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万見
- EMDB-64770: Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64770
タイトルCoupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: NP-0_RNA_State In
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*U)-3')
キーワードInfluenza virus / ribonucleoprotein complex / polymerase / cryo-EM / VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.75 Å
データ登録者Kang H / Yang Y / Liu Y / Li M / Zhang L / Lin Y / Rao Z / Lou Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex.
著者: Huiling Kang / Yunxiang Yang / Yixiao Liu / Mingyu Li / Lejin Zhang / Yuqi Lin / Leander Witte / Kuang-Yu Chen / Wenya Song / Zhili Xu / Xiaojing He / Luke W Guddat / Yu Guo / Liming Yan / ...著者: Huiling Kang / Yunxiang Yang / Yixiao Liu / Mingyu Li / Lejin Zhang / Yuqi Lin / Leander Witte / Kuang-Yu Chen / Wenya Song / Zhili Xu / Xiaojing He / Luke W Guddat / Yu Guo / Liming Yan / Yan Gao / Ervin Fodor / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
要旨: Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs), composed of the polymerase complex (FluPol), nucleoprotein (NP), and RNA, are essential for replication and transcription. We report atomic- ...Influenza virus ribonucleoprotein complexes (RNPs), composed of the polymerase complex (FluPol), nucleoprotein (NP), and RNA, are essential for replication and transcription. We report atomic-resolution cryo-EM structures of mini-vRNPs in two states: FluPol located inside (State-In) or at the outer rim (State-Out) of the NP-RNA ring. In both states, the 5' and 3' termini of vRNA are bound to FluPol as previously reported. One NP (NP-0) contacts PA/PB1 of FluPol and binds the distal double-stranded vRNA promoter, with its D72-K90 loop inserting into the RNA fork; separated strands occupy NP-0 RNA-binding grooves. Grooves from other NPs form a continuous RNA-protective path, consistent with negative-strand RNA virus mechanisms. In State-In, interfaces for FluPol dimerization or Pol II interaction are blocked, but fully exposed in State-Out. These structures reveal detailed FluPol-NP-RNA coupling and suggest a conformational shift in RNPs during the viral life cycle.
履歴
登録2025年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.96519923 - 2.439974
平均 (標準偏差)0.0009134197 (±0.028352777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64770_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64770_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NP-0_RNA_State In

全体名称: NP-0_RNA_State In
要素
  • 複合体: NP-0_RNA_State In
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*U)-3')

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超分子 #1: NP-0_RNA_State In

超分子名称: NP-0_RNA_State In / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 56.172574 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASQGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMINGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNRYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYKR VDGKWMRELV LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDTTYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ ...文字列:
MASQGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMINGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNRYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYKR VDGKWMRELV LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDTTYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ GSTLPRRSGA AGAAVKGVGT MVMELIRMIK RGINDRNFWR GENGRKTRSA YERMCNILKG KFQTAAQRAM MD QVRESRN PGNAEIEDLI FSARSALILR GSVAHKSCLP ACVYGPAVAS GYDFEKEGYS LVGIDPFKLL QNSQVYSLIR PNE NPAHKS QLVWMACHSA AFEDLRLLSF IRGTKVSPRG KLSTRGVQIA SNENMDTMES STLELRSRYW AIRTRSGGNT NQQR ASAGQ ISVQPAFSVQ RNLPFDKSTI MAAFTGNTEG RTSDMRAEII RMMEGAKPEE VSFRGRGVFE LSDEKATNPV VPSFD MSNE GSYFFGDNAE EYDN

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.948912 KDa
配列文字列:
UCUUUGUCAC CCUGCU

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分子 #3: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*UP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 7.7206 KDa
配列文字列:
AGUAGAAACA AGGGUGUUUU UUAU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 265200
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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