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- EMDB-6976: Structure of the Herpes simplex virus type 2 C-capsid with capsid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6976
タイトルStructure of the Herpes simplex virus type 2 C-capsid with capsid-vertex-specific component
マップデータfull_map
試料
  • ウイルス: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP19C
    • タンパク質・ペプチド: VP23
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP26
    • タンパク質・ペプチド: UL17
    • タンパク質・ペプチド: UL25
    • タンパク質・ペプチド: UL36
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / chromosome organization / viral process / virion component / viral penetration into host nucleus ...T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / chromosome organization / viral process / virion component / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Large tegument protein / DNA packaging tegument protein / UL17 / Capsid triplex subunit 1 / Triplex capsid protein 2 / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Wang JL / Yuan S / Zhu DJ / Tang H / Wang N / Chen WY / Gao Q / Li YH / Wang JZ / Liu HR ...Wang JL / Yuan S / Zhu DJ / Tang H / Wang N / Chen WY / Gao Q / Li YH / Wang JZ / Liu HR / Zhang XZ / Rao ZH / Wang XX
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of the herpes simplex virus type 2 C-capsid with capsid-vertex-specific component.
著者: Jialing Wang / Shuai Yuan / Dongjie Zhu / Hao Tang / Nan Wang / Wenyuan Chen / Qiang Gao / Yuhua Li / Junzhi Wang / Hongrong Liu / Xinzheng Zhang / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Herpes simplex viruses (HSVs) cause human oral and genital ulcer diseases. Patients with HSV-2 have a higher risk of acquiring a human immunodeficiency virus infection. HSV-2 is a member of the α- ...Herpes simplex viruses (HSVs) cause human oral and genital ulcer diseases. Patients with HSV-2 have a higher risk of acquiring a human immunodeficiency virus infection. HSV-2 is a member of the α-herpesvirinae subfamily that together with the β- and γ-herpesvirinae subfamilies forms the Herpesviridae family. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the HSV-2 C-capsid with capsid-vertex-specific component (CVSC) that was determined at 3.75 Å using a block-based reconstruction strategy. We present atomic models of multiple conformers for the capsid proteins (VP5, VP23, VP19C, and VP26) and CVSC. Comparison of the HSV-2 homologs yields information about structural similarities and differences between the three herpesviruses sub-families and we identify α-herpesvirus-specific structural features. The hetero-pentameric CVSC, consisting of a UL17 monomer, a UL25 dimer and a UL36 dimer, is bound tightly by a five-helix bundle that forms extensive networks of subunit contacts with surrounding capsid proteins, which reinforce capsid stability.
履歴
登録2018年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年10月10日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 1
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  • 原子モデル: PDB-5zz8
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6976.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full_map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1656. Å		1.38 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1656. Å		1.38 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1656. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-9.663976 - 16.874480999999999
平均 (標準偏差)0.00823836 (±0.7387605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120012001200
Spacing120012001200
セルA=B=C: 1656.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z120012001200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1656.0001656.0001656.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120012001200
D min/max/mean-9.66416.8740.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human herpesvirus 2

全体名称: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP19C
    • タンパク質・ペプチド: VP23
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: VP26
    • タンパク質・ペプチド: UL17
    • タンパク質・ペプチド: UL25
    • タンパク質・ペプチド: UL36

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超分子 #1: Human herpesvirus 2

超分子名称: Human herpesvirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10310 / 生物種: Human herpesvirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP19C

分子名称: VP19C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 50.566648 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列: MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ...文字列:
MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ALGSGRAESG CARAGLVSFN FLVAACAAAY DARDAAEAVR AHITTNYGGT RAGARLDRFS ECLRAMVHTH VF PHEVMRF FGGLVSWVTQ DELASVTAVC SGPQEATHTG HPGRPRSAVT IPACAFVDLD AELCLGGPGA AFLYLVFTYR QCR DQELCC VYVVKSQLPP RGLEAALERL FGRLRITNTI HGAEDMTPPP PNRNVDFPLA VLAASSQSPR CSASQVTNPQ FVDR LYRWQ PDLRGRPTAR TCTYAAFAEL GVMPDDSPRC LHRTERFGAV GVPVVILEGV VWRPGGWRAC A

