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- EMDB-70545: Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70545
タイトルStructure of Mycobacterium smegmatis EtfD
マップデータCryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (sharpened)
試料
  • 複合体: Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD
    • タンパク質・ペプチド: Iron-sulfur-binding reductase
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: Non-cubane [4Fe-4S]-cluster
  • リガンド: 1,3,5,7-tetrathia-2$l^{2},4$l^{4},6$l^{2}-triferraspiro[3.3]heptane
キーワードoxidoreductase / membrane protein / electron transport chain / beta oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / : / Cysteine-rich domain / Cysteine-rich domain / Alpha-helical ferredoxin / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur-binding reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Courbon GM / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT191893 カナダ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2026
タイトル: Structural basis for EtfD-mediated coupling of β-oxidation and the respiratory chain in mycobacteria.
著者: Gautier M Courbon / Vadim Makarov / Stewart T Cole / Dirk Schnapinger / Sabine Ehrt / John L Rubinstein /
要旨: Targeting β-oxidation has been proposed as a strategy for shortening tuberculosis (TB) treatment by killing non-replicating Mycobacterium tuberculosis within granulomas where the pathogen relies on ...Targeting β-oxidation has been proposed as a strategy for shortening tuberculosis (TB) treatment by killing non-replicating Mycobacterium tuberculosis within granulomas where the pathogen relies on host-derived lipids. The protein EtfD is thought to couple β-oxidation of fatty acids with the respiratory chain in mycobacteria. However, the structure of EtfD is not known and, as the presumed link between two complex processes, its activity has been difficult to measure, impeding its exploitation as a drug target. Here we show that Mycobacterium smegmatis, a fast growing and nonpathogenic model for M. tuberculosis, relies on EtfD for extracting energy from β-oxidation. The electron cryomicroscopy structure of M. smegmatis EtfD reveals an unusual linear [3Fe-4S] cluster that has not been seen in other protein structures, and suggests how EtfD transfers electrons from β-oxidation to the respiratory chain. We devised an assay that couples EtfD activity to a fluorescent readout of proton pumping by the respiratory chain, which can be used to identify compounds that block mycobacteria from using β-oxidation to power oxidative phosphorylation.
履歴
登録2025年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70545.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70545.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 327.68 Å		1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 327.68 Å		1.02 Å/pix.
x 320 pix.
= 327.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.024 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-1.0467362 - 1.7700719
平均 (標準偏差)-0.000009377364 (±0.019762378)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 327.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (unsharpened)

ファイルemd_70545_additional_1.map
注釈CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (Half B)

ファイルemd_70545_half_map_1.map
注釈CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (Half B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (Half A)

ファイルemd_70545_half_map_2.map
注釈CryoEM map of Mycobacterium smegmatis EtfD (Half A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD

全体名称: Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD
要素
  • 複合体: Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD
    • タンパク質・ペプチド: Iron-sulfur-binding reductase
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: Non-cubane [4Fe-4S]-cluster
  • リガンド: 1,3,5,7-tetrathia-2$l^{2},4$l^{4},6$l^{2}-triferraspiro[3.3]heptane

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超分子 #1: Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD

超分子名称: Structure of Mycobacterium smegmatis EtfD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Iron-sulfur-binding reductase

分子名称: Iron-sulfur-binding reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 111.045625 KDa
配列文字列: MAHTLEVSRL IIGLLMTAIV LVFAAKRVLW LTKLIRSGQK TLDENGRKND LQKRITTQIT EVFGQTRLLR WSVPGIAHFF TMWGFFVLA SVYLEAYGVL FDPEFHIPFI GRWPVLGFLQ DFFAVAVLLG IIVFAIIRVV REPKKIGRDS RFYGSHTGGA W EILFMIFL ...文字列:
MAHTLEVSRL IIGLLMTAIV LVFAAKRVLW LTKLIRSGQK TLDENGRKND LQKRITTQIT EVFGQTRLLR WSVPGIAHFF TMWGFFVLA SVYLEAYGVL FDPEFHIPFI GRWPVLGFLQ DFFAVAVLLG IIVFAIIRVV REPKKIGRDS RFYGSHTGGA W EILFMIFL VIATYALFRG AAVNTLGERF PYQSGAFFSD FMAWILRPLG ATANMWIETV ALMGHIGVML VFLLIVLHSK HL HIGLAPI NVTFKRLPNG LGPLLPMESN GEYIDFEDPA EDAVFGKGKI EDFTWKGYLD FTTCTECGRC QSQCPAWNTG KPL SPKLVI MNLRDHMFAK APYILGEKPS PLESTPEGGL GEKARGEKHE QKHAHDHVPE SGFERILGSG PEQALRPLVG TEEQ GGVID PDVLWSCTNC GACVEQCPVD IEHIDHIVDM RRYQVMVESE FPGELGVLFK NLETKGNPWG QNAKDRTNWI DEVDF DVPV YGEDVDSFDG FEYLFWVGCA GAYEDRAKKT TKAVAELLAT AGVKFLVLGT GETCTGDSAR RSGNEFLFQQ LAAQNV ETI NELFEGVETV DRKIVVTCPH CFNTIGREYP QLGANYSVVH HTQLLNRLVR DKKLVPVKSV SEQNGQPVTY HDPCFLG RH NKVYEAPREL VEASGVTLKE MPRHADRGLC CGAGGARMWM EEHIGKRVNV ERTEEAMDTA STIATGCPFC RVMITDGV D DVAASRNVEK AEVLDVAQLL LNSLDTSKVT LPEKGTAAKE SEKRAAARAE AEAKAEAAAP PVEEAAPEAE APAAPAAGG AEAKPVTGLG MAGAAKRPGA KKAAPAAEAS AAPAAAPAPA KGLGLAGGAK RPGAKKAAAP AAEAPAAPAS DAPPVKGLGL AGGAKRPGA KKTAAAAPAE KPAATEAPEA SATPAAPAAP VKGLGLAAGA KRPGAKKTAA APAEKPAAAE TEAPAPAETA A PAEPAKPE PPVVGLGIAA GARRPGAKKA AAKPAAAPAP AAEKPAEQAA EPEKPAEKPA EPEKPEPPVV GLGIKPGAKR PG KR

UniProtKB: Iron-sulfur-binding reductase

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分子 #2: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

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分子 #3: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

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分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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分子 #6: Non-cubane [4Fe-4S]-cluster

分子名称: Non-cubane [4Fe-4S]-cluster / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 9S8
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-9S8:
Non-cubane [4Fe-4S]-cluster

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分子 #7: 1,3,5,7-tetrathia-2$l^{2},4$l^{4},6$l^{2}-triferraspiro[3.3]heptane

分子名称: 1,3,5,7-tetrathia-2$l^{2},4$l^{4},6$l^{2}-triferraspiro[3.3]heptane
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: A1CBX
分子量理論値: 295.795 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48053
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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