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- EMDB-64364: Cryo-EM structure of human organic solute transporter Ost-alpha/b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64364
タイトルCryo-EM structure of human organic solute transporter Ost-alpha/beta bound with TLCA
マップデータ
試料
  • 複合体: Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta
    • タンパク質・ペプチド: Organic solute transporter subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Organic solute transporter subunit beta
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PHOSPHATIDYL ETHANOL
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: Taurolithocholic Acid
  • リガンド: (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate
キーワードComplex / bile acids / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / bile acid secretion / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / transmembrane transporter activity / positive regulation of protein targeting to membrane / Recycling of bile acids and salts / regulation of protein stability / basolateral plasma membrane ...: / bile acid secretion / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / transmembrane transporter activity / positive regulation of protein targeting to membrane / Recycling of bile acids and salts / regulation of protein stability / basolateral plasma membrane / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / protein-containing complex / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic solute transporter subunit beta / : / Organic solute transporter subunit beta protein / Organic solute transporter subunit alpha/Transmembrane protein 184 / Organic solute transporter Ostalpha / Organic solute transporter Ostalpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Organic solute transporter subunit alpha / Organic solute transporter subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Yang X / Xu E
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human organic solute transporter Ost-alpha/beta bound with TLCA
著者: Yang X / Xu E
履歴
登録2025年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64364.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 233.6 Å		0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 233.6 Å		0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 233.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.7595321 - 2.6073074
平均 (標準偏差)0.0020867558 (±0.071798004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 233.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_64364_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_64364_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64364_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta

全体名称: Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta
要素
  • 複合体: Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta
    • タンパク質・ペプチド: Organic solute transporter subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Organic solute transporter subunit beta
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PHOSPHATIDYL ETHANOL
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: Taurolithocholic Acid
  • リガンド: (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate

+
超分子 #1: Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta

超分子名称: Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Organic solute transporter subunit alpha

分子名称: Organic solute transporter subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: NAG and PLM is the modification on the residues of the chain
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.967082 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEPGRTQIKL DPRYTADLLE VLKTNYGIPS ACFSQPPTAA QLLRALGPVE LALTSILTLL ALGSIAIFLE DAVYLYKNTL CPIKRRTLL WKSSAPTVVS VLCCFGLWIP RSLVLVEMTI TSFYAVCFYL LMLVMVEGFG GKEAVLRTLR DTPMMVHTGP C CCCCPCCP ...文字列:
MEPGRTQIKL DPRYTADLLE VLKTNYGIPS ACFSQPPTAA QLLRALGPVE LALTSILTLL ALGSIAIFLE DAVYLYKNTL CPIKRRTLL WKSSAPTVVS VLCCFGLWIP RSLVLVEMTI TSFYAVCFYL LMLVMVEGFG GKEAVLRTLR DTPMMVHTGP C CCCCPCCP RLLLTRKKLQ LLMLGPFQYA FLKITLTLVG LFLVPDGIYD PADISEGSTA LWINTFLGVS TLLALWTLGI IS RQARLHL GEQNMGAKFA LFQVLLILTA LQPSIFSVLA NGGQIACSPP YSSKTRSQVM NCHLLILETF LMTVLTRMYY RRK DHKVGY ETFSSPDLDL NLKAGGSDYK DDDDK

UniProtKB: Organic solute transporter subunit alpha

+
分子 #2: Organic solute transporter subunit beta

分子名称: Organic solute transporter subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.943913 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEHSEGAPGD PAGTVVPQEL LEEMLWFFRV EDASPWNHSI LALAAVVVII SMVLLGRSIQ ASRKEKMQPP EKETPEVLHL DEAKDHNSL NNLRETLLSE KPNLAQVELE LKERDVLSVF LPDVPETESG GSHHHHHHHH HH

UniProtKB: Organic solute transporter subunit beta

+
分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 26 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #4: PHOSPHATIDYL ETHANOL

分子名称: PHOSPHATIDYL ETHANOL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: P0E
分子量理論値: 716.965 Da
Chemical component information

ChemComp-P0E:
PHOSPHATIDYL ETHANOL

+
分子 #5: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

+
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #7: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 14 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #8: Taurolithocholic Acid

分子名称: Taurolithocholic Acid / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: A1EPX
分子量理論値: 483.704 Da

+
分子 #9: (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24la...

分子名称: (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: 76F
分子量理論値: 742.018 Da
Chemical component information

ChemComp-76F:
(7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / ソフトウェア - 詳細: Local refinement / 使用した粒子像数: 76705
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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