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分子 #2: VP23

分子名称: VP23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 34.373785 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列: MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR ...文字列:
MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR TPGELPDLNV LYYNGARLSL VADVQQLASV NTELRSLVLN MVYSITEGTT LILTLIPRLL ALSAQDGYVN AL LQMQSVT REAAQLIHPE APMLMQDGER RLPLYEALVA WLAHAGQLGD ILALAPAVRV CTFDGAAVVQ SGDMAPVIRY P

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分子 #3: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 149.384375 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列: MAAPARDPPG YRYAAAMVPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA RVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN ...文字列:
MAAPARDPPG YRYAAAMVPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA RVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN VQAVLGAFER GTADQMLHVL LEKAPPLALL LPMQRYLDNG RLATRVARAT LVAELKRSFC DTSFFLGKAG HR REAIEAW LVDLTTATQP SVAVPRLTHA DTRGRPVDGV LVTTAAIKQR LLQSFLKVED TEADVPVTYG EMVLNGANLV TAL VMGKAV RSLDDVGRHL LEMQEEQLEA NRETLDELES APQTTRVRAD LVAIGDRLVF LEALEKRIYA ATNVPYPLVG AMDL TFVLP LGLFNPAMER FAAHAGDLVP APGHPEPRAF PPRQLFFWGK DHQVLRLSME NAVGTVCHPS LMNIDAAVGG VNHDP VEAA NPYGAYVAAP AGPGADMQQR FLNAWRQRLA HGRVRWVAEC QMTAEQFMQP DNANLALELH PAFDFFAGVA DVELPG GEV PPAGPGAIQA TWRVVNGNLP LALCPVAFRD ARGLELGVGR HAMAPATIAA VRGAFEDRSY PAVFYLLQAA IHGSEHV FC ALARLVTQCI TSYWNNTRCA AFVNDYSLVS YIVTYLGGDL PEECMAVYRD LVAHVEALAQ LVDDFTLPGP ELGGQAQA E LNHLMRDPAL LPPLVWDCDG LMRHAALDRH RDCRIDAGGH EPVYAAACNV ATADFNRNDG RLLHNTQARA ADAADDRPH RPADWTVHHK IYYYVLVPAF SRGRCCTAGV RFDRVYATLQ NMVVPEIAPG EECPSDPVTD PAHPLHPANL VANTVNAMFH NGRVVVDGP AMLTLQVLAH NMAERTTALL CSAAPDAGAN TASTANMRIF DGALHAGVLL MAPQHLDHTI QNGEYFYVLP V HALFAGAD HVANAPNFPP ALRDLARHVP LVPPALGANY FSSIRQPVVQ HARESAAGEN ALTYALMAGY FKMSPVALYH QL KTGLHPG FGFTVVRQDR FVTENVLFSE RASEAYFLGQ LQVARHETGG GVNFTLTQPR GNVDLGVGYT AVAATATVRN PVT DMGNLP QNFYLGRGAP PLLDNAAAVY LRNAVVAGNR LGPAQPLPVF GCAQVPRRAG MDHGQDAVCE FIATPVATDI NYFR RPCNP RGRAAGGVYA GDKEGDVIAL MYDHGQSDPA RPFAATANPW ASQRFSYGDL LYNGAYHLNG ASPVLSPCFK FFTAA DITA KHRCLERLIV ETGSAVSTAT AASDVQFKRP PGCRELVEDP CGLFQEAYPI TCASDPALLR SARDGEAHAR ETHFTQ YLI YDASPLKGLS L

