+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6828 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the RC-LH core complex from Roseiflexus castenholzii | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Roseiflexus castenholzii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Xin YY / Shi Y / Niu TX / Wang QQ / Niu WQ / Huang XJ / Ding W / Blankenship RE / Xu XL / Sun F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the RC-LH core complex from an early branching photosynthetic prokaryote. 著者: Yueyong Xin / Yang Shi / Tongxin Niu / Qingqiang Wang / Wanqiang Niu / Xiaojun Huang / Wei Ding / Lei Yang / Robert E Blankenship / Xiaoling Xu / Fei Sun / 要旨: Photosynthetic prokaryotes evolved diverse light-harvesting (LH) antennas to absorb sunlight and transfer energy to reaction centers (RC). The filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs) are important ...Photosynthetic prokaryotes evolved diverse light-harvesting (LH) antennas to absorb sunlight and transfer energy to reaction centers (RC). The filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs) are important early branching photosynthetic bacteria in understanding the origin and evolution of photosynthesis. How their photosynthetic machinery assembles for efficient energy transfer is yet to be elucidated. Here, we report the 4.1 Å structure of photosynthetic core complex from Roseiflexus castenholzii by cryo-electron microscopy. The RC-LH complex has a tetra-heme cytochrome c bound RC encompassed by an elliptical LH ring that is assembled from 15 LHαβ subunits. An N-terminal transmembrane helix of cytochrome c inserts into the LH ring, not only yielding a tightly bound cytochrome c for rapid electron transfer, but also opening a slit in the LH ring, which is further flanked by a transmembrane helix from a newly discovered subunit X. These structural features suggest an unusual quinone exchange model of prokaryotic photosynthetic machinery. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6828.map.gz | 25.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6828-v30.xml emd-6828.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6828.png | 217.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6828 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6828 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6828_validation.pdf.gz | 384.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6828_full_validation.pdf.gz | 384.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6828_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6828 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6828 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : photosynthetic core complex
全体 | 名称: photosynthetic core complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: photosynthetic core complex
超分子 | 名称: photosynthetic core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 330 KDa |
-分子 #1: alpha
分子 | 名称: alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
配列 | 文字列: MKDRPFEFRT SVVVSTLLGL VMALLIHFVV LSSGAFNWLR AP |
-分子 #2: beta
分子 | 名称: beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
配列 | 文字列: MTDKPQNDLV PDQWKPLFNN AQWLVHDIVV KTIYGGLIIA VIAHVLCWAW TPWIR |
-分子 #3: LM
分子 | 名称: LM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSAVPRALPL PSGETLPAEA ISSTGSQAAS AEVIPFSIIE EFYKRPGKTL AARFFGVDPF DFWIGRFYVG LFGAISIIGI ILGVAFYLYE GVVNEGTLNI LAMRIEPPPV SQGLNVDPAQ PGFFWFLTMV AATIAFVGWL LRQIDISLKL DMGMEVPIAF GAVVSSWITL ...文字列: MSAVPRALPL PSGETLPAEA ISSTGSQAAS AEVIPFSIIE EFYKRPGKTL AARFFGVDPF DFWIGRFYVG LFGAISIIGI ILGVAFYLYE GVVNEGTLNI LAMRIEPPPV SQGLNVDPAQ PGFFWFLTMV AATIAFVGWL LRQIDISLKL DMGMEVPIAF GAVVSSWITL QWLRPIAMGA WGHGFPLGIT HHLDWVSNIG YQYYNFFYNP FHAIGITLLF ASTLFLHMHG SAVLSEAKRN ISDQNIHVFW RNILGYSIGE IGIHRVAFWT GAASVLFSNL CIFLSGTFVK DWNAFWGFWD KMPIWNGVGQ GALVAGLSLL GVGLVLGRGR ETPGPIDLHD EEYRDGLEGT IAKPPGHVGW MQRLLGEGQV GPIYVGLWGV ISFITFFASA FIILVDYGRQ VGWNPIIYLR EFWNLAVYPP PTEYGLSWNV PWDKGGAWLA ATFFLHISVL TWWARLYTRA KATGVGTQLA WGFASALSLY FVIYLFHPLA LGNWSAAPGH GFRAILDWTN YVSIHWGNFY YNPFHMLSIF FLLGSTLLLA MHGATIVATS KWKSEMEFTE MMAEGPGTQR AQLFWRWVMG WNANSYNIHI WAWWFAAFTA ITGAIGLFLS GTLVPDWYAW GETAKIVAPW PNPDWAQYVF R |
-分子 #4: cytochrome c
分子 | 名称: cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア) |
配列 | 文字列: MIQQPPTLFP EITNTVRGRF YIVAGIISVV MAVASIAIFW WIFYTITPAP APPLQNPIYV NYTQEPTDYI SAESLAAMNA YIQANPQPQA VQVLKGMTTA QISAYMVAQV SGGLKVDCSY CHNIANFAQQ DGYPNAAKKV TARKMMLMSA DLNQNYTAKL PASVGGYQIT ...文字列: MIQQPPTLFP EITNTVRGRF YIVAGIISVV MAVASIAIFW WIFYTITPAP APPLQNPIYV NYTQEPTDYI SAESLAAMNA YIQANPQPQA VQVLKGMTTA QISAYMVAQV SGGLKVDCSY CHNIANFAQQ DGYPNAAKKV TARKMMLMSA DLNQNYTAKL PASVGGYQIT CATCHNGKAA GLEPYPIEIM NTLPNDWRLP LELDYPGGLV VTGRKDVSNH EVEQNQFAMY HMNVSMGQGC TFCHNARYFP SYEIAQKNHS IIMLQMTKHI QETYVAPGGR IADGIMAGKS PSCWLCHQGA NIPPGAAKPG QVPAVLSSTP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 73661 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: The startup model was generated by EMAN2. |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 148618 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |