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- EMDB-65777: Cryo-EM structure of the mouse kinesin-2 tail in complex with KAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65777
タイトルCryo-EM structure of the mouse kinesin-2 tail in complex with KAP3 adaptor
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor
    • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF3A
    • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF3B
    • タンパク質・ペプチド: Kinesin-associated protein 3
キーワードKinesin-2 motor Intracellular transport Kinesin-adaptor complex / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion / opsin transport / epidermal stem cell homeostasis / kinesin II complex / anterograde dendritic transport / intraciliary transport particle B binding / periciliary membrane compartment / Activation of SMO / Intraflagellar transport / centriole-centriole cohesion ...positive regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion / opsin transport / epidermal stem cell homeostasis / kinesin II complex / anterograde dendritic transport / intraciliary transport particle B binding / periciliary membrane compartment / Activation of SMO / Intraflagellar transport / centriole-centriole cohesion / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / positive regulation of keratinocyte proliferation / Kinesins / microtubule anchoring at centrosome / intraciliary transport / cilium movement / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / motile cilium assembly / Hedgehog 'off' state / dorsal/ventral neural tube patterning / dentate gyrus development / MHC class II antigen presentation / non-motile cilium assembly / negative regulation of thymocyte apoptotic process / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / neural precursor cell proliferation / microtubule motor activity / anterior/posterior pattern specification / neural tube development / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / motile cilium / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / spectrin binding / thymocyte apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / heart looping / forebrain development / keratinocyte proliferation / axoneme / kinesin binding / cilium assembly / neuroblast proliferation / mitotic spindle assembly / photoreceptor outer segment / epidermis development / microtubule-based process / vesicle-mediated transport / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / centriole / dendrite cytoplasm / condensed nuclear chromosome / positive regulation of epithelial cell proliferation / spindle microtubule / kidney development / small GTPase binding / intracellular protein localization / heart development / microtubule cytoskeleton / midbody / protein phosphatase binding / microtubule binding / dendritic spine / in utero embryonic development / microtubule / cell population proliferation / postsynapse / neuron projection / cilium / ciliary basal body / axon / apoptotic process / dendrite / centrosome / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated protein 3 / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-like protein / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Kinesin-associated protein 3 / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-like protein / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Kinesin motor domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein KIF3A / Kinesin-associated protein 3 / Kinesin-like protein KIF3B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Jiang X / Danev R / Yanagisawa H / Kikkawa M
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJER2202 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H05247 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24KF0141 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24K18106 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Hook-like Adaptor and Cargo-binding (HAC) Domain in the Kinesin-2 Tail Enables Adaptor Assembly and Cargo Recognition
著者: Jiang X / Danev R / Yanagisawa H / Kikkawa K
履歴
登録2025年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 400 pix.
= 228.4 Å		0.57 Å/pix.
x 400 pix.
= 228.4 Å		0.57 Å/pix.
x 400 pix.
= 228.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.571 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.07181345 - 1.3725488
平均 (標準偏差)0.00063273055 (±0.01408687)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 228.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_65777_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw map

ファイルemd_65777_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap1

ファイルemd_65777_half_map_1.map
注釈Halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap2

ファイルemd_65777_half_map_2.map
注釈Halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor

全体名称: Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor
要素
  • 複合体: Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor
    • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF3A
    • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF3B
    • タンパク質・ペプチド: Kinesin-associated protein 3

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超分子 #1: Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor

超分子名称: Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 145 KDa

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分子 #1: Kinesin-like protein KIF3A

分子名称: Kinesin-like protein KIF3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Clone in pETDuet-1 MCS1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.706559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQVIVGGVDL LAKAEEQEKL LEESNMELEE RRRRAEQLRK ELEEKEQERL DIEEKYTSLQ EEAQGKTKKL KKVWTMLMA AKSEMADLQQ EHQREIEGLL ENIRQLSREL RLQMLIIDNF IPQDYQEMIE NYVHWNEDIG EWQLKCVAYT G NNMRKQTP ...文字列:
MGSSHHHHHH SQVIVGGVDL LAKAEEQEKL LEESNMELEE RRRRAEQLRK ELEEKEQERL DIEEKYTSLQ EEAQGKTKKL KKVWTMLMA AKSEMADLQQ EHQREIEGLL ENIRQLSREL RLQMLIIDNF IPQDYQEMIE NYVHWNEDIG EWQLKCVAYT G NNMRKQTP VPDKKERDPF EVDLSHVYLA YTEESLRQSL MKLERPRTSK GKARPKMGRR KRSAKPETVI DSLLQ

