[日本語] English
万見
- PDB-9uy9: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B in complex with Fab5 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uy9
タイトルMacacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B in complex with Fab5
要素
  • Fab5 H chain
  • Fab5 L chain
  • Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / rhLCV / gB / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Macacine gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cheng, B.Z. / Fang, X.Y. / Xie, C. / Sun, C. / Liu, Z. / Zeng, M.S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030046 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: A broadly protective antibody targeting gammaherpesvirus gB.
著者: Cong Sun / Chu Xie / Bing-Zhen Cheng / Zi-Ying Jiang / Pei-Huang Wu / Xin-Yan Fang / Peng-Lin Li / Xian-Shu Tian / Hang Zhou / Yan-Lin Yang / Jing Wang / Sen-Fang Sui / Zheng Liu / Mu-Sheng Zeng /
要旨: Gammaherpesvirus is a subfamily of herpesvirus, distinct phylogenetically from alphaherpesvirus and betaherpesvirus and characterized by its oncogenic subtypes, including Epstein-Barr virus and ...Gammaherpesvirus is a subfamily of herpesvirus, distinct phylogenetically from alphaherpesvirus and betaherpesvirus and characterized by its oncogenic subtypes, including Epstein-Barr virus and Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus. It broadly infects humans and other vertebrates and causes various diseases and malignancies. However, no specific antiviral agents are available for each subtype or the whole family. gB is a common fusion protein that is vital for herpesvirus infection and is an ideal target for broad vaccine development; however, a lack of structural and mechanistic understanding of gB hinders this effort. Here we report the molecular basis of broad gB binding and cross-genus virus neutralization by an antibody, Fab5. This antibody confers effective protection against authentic virus challenges in immunocompetent mice, non-human primates and humanized mice with murine, rhesus and human gammaherpesvirus. Cryo-electron microscopy structures reveal that Fab5 targets a conserved and vulnerable epitope of gammaherpesvirus gB that is antigenically exposed in both pre-fusion and post-fusion states. This finding not only demonstrates that Fab5 is a cross-genus antibody that is broadly reactive to gammaherpesvirus infection and pathogenesis progression, but also offers insights into potential common mechanisms for herpesvirus infection and facilitates the development of broad-spectrum vaccines against gammaherpesviruses.
履歴
登録2025年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月8日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / em_admin / em_author_list / Item: _em_admin.last_update
改定 3.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_author_list / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32026年5月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 3.12026年5月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B
B: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B
C: Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B
H: Fab5 H chain
I: Fab5 H chain
J: Fab5 H chain
L: Fab5 L chain
M: Fab5 L chain
N: Fab5 L chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,5439
ポリマ－376,5439
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Macacine gammaherpesvirus 4 glycoprotein B


分子量: 78052.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macacine gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab5 H chain


分子量: 24199.873 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab5 L chain


分子量: 23261.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Structure of rhLCV glycoprotein B in complex with Fab5
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3, #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Macacine gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)45455
31Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 5533

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.3.0粒子像選択
2PHENIXモデル精密化
5cryoSPARCv4.3.0CTF補正
10cryoSPARCv4.3.0初期オイラー角割当
11cryoSPARCv4.3.0最終オイラー角割当
12cryoSPARCv4.3.0分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 292826
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91810 / クラス平均像の数: 32 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る