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- EMDB-6555: 2.9 Angstrom Resolution Cryo-EM 3-D Reconstruction of Close-packe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6555
タイトル2.9 Angstrom Resolution Cryo-EM 3-D Reconstruction of Close-packed PCV2 Virus-like Particles
マップデータReconstruction of porcine circovirus 2 (PCV2) virus-like particles
試料
  • 試料: Porcine circovirus PCV2 virus-like particles
  • ウイルス: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
キーワードde novo initial model / consensus criterion / gold-standard FSC / true FSC / cross-validation
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral penetration into host nucleus / host cell nucleus / virion attachment to host cell / nucleus
類似検索 - 分子機能
Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu Z / Guo F / Wang F / Li TC / Jiang W
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: 2.9 Å Resolution Cryo-EM 3D Reconstruction of Close-Packed Virus Particles.
著者: Zheng Liu / Fei Guo / Feng Wang / Tian-Cheng Li / Wen Jiang /
要旨: Single-particle cryoelectron microscopy typically discards close-packed particle images as unusable data. Here, we report an image processing strategy and case study of obtaining near-atomic ...Single-particle cryoelectron microscopy typically discards close-packed particle images as unusable data. Here, we report an image processing strategy and case study of obtaining near-atomic resolution 3D reconstructions from close-packed particles. Multiple independent de novo initial models were constructed to determine and cross-validate the particle parameters. The particles with consistent views were further refined including not only Euler angles and center positions but also defocus, astigmatism, beam tilt, and overall and anisotropic magnification. We demonstrated this strategy with a 2.9 Å resolution reconstruction of a 1.67 MDa virus-like particle of a circovirus, PCV2, recorded on 86 photographic films. The map resolution was further validated with a phase-randomization test and local resolution assessment, and the atomic model was validated with MolProbity and EMRinger. Close-packed virus particles were thus shown not only to be useful for high-resolution 3D reconstructions but also to allow data collection at significantly improved throughput for near-atomic resolution reconstructions.
履歴
登録2015年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月3日-
マップ公開2016年2月3日-
更新2016年3月30日-
現状2016年3月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jci
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jci
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6555.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6555.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of porcine circovirus 2 (PCV2) virus-like particles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 10.0 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-33.879680630000003 - 57.066989900000003
平均 (標準偏差)0.08360518 (±2.59643769)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-33.88057.0670.084

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Porcine circovirus PCV2 virus-like particles

全体名称: Porcine circovirus PCV2 virus-like particles
要素
  • 試料: Porcine circovirus PCV2 virus-like particles
  • ウイルス: Porcine circovirus 2 (ウイルス)

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超分子 #1000: Porcine circovirus PCV2 virus-like particles

超分子名称: Porcine circovirus PCV2 virus-like particles / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.67 MDa / 理論値: 1.67 MDa

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超分子 #1: Porcine circovirus 2

超分子名称: Porcine circovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PCV2 / NCBI-ID: 85708 / 生物種: Porcine circovirus 2 / Sci species strain: Yamagata / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: PCV2
宿主生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: Tn5 / 組換プラスミド: AcPCV2-ORF2
分子量実験値: 1.67 MDa / 理論値: 1.67 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 190 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
グリッド詳細: 400-mesh holey carbon grids (1.2/1.3 C-flat, Protochips)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 250,000 magnification using a quadrupole stigmator.
日付2011年2月22日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 141 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using the e2boxer.py program in EMAN2. CTF parameters were determined using fitctf2.py in JSPR.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: JSPR, EMAN2
詳細: For 3D reconstruction, whole datasets were divided into even and odd halves and the initial de novo models and subsequent iterative refinements were all independently performed for each half ...詳細: For 3D reconstruction, whole datasets were divided into even and odd halves and the initial de novo models and subsequent iterative refinements were all independently performed for each half dataset. Particles were selected from scanned micrograph images using e2boxer.py in EMAN2. The TEM instrument contrast transfer function parameters were determined automatically using fitctf2.py in JSPR and were then visually validated using the EMAN ctfit program. The datasets were then divided into two subsets (even and odd) and processed completely independently, including both de novo initial models and refinements. The images were first binned 4x to obtain initial models and particle parameters assuming icosahedral symmetry. De novo initial models were built using the random model approach. Random subsets of particles were assigned random initial orientations and iteratively refined until convergence. Multi-model competitive refinements were used to choose the winning model (with most assigned particles) as corrective initial models for subsequent refinement. Particles with inconsistent/unstable view parameters in the initial refinements were excluded in further image processing. The orientation and center parameters were then transferred to the un-binned images for high-resolution refinements which included Simplex method-based orientation/center optimization and grid search-based refinement of defocus, astigmatism, beam tilt, and overall and anisotropic magnification of the images. All image refinement and reconstructions were performed with JSPR software that was built on EMAN2 and EMAN library functions and programs.
使用した粒子像数: 50352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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