS EAVA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 6.935232 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAKKGNRIQV ILECTEHKTS GVPGTSRYIT TKNKKNTPDR LEIKKFNPIL KRVTVHKEIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 6.324544 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSKRTFQPSK RKRRNKHGFM DRMASANGRK VLARRRAKGR HKLTVSSEPR HKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 7.522242 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MPKMKTKSSA KKRFKVTGSG KIKRKHAFKS HILTKKSKKR KLALTHSALV HKTDEKSIKQ QLRII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 4.557577 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MKVRASVKKR SAECIIVRRK GRLYVINKKN PRFKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 27.886365 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MGQKTNPIGN RLGIIRGWDS NWYGGNDYGD KLAEDHKIRK YIHARLSKAS VSKVIIERTL KLVTVTITTA RPGIIIGKGG QEVDKLKEE LKKVTDKEVQ INIFEIKRPE LDAYLVATSI ARQIESRISY RRAIKMAIAA SMRMNAEGIK VLISGRLNGA E MARSEGFK ...文字列:
MGQKTNPIGN RLGIIRGWDS NWYGGNDYGD KLAEDHKIRK YIHARLSKAS VSKVIIERTL KLVTVTITTA RPGIIIGKGG QEVDKLKEE LKKVTDKEVQ INIFEIKRPE LDAYLVATSI ARQIESRISY RRAIKMAIAA SMRMNAEGIK VLISGRLNGA E MARSEGFK EGRIPLSTFR ADIDYALAEA HTTYGRMGIK VWIMKGEVYG KRDLSPLAGM DKKQSGTGGG KGGDAPRGKS NF NKGGKPD ARKRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 22.950443 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列: MARYTGPKTK IARKFGEAIF GDDKSFEKRN YPPGQHGMAK KRGKKSEYAV QLMEKQKAKY SYGILEKQFR NLFEKASATK GVTGEVLLQ LCEARLDNVV FRMGIAPSRR GARQIVSHRH ITVNGEVVNI PSYHLKPGDK VAVREKSKSL EAIERSLSNS S HVYEWITW ...文字列:
MARYTGPKTK IARKFGEAIF GDDKSFEKRN YPPGQHGMAK KRGKKSEYAV QLMEKQKAKY SYGILEKQFR NLFEKASATK GVTGEVLLQ LCEARLDNVV FRMGIAPSRR GARQIVSHRH ITVNGEVVNI PSYHLKPGDK VAVREKSKSL EAIERSLSNS S HVYEWITW NNDLKEGTFV SVPARLQIPE NIKEQLIVEL YNK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 18.20602 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSKYKNVELV KPSGLELKDR LVSVNRVTKV TKGGRAFGFS AIVVVGDENG VVGHGLGKSK DVSEAIAKAV EDAKKNLVRI PLNGQSVPH EQKGKFGGAR VFLIPASHGT GVIAGGAVRS VLESVGIHDV LSKSQGSSNP HNVVKATFDA LLQMRSAHTV A KQRGVSLE KVFKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 13.376448 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MNHYETVFIL NPVLSEVQVK ETVTKFEEFL TSRGAEMVSK EDWGLKKMAY EIQNKKSGFY HLFEFKVAGE VLIAFETEFR RDERVMRFL TVSLDKHAIS WAERRRAKLK STKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 18.493707 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MRKRAAKKRP LLPDPRFNDQ LVTRFVNNLM WDGKKSTAFK VFYDAIDIIE TKKQNDEKTS LEIWKDALTN VMPHVEVRSR RVGGATFQI PMQIRPDRKI SMAMKWLILY ARRRNEKSMA QRLASECLAA AKEEGAAVKK RMDTHKMAEA NKAFSHFRF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 14.652163 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MYTDPIADYL TRVRNAVAAN HKVVEIPASN LKKEITKILF DQGYILSYKF EQNTVQGSIK IALKYDKDTK EPVIKDIQRI SKPGLRKYA GAAKLPRILN GLGIAIVSTS KGLMTGKQAK QLNVGGEVIC YVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 14.464888 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MGVIHKIGRR KTAVARVYVS EGTGNITVNK KEFATYFPTA TLQYKVLQPL SMTENVNNFD VKVNVYGGGT TGQAEAVRMA LARVMCEVN AENRGILKPE GLLTRDPRMV ERKKFGQKKA RKRFQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 11.44664 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSQKIRIKLK SYDHMLVDKS AEKIVKTVKT TGAVVTGPIP LPTHKKLFTV LRSPHVNKKA REQFEVMSYK RLIDIYSSSS KTIDALMKL ELPSGVEVEI KV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 13.700957 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAKATAKKRK VIVESTGEAH ISSTFNNIII SLTNKKGEVI AWSSAGKMGF RGSKKNTPYA AQMAAEDCSK VALEAGLKKV KVYVKGPGN GRESAIRSIH NGGIEVTEII DVTPMPHNGC RPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 14.121425 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MPTIQQLVRT GRTQITKKSK SVALDSCPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSAMR KVARVRLTNG NEVNAYIPGE GHNLQEHSIV LVRGGRVKD LPGVRYHIVR GALDTSGVAG RTQRRSKYGA KRPKEAKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 13.734152 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKTVANK KKATK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 10.211011 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MAKESMKARE VKREKTVAKY AEKRKALLEA GDYEGLQRLP KNASPVRLHN RCKLTGRPRG YIRQFGISRV TFREMANNGL IPGVKKASW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 10.565339 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MYLTKEKKEE IFAQHGDAKN TGKAEGQIAL FTYRISHLTE HLKKNRHDYN TERSLVLLVG KRRALLDYLK RKDINRYREI IKVLNIRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 20.106588 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSVKIRLQRH GKKGKPFYWV VAADARSKRD GKYLEKIGTY NPNTNPATVE LNLDSIVKWL HQGAQPTDTA RAILSYKGAL LKHHLDGGV RKGALTQEQA DAKLTAWLEA KAGKVDAKKD GLSKAQADAK AKALKAEKEV NDKRIAAAAK AEADAIAAAS A TEEAATEE VAEAAEEAPA AEENNETTEA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 10.1089 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MEEKRNLRKE RIGVVTSNKM DKSIVISEVR KVKHPLYGKF VLKTKKYVAH DETNDCNIGD TVRISETRPL SKTKCWRLVE ILERAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 11.378475 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MSTIEQSAKG KKDGDIRYLT PLNIETNKTK KYCRFKKSGI KYIDYKDADF LLKFVNEQGK ILPRRLTGTS LKYQRKVSVA VKRARHLAL MPYVADLLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 10.278883 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MARSLKKGPF VHYKLDKKVQ ENVESGKNSV VKTWSRASMI TPDFVGQTIA VHNGRQFVPV YVTENMVGHK LGEFSPTRSF RGHAGAKNK GKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 9.442211 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MANHKSALKR IRSNEKRRVL NRYQHKTTRN AIKALRLATD KSDAAAKLST VISMIDKLAK KNIIHDNKAS NLKSKLTKHV AKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 7.433809 KDa
組換発現生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
配列文字列:
MLIIPIKDGE NIDRALKRYK RKFDKTGTVR QLRARTAFIK PSVVKRAQIQ KAAYIQTLKD SLES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69489
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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