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分子 #4: VP26

分子名称: VP26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 12.147707 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列:
MAAPQFHRPS TITADNVRAL GMRGLVLATN NAQFIMDNSY PHPHGTQGAV REFLRGQAAA LTDLGVTHAN NTFAPQPMFA GDAAAEWLR PSFGLKRTYS PFVVRDPKTP STP

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分子 #5: UL17

分子名称: UL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 74.747805 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列: MNAHFANEVQ YDLTRDPSSP ASLIHVIISS ECLAAAGVPL SALVRGRPDG GAAANFRVET QTRAHATGDC TPWRSAFAAY VPADAVGAI LAPVIPAHPD LLPRVPSAGG LFVSLPVACD AQGVYDPYTV AALRLAWGPW ATCARVLLFS YDELVPPNTR Y AADGARLM ...文字列:
MNAHFANEVQ YDLTRDPSSP ASLIHVIISS ECLAAAGVPL SALVRGRPDG GAAANFRVET QTRAHATGDC TPWRSAFAAY VPADAVGAI LAPVIPAHPD LLPRVPSAGG LFVSLPVACD AQGVYDPYTV AALRLAWGPW ATCARVLLFS YDELVPPNTR Y AADGARLM RLCRHFCRYV ARLGAAAPAA ATEAAAHLSL GMGESGTPTP QASSVSGGAG PAVVGTPDPP ISPEEQLTAP GG DTATAED VSITQENEEI LALVQRAVQD VTRRHPVRAR PKHAASGVAS GLRQGALVHQ AVSGGALGAS DAEAVLAGLE PPG GGRFAT PGGPRAAGED VLNDVLTLVP GTAKPRSLVE WLDRGWEALA GGDRPDWLWS RRSISVVLRH HYGTKQRFVV VSYE NSVAW GGRRARPPRL SSELATALTE ACAAERVVRP HQLSPAAQTA LLRRFPALEG PLRHPRPVLQ PFDIAAEVAF VARIQ IACL RALGHSIRAA LQGGPRIFQR LRYDFGPHQS EWLGEVTRRF PVLLENLMRA LEGTAPDAFF HTAYALAVLA HLGGQG GRG RRRRLVPLSD DIPARFADSD AHYAFDYYST SGDTLRLTNR PIAVVIDGDV NGREQSKCRF MEGSPSTAPH RVCEQYL PG ESYAYLCLGF NRRLCGLVVF PGGFAFTINT AAYLSLADPV ARAVGLRFCR GAATGPGLVR

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分子 #6: UL25

分子名称: UL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 63.623836 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列: MDPYYPFDAL DVWEHRRFIV ADSRSFITPE FPRDFWMLPV FNIPRETAAE RAAVLQAQRT AAAAALENAA LQAAELPVDI ERRIRPIEQ QVHHIADALE ALETAAAAAE EADAARDAEA RGEGAADGAA PSPTAGPAAA EMEVQIVRND PPLRYDTNLP V DLLHMVYA ...文字列:
MDPYYPFDAL DVWEHRRFIV ADSRSFITPE FPRDFWMLPV FNIPRETAAE RAAVLQAQRT AAAAALENAA LQAAELPVDI ERRIRPIEQ QVHHIADALE ALETAAAAAE EADAARDAEA RGEGAADGAA PSPTAGPAAA EMEVQIVRND PPLRYDTNLP V DLLHMVYA GRGAAGSSGV VFGTWYRTIQ ERTIADFPLT TRSADFRDGR MSKTFMTALV LSLQSCGRLY VGQRHYSAFE CA VLCLYLL YRTTHESSPD RDRAPVAFGD LLARLPRYLA RLAAVIGDES GRPQYRYRDD KLPKAQFAAA GGRYEHGALA THV VIATLV RHGVLPAAPG DVPRDTSTRV NPDDVAHRDD VNRAAAAFLA RGHNLFLWED QTLLRATANT ITALAVLRRL LANG NVYAD RLDNRLQLGM LIPGAVPAEA IARGASGLDS GAIKSGDNNL EALCVNYVLP LYQADPTVEL TQLFPGLAAL CLDAQ AGRP LASTRRVVDM SSGARQAALV RLTALELINR TRTNTTPVGE IINAHDALGI QYEQGLGLLA QQARIGLASN AKRFAT FNV GSDYDLLYFL CLGFIPQYLS VA