UniProtKB: Kinesin-like protein KIF3A

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分子 #2: Kinesin-like protein KIF3B

分子名称: Kinesin-like protein KIF3B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Clone in pETDuet-1 MCS2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 31.857107 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: LVGGKNIVDH TNEQQKILEQ KRQEIAEQKR REREIQQQME SRDEETLELK ETYTSLQQEV DIKTKKLKKL FSKLQAVKAE IHDLQEEHI KERQELEQTQ NELTRELKLK HLIIENFIPL EEKNKIMNRS FFDDEEDHWK LHPITRLENQ QMMKRPVSAV G YKRPLSQH ...文字列:
LVGGKNIVDH TNEQQKILEQ KRQEIAEQKR REREIQQQME SRDEETLELK ETYTSLQQEV DIKTKKLKKL FSKLQAVKAE IHDLQEEHI KERQELEQTQ NELTRELKLK HLIIENFIPL EEKNKIMNRS FFDDEEDHWK LHPITRLENQ QMMKRPVSAV G YKRPLSQH ARMSMMIRPE PRYRAENIML LELDMPSRTT RDYEGPAISP KVQAALDAAL QDEDEIQVDA SSFESTASRK PK ARPKSGR KSGSSSSSSG NPASQFYPQS RGLVPK

UniProtKB: Kinesin-like protein KIF3B

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分子 #3: Kinesin-associated protein 3

分子名称: Kinesin-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 80.224148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MQGEDARYLK RKVKGGNIDV HPSEKALIVQ YEVEATILGE MGDPMLGERK ECQKIIRLKS LNANTDITSL ARKVVEECKL IHPSKLSEV EQLLYYLQNR RDSLPGKEKK EKSSKPKDPP PFEGMEIDEV ANINDMDEYI ELLYEDIPDK VRGSALILQL A RNPDNLEE ...文字列:
MQGEDARYLK RKVKGGNIDV HPSEKALIVQ YEVEATILGE MGDPMLGERK ECQKIIRLKS LNANTDITSL ARKVVEECKL IHPSKLSEV EQLLYYLQNR RDSLPGKEKK EKSSKPKDPP PFEGMEIDEV ANINDMDEYI ELLYEDIPDK VRGSALILQL A RNPDNLEE LLLNETALGA LARVLREDWK QSVELATNII YIFFCFSSFS HFHGLITHYK IGALCMNIID HELKRHELWQ EE LSKKKKA VDEDLENQTL RKDYDKTFKK YQGLVVKQEQ LLRVALYLLL NLAEDTRTEL KMRNKNIVHM LVKALDRDNF ELL ILVVSF LKKLSIFMEN KNDMVEMDIV EKLVKMIPCE HEDLLNITLR LLLNLSFDTG LRNKMVQVGL LPKLTALLGN ENYK QIAMC VLYHISMDDR FKSMFAYTDC IPQLMKMLFE CSDERIDLEL ISFCINLAAN KRNVQLICEG NGLKMLMKRA LKLKD PLLM KMIRNISQHD GPTKNLFIDY VGDLAAQISS DEEEEFVIEC LGTLANLTIP DLDWELVLKE YKLVPFLKDK LKPGAA EDD LVLEVVIMIG TVSMDDSCAA LLAKSGIIPA LIELLNAQQE DDEFVCQIIY VFYQMVFHQA TRDVIIKETQ APAYLID LM HDKNNEIRKV CDNTLDIIAE YDEEWAKKIQ SEKFRWHNSQ WLEMVESRQL D

UniProtKB: Kinesin-associated protein 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 34176 / 平均電子線量: 65.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.55 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9701817
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-Initio Reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 539244
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: ModelAngelo de novo model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9w9h:
Cryo-EM structure of the mouse kinesin-2 tail in complex with KAP3 adaptor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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