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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6878 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a nucleolar pre-60S ribosome (Rpf1-TAP) | |||||||||
![]() | Unmasked cryo-EM map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() snoRNA release from pre-rRNA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou D / Zhu X / Ye K | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of an early precursor of large ribosomal subunit reveals a half-assembled intermediate. 著者: Dejian Zhou / Xing Zhu / Sanduo Zheng / Dan Tan / Meng-Qiu Dong / Keqiong Ye / ![]() 要旨: Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is ...Assembly of eukaryotic ribosome is a complicated and dynamic process that involves a series of intermediates. It is unknown how the highly intertwined structure of 60S large ribosomal subunits is established. Here, we report the structure of an early nucleolar pre-60S ribosome determined by cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution, revealing a half-assembled subunit. Domains I, II and VI of 25S/5.8S rRNA pack tightly into a native-like substructure, but domains III, IV and V are not assembled. The structure contains 12 assembly factors and 19 ribosomal proteins, many of which are required for early processing of large subunit rRNA. The Brx1-Ebp2 complex would interfere with the assembly of domains IV and V. Rpf1, Mak16, Nsa1 and Rrp1 form a cluster that consolidates the joining of domains I and II. Our structure reveals a key intermediate on the path to establishing the global architecture of 60S subunits. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 166.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 52.1 KB 52.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 56.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unmasked cryo-EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Rpf1-TAP pre-60S
+超分子 #1: Rpf1-TAP pre-60S
+分子 #1: 25S rRNA
+分子 #2: 5.8S rRNA
+分子 #3: ITS2 RNA
+分子 #4: Ribosome biogenesis protein RLP7
+分子 #5: Ribosome biogenesis protein 15
+分子 #6: 60S ribosomal protein L3
+分子 #7: 60S ribosomal protein L4-A
+分子 #8: Proteasome-interacting protein CIC1
+分子 #9: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #10: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #12: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #13: Nucleolar protein 7
+分子 #14: Eukaryotic translation initiation factor 6
+分子 #15: Ribosome production factor 1
+分子 #16: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #17: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #20: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #22: Ribosome biogenesis protein NSA1
+分子 #23: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #24: Ribosomal RNA-processing protein 1
+分子 #25: ATP-dependent RNA helicase HAS1
+分子 #26: Protein MAK16
+分子 #27: Ribosome biogenesis protein BRX1
+分子 #28: rRNA-processing protein EBP2
+分子 #29: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #30: Unassigned
+分子 #31: 60S ribosomal protein L32
+分子 #32: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #33: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #34: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #35: 60S ribosomal protein L37-A
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 1-3 seconds before plunging. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1983 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | real space refinement |
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精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | ![]() PDB-5z3g: |