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分子 #7: UL36

分子名称: UL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 330.616156 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus sabaeus (オナガザル)
配列文字列: MIPAALPHPT MKRQGDRDIV VTGVRNQFAT DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL LFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRAAA GSGPPRMCS IIELPNFLEY PAARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPTAGLLE TQCPAHTFFA GPWAMRPLSY TLLTIGPLGM G LYRDGDTA ...文字列:
MIPAALPHPT MKRQGDRDIV VTGVRNQFAT DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL LFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRAAA GSGPPRMCS IIELPNFLEY PAARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPTAGLLE TQCPAHTFFA GPWAMRPLSY TLLTIGPLGM G LYRDGDTA YLFDPHGLPA GTPAFIAKVR AGDVYPYLTY YAHDRPKVRW AGAMVFFVPS GPGAVAPADL TAAALHLYGA SE TYLQDEP FVERRVAITH PLRGEIGGLG ALFVGVVPRG DGEGSGPVVP ALPAPTHVQT PRADRPPEAP RGASGPPDTP QAG HPNRPP DDVWAAALEG TPPAKPSAPD AAASGPPHAA PPPQTPAGDA AEEAEDLRVL EVGAVPVGRH RARYSTGLPK RRRP TWTPP SSVEDLTSGE RPAPKAPPAK AKKKSAPKKK APVAAEVPAS SPTPIAATVP PAPDTPPQSG QGGGDDGPAS PSSPS VLET LGARRPPEPP GADLAQLFEV HPNVAATAVR LAARDAALAR EVAACSQLTI NALRSPYPAH PGLLELCVIF FFERVL AFL IENGARTHTQ AGVAGPAAAL LDFTLRMLPR KTAVGDFLAS TRMSLADVAA HRPLIQHLLD ENSQIGRLAL AKLVLVA RD VIRETDAFYG DLADLDLQLR AAPPANLYAR LGEWLLERSR AHPNTLFAPA TPTHPEPLLH RIQALAQFAR GEEMRVEA E AREMREALDA LARGVDSVSQ RAGPLTVMPV PAAPGAGGRA PCPPALGPEA IQARLEDVRI QARRAIESAI KEYFHRGAV YSAKALQASD SHDCRFHVAS AAVVPMVQLL ESLPAFDQHT RDVAQRAALP PPPPLATSPQ AILLRDLLQR GQTLDAPEDL AAWLSVLTD AATQGLIERK PLEELARSIH GINDQQARRS SGLAELQRFD ALDAALAQQL DSDAAFVPAT GPAPYVDGGG L SPEATRMA EDALRQARAM EAAKMTAELA PEARSRLRER AHALEAMLND ARERAKVAHD AREKFLHKLQ GVLRPLPDFV GL KACPAVL ATLRASLPAG WTDLADAVRG PPPEVTAALR ADLWGLLGQY REALEHPTPD TATALAGLHP AFVVVLKTLF ADA PETPVL VQFFSDHAPT IAKAVSNAIN AGSAAVATAS PAATVDAAVR AHGALADAVS ALGAAARDPA SPLSFLAALA DSAA GYVKA TRLALEARGA IDELTTLGSA AADLVVQARR ACAQPEGDHA ALIDAAARAT TAARESLAGH EAGFGGLLHA EGTAG DHSP SGRALQELGK VIGATRRRAD ELEAAVADLT AKMAAQRARG SSERWAAGVE AALDRVENRA EFDVVELRRL QALAGT HGY