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- EMDB-64607: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B in complex with Fab5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64607
タイトルMacacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B in complex with Fab5
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 H chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 L chain
    • タンパク質・ペプチド: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B
キーワードrhLCV / gB / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Macacine gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cheng BZ / Fang XY / Xie C / Sun C / Liu Z / Zeng MS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030046 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: A broadly protective antibody targeting gammaherpesvirus gB.
著者: Cong Sun / Chu Xie / Bing-Zhen Cheng / Zi-Ying Jiang / Pei-Huang Wu / Xin-Yan Fang / Peng-Lin Li / Xian-Shu Tian / Hang Zhou / Yan-Lin Yang / Jing Wang / Sen-Fang Sui / Zheng Liu / Mu-Sheng Zeng /
要旨: Gammaherpesvirus is a subfamily of herpesvirus, distinct phylogenetically from alphaherpesvirus and betaherpesvirus and characterized by its oncogenic subtypes, including Epstein-Barr virus and ...Gammaherpesvirus is a subfamily of herpesvirus, distinct phylogenetically from alphaherpesvirus and betaherpesvirus and characterized by its oncogenic subtypes, including Epstein-Barr virus and Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus. It broadly infects humans and other vertebrates and causes various diseases and malignancies. However, no specific antiviral agents are available for each subtype or the whole family. gB is a common fusion protein that is vital for herpesvirus infection and is an ideal target for broad vaccine development; however, a lack of structural and mechanistic understanding of gB hinders this effort. Here we report the molecular basis of broad gB binding and cross-genus virus neutralization by an antibody, Fab5. This antibody confers effective protection against authentic virus challenges in immunocompetent mice, non-human primates and humanized mice with murine, rhesus and human gammaherpesvirus. Cryo-electron microscopy structures reveal that Fab5 targets a conserved and vulnerable epitope of gammaherpesvirus gB that is antigenically exposed in both pre-fusion and post-fusion states. This finding not only demonstrates that Fab5 is a cross-genus antibody that is broadly reactive to gammaherpesvirus infection and pathogenesis progression, but also offers insights into potential common mechanisms for herpesvirus infection and facilitates the development of broad-spectrum vaccines against gammaherpesviruses.
履歴
登録2025年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 640 pix.
= 424.96 Å		0.66 Å/pix.
x 640 pix.
= 424.96 Å		0.66 Å/pix.
x 640 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.664 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0232
最小 - 最大-0.06411875 - 0.1560824
平均 (標準偏差)-0.00004985379 (±0.0031893244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64607_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64607_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5

全体名称: Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5
要素
  • 複合体: Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 H chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab5 L chain
    • タンパク質・ペプチド: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B

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超分子 #1: Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5

超分子名称: Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3, #1
由来(天然)生物種: Macacine gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B

分子名称: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macacine gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 78.05275 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTPRRKPSVV LLLAALVGCI WAQTTQQPAP PATTVQPAAA RQKTNFPFRV CELSSHGDLF RFSSDIQCPS SGTQEKHTEG LLMVFKDNI IPYSFKVRSY TKIVTNTLVY NGHRADAVTN RHEEMFSVES HETDQMDSIY QCHNAVRMTK DGVERVYVDN D GTNITVNL ...文字列:
MTPRRKPSVV LLLAALVGCI WAQTTQQPAP PATTVQPAAA RQKTNFPFRV CELSSHGDLF RFSSDIQCPS SGTQEKHTEG LLMVFKDNI IPYSFKVRSY TKIVTNTLVY NGHRADAVTN RHEEMFSVES HETDQMDSIY QCHNAVRMTK DGVERVYVDN D GTNITVNL RPTSGLANGV RRYASQTQVH DAPGRVEATY RTRTTVNCVV TDMMAKSNSP FNFFVTTVGQ TAEMSPFYDG TN KETFNER AGSFHVRENY KIVDYDNRGT VPNGERRAFL DKGTYTLSWK LENRTAYCPL QHWKTFESTI ATETVRSTHF VTQ EGTSSF VTNMTVGMAL PGAFKCIEDQ VNKTMHEKYE ALQDRYVKDQ ENITYFLTSG GLLLAWLPLT PRSLASVKNL TELT TAAPP FPSSPTPPTP STASRSTAAA IVRRRRRQAE GNNTTPAPPK PATPAPGNSL GTLNNPATIQ IQFAYDSLRR QINRM LGDL ARAWCLEQKR QNMVLRELTK INPTTVMSGI YGRPVAAKRL GDVISVSQCV PVNQATVTLR KSMRVPGSES MCYSRP LVS FSFINDTKTY EGQLGTDNEI FLTKKMTEMC LASSQYYFQS GNEIHVYHDY QHFKTIELDG IATLQTFIAL NTSLIEN ID FASLELYSRD EQRASNVFDL EGIFREYNFQ AQNIAGLRKD LDNAVSHHHH HH

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分子 #2: Fab5 H chain

分子名称: Fab5 H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.199873 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQQPGAE LVRPGASVKL SCKASGFTFT SYWINWVKQR PGQGLEWIGN IFPSDSYTNY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MLLSSPTSE DSAVYYCTRG GYRYDSDYWG QGTTLTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QVQLQQPGAE LVRPGASVKL SCKASGFTFT SYWINWVKQR PGQGLEWIGN IFPSDSYTNY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MLLSSPTSE DSAVYYCTRG GYRYDSDYWG QGTTLTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVGS HHHHHH

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分子 #3: Fab5 L chain

分子名称: Fab5 L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.261846 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVT YMYWYQQKPG SSPRLLIYDT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ WSSYPYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVT YMYWYQQKPG SSPRLLIYDT SNLASGVPVR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ WSSYPYTFGG GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 5533 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 292826
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 32 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91810
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0)
最終 3次元分類クラス数: 32 / 平均メンバー数/クラス: 2869 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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