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- EMDB-6425: Retinoschisin, back-to-back octameric rings -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6425
タイトルRetinoschisin, back-to-back octameric rings
マップデータRetinoschisin double octamer rings
試料
  • 試料: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag
  • タンパク質・ペプチド: Retinoschisin 1
キーワードX-linked retinoschisis / discoidin domain / retina / macular degeneration / vision
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron to neuron synapse / retina layer formation / eye development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / photoreceptor inner segment / visual perception / protein homooligomerization / cell adhesion / external side of plasma membrane ...neuron to neuron synapse / retina layer formation / eye development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / photoreceptor inner segment / visual perception / protein homooligomerization / cell adhesion / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Heymann JB / Tolun G / Vijayasarathy C / Huang R / Zeng Y / Li Y / Steven AC / Sieving PA
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Paired octamer rings of retinoschisin suggest a junctional model for cell-cell adhesion in the retina.
著者: Gökhan Tolun / Camasamudram Vijayasarathy / Rick Huang / Yong Zeng / Yan Li / Alasdair C Steven / Paul A Sieving / J Bernard Heymann /
要旨: Retinoschisin (RS1) is involved in cell-cell junctions in the retina, but is unique among known cell-adhesion proteins in that it is a soluble secreted protein. Loss-of-function mutations in RS1 lead ...Retinoschisin (RS1) is involved in cell-cell junctions in the retina, but is unique among known cell-adhesion proteins in that it is a soluble secreted protein. Loss-of-function mutations in RS1 lead to early vision impairment in young males, called X-linked retinoschisis. The disease is characterized by separation of inner retinal layers and disruption of synaptic signaling. Using cryo-electron microscopy, we report the structure at 4.1 Å, revealing double octamer rings not observed before. Each subunit is composed of a discoidin domain and a small N-terminal (RS1) domain. The RS1 domains occupy the centers of the rings, but are not required for ring formation and are less clearly defined, suggesting mobility. We determined the structure of the discoidin rings, consistent with known intramolecular and intermolecular disulfides. The interfaces internal to and between rings feature residues implicated in X-linked retinoschisis, indicating the importance of correct assembly. Based on this structure, we propose that RS1 couples neighboring membranes together through octamer-octamer contacts, perhaps modulated by interactions with other membrane components.
履歴
登録2015年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年4月27日-
更新2016年6月8日-
現状2016年6月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jd6
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6425.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Retinoschisin double octamer rings
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 160 pix.
= 164.8 Å		1.03 Å/pix.
x 160 pix.
= 164.8 Å		1.03 Å/pix.
x 160 pix.
= 164.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-3.07950211 - 6.21566534
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 164.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z164.800164.800164.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-3.0806.216-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag

全体名称: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag
要素
  • 試料: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag
  • タンパク質・ペプチド: Retinoschisin 1

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超分子 #1000: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag

超分子名称: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16-mer / Number unique components: 1
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 382 KDa / 手法: Blue native gel electrophoresis

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分子 #1: Retinoschisin 1

分子名称: Retinoschisin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RS1
詳細: The mature RS1 protein (no signal sequence) with a C-terminal six-histidine tag
コピー数: 16 / 集合状態: 16-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Retina / 細胞: Photoreceptors and bipolar cells / Organelle: Extracellular space / 細胞中の位置: Forming a junction between cells
分子量理論値: 24 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pDonr253
配列UniProtKB: Retinoschisin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
グリッド詳細: C-flat holey carbon grids (2.0 um holes, 2.0 um spaces)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Plunged at room temperature. / 手法: Blotted from the copper side.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2014年6月11日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 19 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: Each image is the average of 10 frames taken over 3 seconds.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked semi-automatically (EMAN2).
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, EMAN2, Bsoft / 使用した粒子像数: 9096
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1sdd

ソフトウェア名称: COOT, MDFF, Foldit
詳細Flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: FSC(0.5) = 4.7
得られたモデル

PDB-3jd6:
Double octamer structure of retinoschisin, a cell-cell adhesion protein of the retina

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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