NPRDFRKRAE QALAANAEAV TLALDTAFAF NPYTPENQRH PMLPPLAAIH RLGWSAAFHA AAETYADMFR VDAEPLA RL LRIAEGLLEM AQAGDGFIDY HEAVGRLADD MTSVPGLRRY VPFFQHGYAD YVELRDRLDA IRADVHRALG GVPLDLAA A AEQISAARND PEATAELVRT GVTLPCPSED ALVACAAALE RVDQSPVKNT AYAEYVAFVT RQDTAETKDA VVRAKQQRA EATERVMAGL REALAARERR AQIEAEGLAN LKTMLKVVAV PATVAKTLDQ ARSVAEIADQ VEVLLDQTEK TRELDVPAVI WLEHAQRTF ETHPLSAARG DGPGPLARHA GRLGALFDTR RRVDALRRSL EEAEAEWDEV WGRFGRVRGG AWKSPEGFRA M HEQLRALQ DTTNTVSGLR AQPAYERLSA RYQGVLGAKG AERAEAVEEL GARVTKHTAL CARLRDEVVR RVPWEMNFDA LG RLLAEFD AAAADLAPWA VEEFRGAREL IQYRMGLYSA YARAGGQTGA GAESAPAPLL VDLRALDARA RASSSPEGHE VDP QLLRRR GEAYLRAGGD PGPLVLREAV SALDLPFATS FLAPDGTPLQ YALCFPAVTD KLGALLMRPE AACVRPPLPT DVLE SAPTV TAMYVLTVVN RLQLALSDAQ AANFQLFGRF VRHRQATWGA SMDAAAELYV ALVATTLTRE FGCRWAQLGW ASGAA APRP PPGPRGSQRH CVAFNENDVL VALVAGVPEH IYNFWRLDLV RQHEYMHLTL ERAFEDAAES MLFIQRLTPH PDARIR VLP TFLDGGPPTR GLLFGTRLAD WRRGKLSETD PLAPWRSALE LGTQRRDAPA LGKLSPAQAL AAVSVLGRMC LPSAALA AL WTCMFPDDYT EYDSFDALLA ARLESGQTLG PAGGREASLP EAPHALYRPT GQHVAVLAAA THRTPAARVT AMDLVLAA V LLGAPVVVAL RNTTAFSRES ELELCLTLFD SRPGGPDAAL RDVVSSDIET WAVGLLHTDL NPIENACLAA QLPRLSALI AERPLADGPP CLVLVDISMT PVAVLWEAPE PPGPPDVRFV GSEATEELPF VATAGDVLAA SAADADPFFA RAILGRPFDA SLLTGELFP GHPVYQRPLA DEAGPSAPTA ARDPRDLAGG DGGSGPEDPA APPARQADPG VLAPTLLTDA TTGEPVPPRM W AWIHGLEE LASDDAGGPT PNPAPALLPP PATDQSVPTS QYAPRPIGPA ATARETRPSV PPQQNTGRVP VAPRDDPRPS PP TPSPPAD AALPPPAFSG SAAAFSAAVP RVRRSRRTRA KSRAPRASAP PEGWRPPALP APVAPVAASA RPPDQPPTPE SAP PAWVSA LPLPPGPASA RGAFPAPTLA PIPPPPAEGA VVPGGDRRRG RRQTTAGPSP TPPRGPAAGP PRRLTRPAVA SLSA SLNSL PSPRDPADHA AAVSAAAAAV PPSPGLAPPT SAVQTSPPPL APGPVAPSEP LCGWVVPGGP VARRPPPQSP ATKPA ARTR IRARSVPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPPVTRTLTP QSRDSV PTP ESPTHTNTHL PVSAVTSWAS SLALHVDSAP PPASLLQTLH ISSDDEHSDA DSLRFSDSDD TEALDPLPPE PHLPPAD EP PGPLAADHLQ SPHSQFGPLP VQANAVLSRR YVRSTGRSAL AVLIRACRRI QQQLQRTRRA LFQRSNAVLT SLHHVRML L G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56901
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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