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- EMDB-64575: CryoEM Structure of LmuAB-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64575
タイトルCryoEM Structure of LmuAB-DNA complex
マップデータCryoEM map of LmuAB-DNA complex
試料
  • 複合体: CryoEM structure of LmuAB-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Lamassu protein LmuB
    • タンパク質・ペプチド: Lamassu protein LmuA
    • DNA: DNA (41-MER)
  • DNA: DNA (41-MER)
キーワードcomplex / anti-phage system / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性CD-NTase associated protein 4, DNA endonuclease domain / Cap4, dsDNA endonuclease domain / nuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Lamassu protein LmuA / Lamassu protein LmuB
機能・相同性情報
生物種Bacillus sp. (strain NCIM 5461 / CCTCC AB 2011126 / NIO-1130) (バクテリア) / Bacillus sp. nio-1130 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Li M / Zhao X / An L / Li S / Zhang K / Feng Y / Chang C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: Structural insights into type-I and type-II Lamassu antiphage systems.
著者: Ming Li / Xiaolong Zhao / Xingyu Zhao / Dong Li / Weijia Xiong / Zirui Gao / Ling Huang / Linfeng An / Yongxiang Gao / Shanshan Li / Yue Feng / Kaiming Zhang / Yi Zhang /
要旨: Bacteria have developed a variety of immune systems to combat phage infections. The Lamassu system is a prokaryotic immune system with a core conserved structural maintenance of chromosomes (SMC) ...Bacteria have developed a variety of immune systems to combat phage infections. The Lamassu system is a prokaryotic immune system with a core conserved structural maintenance of chromosomes (SMC) superfamily protein LmuB and diverse effectors named LmuA, whose mechanism remains unclear. Here we present a series of cryo-electron microscopy structures of the type-I Lamassu complex from Bacillus cellulasensis and the type-II Lamassu complex from Vibrio cholerae, both in apo and dsDNA-bound states, revealing an unexpected stoichiometry and topological architecture distinct from canonical SMC complexes. Combined structural and biochemical analyses show how the nuclease effector LmuA is sequestered in an inactive monomeric form within the Lamassu complex and, upon sensing foreign DNA ends, dissociates and assembles into an active tetramer capable of DNA cleavage. Our findings elucidate the mechanism by which Lamassu systems detect viral replication and implement antiphage defense, highlighting the roles of SMC proteins in prokaryotic immunity.
履歴
登録2025年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of LmuAB-DNA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.6208606 - 0.9016756
平均 (標準偏差)0.00006336402 (±0.016112838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 275.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: CryoEM map of LmuAB-DNA complex

ファイルemd_64575_additional_1.map
注釈CryoEM map of LmuAB-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of LmuAB-DNA complex

ファイルemd_64575_half_map_1.map
注釈CryoEM half map of LmuAB-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of LmuAB-DNA complex

ファイルemd_64575_half_map_2.map
注釈CryoEM half map of LmuAB-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of LmuAB-DNA complex

全体名称: CryoEM structure of LmuAB-DNA complex
要素
  • 複合体: CryoEM structure of LmuAB-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Lamassu protein LmuB
    • タンパク質・ペプチド: Lamassu protein LmuA
    • DNA: DNA (41-MER)
  • DNA: DNA (41-MER)

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超分子 #1: CryoEM structure of LmuAB-DNA complex

超分子名称: CryoEM structure of LmuAB-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #4
由来(天然)生物種: Bacillus sp. (strain NCIM 5461 / CCTCC AB 2011126 / NIO-1130) (バクテリア)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Lamassu protein LmuB

分子名称: Lamassu protein LmuB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus sp. nio-1130 (バクテリア)
分子量理論値: 66.507977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIIIAFSILD FKNKEAQNFD FKAGTNLIVS KGNTKGKSSL LKSMYYTLGF DVHQFPSNWN INFMYFQIEV LINNVKYNIT RQKNIFRVS DVEVPLNVKE YSEWLQHKLE IKMQLANTHT KHLYEAYSSA VILPFYIDQD DSWDGGIYRN VTNTLNQYTR I PADIFKSV ...文字列:
MIIIAFSILD FKNKEAQNFD FKAGTNLIVS KGNTKGKSSL LKSMYYTLGF DVHQFPSNWN INFMYFQIEV LINNVKYNIT RQKNIFRVS DVEVPLNVKE YSEWLQHKLE IKMQLANTHT KHLYEAYSSA VILPFYIDQD DSWDGGIYRN VTNTLNQYTR I PADIFKSV FNLSNYELLE LQNSLTNYSK EKNTVVSTIK SLLNVLEDYR HENADVPTVS KIDKIALNKD IDRYLQMQNE LN EQIVKYK MKLLNKQEML DLQKQELSEL EQLLKMNKKR YNSIETECQY CHSKLTKEQS LTRLDLSNNY FEISLLKEEI EKE VVKLTN EIIIFESQQN SIESKIDEIH RRIQNSKDLL TIDDYVKATA KKEASNELES LVDKQVLSKY NLEEKIKVLR REIN KLKKE KESLREIIER DYTDLVFEIK KVLNDLNDTK LDLSELNLDE LKFLEFKKIS GSGMDKNKKF LAYYLIYFSL LRKYS SYII PFCMDSFIKN EITGETAKKM FEAIEKYFFD TNQSFFSIVS ENLKHLEFVD SYNKINVEGK LLVRDKYDEI ALKFKF DS

UniProtKB: Lamassu protein LmuB

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分子 #2: Lamassu protein LmuA

分子名称: Lamassu protein LmuA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus sp. nio-1130 (バクテリア)
分子量理論値: 36.103793 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIEIDNGGAI ALKGFNYQKA SIILVMIHNF EKDNFIVIPE SQEDFEIHLG QDTYFIQVKG TKKLSIGKLK SRPSGKASII EKNLSPGNV GDIRKIFLWD IAELTKNELI SQEGTLIPMK HSLSLKQKTE IINTLDLDEE QKNRMNNQYI YITPFPNDIN L ALTFLKGE ...文字列:
MIEIDNGGAI ALKGFNYQKA SIILVMIHNF EKDNFIVIPE SQEDFEIHLG QDTYFIQVKG TKKLSIGKLK SRPSGKASII EKNLSPGNV GDIRKIFLWD IAELTKNELI SQEGTLIPMK HSLSLKQKTE IINTLDLDEE QKNRMNNQYI YITPFPNDIN L ALTFLKGE MVNENLLVSN DRAKLVLGEL SLEIDRKSEI VVSTESDVER KKIDGNYLKQ VFINIKQKEM FDEILDNLSI NT IMKKKVK KEKLRIPLLY QNIKEQTKQK ADINLLMREN DEGAINYLRD LLVEIVPDMK PTELSIALAI DCFCELGE

UniProtKB: Lamassu protein LmuA

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分子 #3: DNA (41-MER)

分子名称: DNA (41-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.594122 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC) (DT)

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分子 #4: DNA (41-MER)

分子名称: DNA (41-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.647128 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG) (DC) (DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1144023
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 437756
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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