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万見
- EMDB-64667: Cryo-EM structure of RSV pre-F in complex with antibody CNR2053 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64667
タイトルCryo-EM structure of RSV pre-F in complex with antibody CNR2053
マップデータ
試料
  • 複合体: RSV pre-F in complex with antibody CNR2053
    • 複合体: RSV Fusion Protein
      • タンパク質・ペプチド: RSV Pre-fusion Protein
    • 複合体: Antibody CNR2053
      • タンパク質・ペプチド: CNR2053 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: CNR2053 Light Chain
キーワードRSV / Fusion Protein / Antibody / VIRAL PROTEIN
生物種Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Zhai H / Deng J / Yu W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2026
タイトル: Antibody cocktails based on the occupationally acquired immunity of pediatricians neutralize and confer protection against RSV and hMPV.
著者: Hui Zhai / Wenxiang Yu / Jinyue Wang / Jie Deng / Siyu Lei / Teng Zhou / Yixin Li / Kaijun Xu / Mengyang Ma / Rui Feng / Yaling Hu / Luo Ren / Yunlong Cao / Enmei Liu / Xiangxi Wang /
要旨: Human respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) are major causes of severe respiratory infections in young children, older adults, and immunocompromised individuals. Here, we ...Human respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) are major causes of severe respiratory infections in young children, older adults, and immunocompromised individuals. Here, we isolated RSV fusion (F) protein-specific B cells from pediatricians who are routinely exposed to these viruses. We then derived monoclonal antibodies (mAbs) from those B cells to characterize their binding and neutralization profiles. Among the isolated mAbs, we found that CNR2056 and CNR2053 (targeting site Ø of the pre-F protein) potently neutralized diverse RSV A and B strains; another mAb, CNR2047 (targeting site III), uniquely exhibited cross-neutralization capacity against both RSV and hMPV variants. In vivo, prophylactic administration of CNR2056 and CNR2053 controlled lung viral loads and pathology in RSV A2- and B9320-challenged cotton rats. Moreover, a prophylactic dose of 0.5 milligrams per kilogram of CNR2047 resulted in complete protection against hMPV in the lungs of BALB/c mice. Structural analysis revealed unique binding modes for the three mAbs, supporting the potential for rational mAb cocktail design. Deep mutational scanning for RSV F further demonstrated that mutations required to evade CNR2053 and CNR2056 were primarily in evolutionarily constrained sites, suggesting a fitness cost to immune escape. Rationally combining site Ø- and site III-directed mAbs (e.g., CNR2056-CNR2047) into cocktails conferred additive effects, expanding coverage to hMPV and minimizing risk of escape variants. Thus, rationally designed cocktails of CNR2056, CNR2053, and CNR2047 may offer a versatile immunoprophylactic agent against a range of pneumoviruses with potential to protect against both current and future variants.
履歴
登録2025年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64667.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.564
最小 - 最大-2.597678 - 4.1570687
平均 (標準偏差)0.0004543272 (±0.07414311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64667_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64667_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RSV pre-F in complex with antibody CNR2053

全体名称: RSV pre-F in complex with antibody CNR2053
要素
  • 複合体: RSV pre-F in complex with antibody CNR2053
    • 複合体: RSV Fusion Protein
      • タンパク質・ペプチド: RSV Pre-fusion Protein
    • 複合体: Antibody CNR2053
      • タンパク質・ペプチド: CNR2053 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: CNR2053 Light Chain

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超分子 #1: RSV pre-F in complex with antibody CNR2053

超分子名称: RSV pre-F in complex with antibody CNR2053 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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超分子 #2: RSV Fusion Protein

超分子名称: RSV Fusion Protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)

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超分子 #3: Antibody CNR2053

超分子名称: Antibody CNR2053 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CNR2053 Heavy Chain

分子名称: CNR2053 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.585102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QEQSVQSGAE VKKPGASVKV SCRASEFTFS SDFIHWVRQV PGQGLEWMGR ITPSDGTTTY AQKFQGRVTM TRDPSTGTVY IELRRLKSE DTAVYYCVAY DRVTTSAGTG ATDIWGQGTM VTVSS

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分子 #2: CNR2053 Light Chain

分子名称: CNR2053 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.225706 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HGDGYNYLDW YLQKPGRSPQ LLIYLGSHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG IYYCMQGLQT PFTFGPGTRV DLK

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分子 #3: RSV Pre-fusion Protein

分子名称: RSV Pre-fusion Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
分子量理論値: 61.626539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPATNNRARR ELPRFMNYTL NNAKKTNVTL SKKRKRRFLG FLLGVGSAIA SGVAVCKVLH L EGEVNKIK ...文字列:
MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNA VTELQLLMQS TPATNNRARR ELPRFMNYTL NNAKKTNVTL SKKRKRRFLG FLLGVGSAIA SGVAVCKVLH L EGEVNKIK SALLSTNKAV VSLSNGVSVL TFKVLDLKNY IDKQLLPILN KQSCSISNIE TVIEFQQKNN RLLEITREFS VN AGVTTPV STYMLTNSEL LSLINDMPIT NDQKKLMSNN VQIVRQQSYS IMCIIKEEVL AYVVQLPLYG VIDTPCWKLH TSP LCTTNT KEGSNICLTR TDRGWYCDNA GSVSFFPQAE TCKVQSNRVF CDTMNSLTLP SEVNLCNVDI FNPKYDCKIM TSKT DVSSS VITSLGAIVS CYGKTKCTAS NKNRGIIKTF SNGCDYVSNK GVDTVSVGNT LYYVNKQEGK SLYVKGEPII NFYDP LVFP SDEFDASISQ VNEKINQSLA FIRKSDELLS AIGGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL GHHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4jhw

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 139169
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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