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- EMDB-70677: Cryo-EM structure of Candida albicans fluoride channel FEX in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70677
タイトルCryo-EM structure of Candida albicans fluoride channel FEX in complex with Fab fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: A complex of FEX with 10E8v4 Fab
    • 複合体: FEX
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41,Fluoride export protein 1
    • 複合体: 10E8v4 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 10E8v4 Fab Heavy Chian
      • タンパク質・ペプチド: 10E8v4 Fab Light Chain
キーワードFluoride channel / Fluoride exporter / FEX / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fluoride transmembrane transport / fluoride transmembrane transporter activity / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...fluoride transmembrane transport / fluoride transmembrane transporter activity / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Fluoride export protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母) / Homo sapiens (ヒト) / Candida albicans SC5314 (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å
データ登録者Kang C-Y / An MJ / Ohi MD / Stockbridge RB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128768 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The molecular basis of sodium-dependent fluoride export by the eukaryotic fluoride channel FEX
著者: Kang C-Y / An MJ / Ohi MD / Stockbridge RB
履歴
登録2025年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70677.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70677.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 293.568 Å		0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 293.568 Å		0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 293.568 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.099
最小 - 最大-0.7708014 - 0.95823455
平均 (標準偏差)0.00014806245 (±0.013944275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 293.568 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70677_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_70677_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70677_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70677_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of FEX with 10E8v4 Fab

全体名称: A complex of FEX with 10E8v4 Fab
要素
  • 複合体: A complex of FEX with 10E8v4 Fab
    • 複合体: FEX
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41,Fluoride export protein 1
    • 複合体: 10E8v4 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 10E8v4 Fab Heavy Chian
      • タンパク質・ペプチド: 10E8v4 Fab Light Chain

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超分子 #1: A complex of FEX with 10E8v4 Fab

超分子名称: A complex of FEX with 10E8v4 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: FEX

超分子名称: FEX / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母) / 株: SC5314

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超分子 #3: 10E8v4 Fab

超分子名称: 10E8v4 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 10E8v4 Fab Heavy Chian

分子名称: 10E8v4 Fab Heavy Chian / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.050922 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVRLVESGGG LVKPGGSLRL SCSASGFDFD NAWMTWVRQP PGKGLEWVGR ITGPGEGWSV DYAESVKGRF TISRDNTKNT LYLEMNNVR TEDTGYYFCA RTGKYYDFWS GYPPGEEYFQ DWGQGTLVIV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
EVRLVESGGG LVKPGGSLRL SCSASGFDFD NAWMTWVRQP PGKGLEWVGR ITGPGEGWSV DYAESVKGRF TISRDNTKNT LYLEMNNVR TEDTGYYFCA RTGKYYDFWS GYPPGEEYFQ DWGQGTLVIV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPK

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分子 #2: 10E8v4 Fab Light Chain

分子名称: 10E8v4 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.458945 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: SELTQDPAVS VALKQTVTIT CRGDSLRSHY ASWYQKKPGQ APVLLFYGKN NRPSGIPDRF SGSASGNRAS LTITGAQAED EADYYCSSR DKSGSRLSVF GGGTKLTVLS QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
SELTQDPAVS VALKQTVTIT CRGDSLRSHY ASWYQKKPGQ APVLLFYGKN NRPSGIPDRF SGSASGNRAS LTITGAQAED EADYYCSSR DKSGSRLSVF GGGTKLTVLS QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV AP

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分子 #3: Transmembrane protein gp41,Fluoride export protein 1

分子名称: Transmembrane protein gp41,Fluoride export protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: C. albicans Fluoride export protein 1, N-terminal epitope tag from HIV Transmembrane protein gp41,C. albicans Fluoride export protein 1, N-terminal epitope tag from HIV Transmembrane protein gp41
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida albicans SC5314 (酵母) / 株: SC5314
分子量理論値: 38.810254 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GGLWNWFDIT NWLWYIKNLL NIVHGAIWGV LVRKGLMSLT TYSGSFLSGV IWANFAACVV MGLAIDGEVF WIRLLEEKDY PNKGAIPVY TGLTTGFCGT VSSFSSVILE AFNKAADTDI GVRHHYPNGA YGIMQFLAVI LAQFGLSIMG FHMGKQFSAV V DNYLPLVT ...文字列:
GGLWNWFDIT NWLWYIKNLL NIVHGAIWGV LVRKGLMSLT TYSGSFLSGV IWANFAACVV MGLAIDGEVF WIRLLEEKDY PNKGAIPVY TGLTTGFCGT VSSFSSVILE AFNKAADTDI GVRHHYPNGA YGIMQFLAVI LAQFGLSIMG FHMGKQFSAV V DNYLPLVT KRIYKVLELT SMILGVVLVV ITCILIGVKK QGSWRSWTFS MLFAPFGALL RYYLSKFLNN KVSNFPLGTF TA NFLGTLL LAVFTLLARG KLPGGKGHIV TNTIALHVLE GLDDGFCGGL TTVSTFVVEL FGLKTLFSYR YGTISILVCF AGV VLILGS YNWSVGLGGE NLYFQSGSAW SHPQFEK

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160, Fluoride export protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMNaFSodium Fluoride
0.5 mMC24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.9 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: AlphaFold2 predicted model for FEX Protein and PDB 5IQ9 for 10E8v4 Fab
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 164326
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 詳細: non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
chain_id: c, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelUse AlphaFold2 to generate the FEX model.
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5iq9

得られたモデル

PDB-9op1:
Cryo-EM structure of Candida albicans fluoride channel FEX in complex with Fab fragment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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