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- EMDB-70666: Cryo-EM structure of vaccine-elicited antibody T6_P_H03 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70666
タイトルCryo-EM structure of vaccine-elicited antibody T6_P_H03 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT1
マップデータ
試料
  • 複合体: T6_P_H03 Fab in complex with HIV envelope trimer Q23-APEX-GT1
    • タンパク質・ペプチド: T6_P_H03 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: T6_P_H03 light chain
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp41 ectodomain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードimmune complex / neutralizing antibody / V2 apex / mouse model / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Roark RS / Shapiro LS / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2026
タイトル: Rapidly acquired HIV-1 neutralization breadth in a rhesus V2 apex knockin mouse model after a single bolus immunization.
著者: Amrit Raj Ghosh / Rumi Habib / Nitesh Mishra / Ryan S Roark / Madhav Akauliya / Ali A Albowaidey / Joel D Allen / Khaled Amereh / Gabriel Avillion / Maria Bottermann / Bo Liang / Namit ...著者: Amrit Raj Ghosh / Rumi Habib / Nitesh Mishra / Ryan S Roark / Madhav Akauliya / Ali A Albowaidey / Joel D Allen / Khaled Amereh / Gabriel Avillion / Maria Bottermann / Bo Liang / Namit Chaudhary / Sean Callaghan / Jonathan Dye / Xuduo Li / Jordan R Ellis-Pugh / Rohan Roy Chowdhury / Nicole E James / Xiaotie Liu / Laura Maiorino / Paula M Villavicencio / Rebecca Nedellec / Prabhgun Oberoi / Kirsten J Sowers / Younghoon Park / Thavaleak Prum / Linette Rodriguez / Maria Ssozi / Jonathan L Torres / Agnes A Walsh / John E Warner / Stephanie R Weldon / Liling Xu / Kevin Wiehe / Max Crispin / Andrew B Ward / Usha Nair / Beatrice H Hahn / Dennis R Burton / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / Darrell J Irvine / Raiees Andrabi / George M Shaw / Facundo D Batista /
要旨: Current immunization strategies to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 generally propose complex, multiboost regimens. In rhesus macaques, simian-human immunodeficiency virus ...Current immunization strategies to elicit broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against HIV-1 generally propose complex, multiboost regimens. In rhesus macaques, simian-human immunodeficiency virus (SHIV) infection rapidly drives the development of some bnAb classes sharing structural similarities with those in humans. Here, we generated a knockin (KI) mouse model with B cells bearing the unmutated common ancestor of a V2 apex-targeted bnAb lineage, V033-a. A single immunization with a germline-targeting native-like trimer, Q23-APEX-GT1, recapitulated the ontogeny of the mature rhesus bnAb in KI mice, including rare, disfavored somatic mutations. Resulting antibodies exhibited potent neutralization against a broad panel of heterologous HIV-1 strains. Boosting with Env escape mutant trimers further improved breadth and potency, and cryo-electron microscopy analysis revealed the structural basis for heterologous neutralization breadth. Nonhuman primate and mouse models combined with structure can serve as a platform for identifying and validating immunogens that streamline HIV vaccination regimens.
履歴
登録2025年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.14405657 - 0.3954819
平均 (標準偏差)-0.00009607754 (±0.014188132)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70666_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70666_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T6_P_H03 Fab in complex with HIV envelope trimer Q23-APEX-GT1

全体名称: T6_P_H03 Fab in complex with HIV envelope trimer Q23-APEX-GT1
要素
  • 複合体: T6_P_H03 Fab in complex with HIV envelope trimer Q23-APEX-GT1
    • タンパク質・ペプチド: T6_P_H03 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: T6_P_H03 light chain
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp41 ectodomain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: T6_P_H03 Fab in complex with HIV envelope trimer Q23-APEX-GT1

超分子名称: T6_P_H03 Fab in complex with HIV envelope trimer Q23-APEX-GT1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: T6_P_H03 heavy chain

分子名称: T6_P_H03 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.139137 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS NYWMNWVRQT PGKGLEWISG INSGGGSRSY ADSVMGRFII SRDNSKNTLS LQMNSLRAE DTAVYYCAKV DDDDYGYFDT VPGDLKKYYL KYWGRGVLVT VSSASTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC L VKGYFPEP ...文字列:
EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS NYWMNWVRQT PGKGLEWISG INSGGGSRSY ADSVMGRFII SRDNSKNTLS LQMNSLRAE DTAVYYCAKV DDDDYGYFDT VPGDLKKYYL KYWGRGVLVT VSSASTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC L VKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCG

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分子 #2: T6_P_H03 light chain

分子名称: T6_P_H03 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.481762 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDKVT ITCQASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKPLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYNSAPFSFG QGTEVEIKRT DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDKVT ITCQASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKPLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYNSAPFSFG QGTEVEIKRT DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRNEC

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分子 #3: HIV Env gp120

分子名称: HIV Env gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 56.731629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW RDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLDNVTEKFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLHCTNV TSVNTTGDRE ELKNCSFNMT T ELRDKRQK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW RDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLDNVTEKFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLHCTNV TSVNTTGDRE ELKNCSFNMT T ELRDKRQK VYSLFYRLDI VPINENQGSE YRLINCNTSA CTQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD EGFNGTGLCK NV STVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEKN ITIRSENITN NAKIIIVQLV QPVTIKCIRP NNYTRKSIRI GPGQAFYAMG DII GDIRQA HCNVSRSRWN KTLQEVAEKL RTYFGNKTII FANSSGGDLE ITTHSFNCGG EFFYCNTSGL FNSTWYVNST WNDT DSTQE SNDTITLPCR IKQIINMWQR AGQCMYAPPI PGVIKCESNI TGLLLTRDGG KDNNVNETFR PGGGDMRDNW RSELY KYKV VEIEPLGVAP TRCKRRVVE

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分子 #4: HIV Env gp41 ectodomain

分子名称: HIV Env gp41 ectodomain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.205666 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVRRG FLGAAGSTMG AASITLTVQA RQLLSGIVQP QNNLLRAPEA QQHLLKLGVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNKSLD EIWNNMTWLQ WDKEIGNYTQ LIYRLIEESQ NQQEKNEKEL LALD

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9bnp

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 140657
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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