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- EMDB-64087: Cryo-EM structure of coccolithophore photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64087
タイトルCryo-EM structure of coccolithophore photosystem I
マップデータCryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
試料
  • 複合体: Photosystem I of coccolithophore
    • タンパク質・ペプチド: x 39種
  • リガンド: x 13種
キーワードCoccolithophore / Photosystem I / evolution / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast ...thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily ...Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XI ...Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Uncharacterized protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Light harvesting protein / Photosystem I reaction center subunit IV / Light harvesting protein / Light harvesting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Emiliania huxleyi (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao LS / Sun XM / Li K / Zhang YZ / Liu LN
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of coccolithophore photosystem I
著者: Zhao LS / Sun XM / Li K / Zhang YZ / Liu LN
履歴
登録2025年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64087.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.054696564 - 1.4572935
平均 (標準偏差)0.01976728 (±0.034839343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 530.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I

ファイルemd_64087_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I

ファイルemd_64087_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

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全体 : Photosystem I of coccolithophore

全体名称: Photosystem I of coccolithophore
要素
  • 複合体: Photosystem I of coccolithophore
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-1
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-6
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-12
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-17
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-18
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-22
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: LEFP
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PSI-K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: EFCPI-30
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-2-[2-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]ethenyl]-6,11,15-trimethyl-16-oxidanylidene-17-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14-heptaenyl] hexanoate
  • リガンド: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[2-[(1~{R},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]ethynyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenyl] dodecanoate
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
超分子 #1: Photosystem I of coccolithophore

超分子名称: Photosystem I of coccolithophore / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#39
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 1.54 MDa

+
分子 #1: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 21.992373 KDa
配列文字列: MVVGMPSTVV SRSSGVAMAI SKPSNAMPFL TAPPCQSSKL PGAETGFDPL YLSEFIDIKW AREAELKHGR ICMLATVGYI MQEFFSLPG YPGYTPNPIE AVSSTPPEAL AQIVLVLSII EFNSNKDKWT MDTMFTDPAR EPGNLGFDPL KFGENKETRE R LAMAELKN ...文字列:
MVVGMPSTVV SRSSGVAMAI SKPSNAMPFL TAPPCQSSKL PGAETGFDPL YLSEFIDIKW AREAELKHGR ICMLATVGYI MQEFFSLPG YPGYTPNPIE AVSSTPPEAL AQIVLVLSII EFNSNKDKWT MDTMFTDPAR EPGNLGFDPL KFGENKETRE R LAMAELKN GRLAMIAFSG MIHQTFVTGK PLFASLNDIF SSP

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #2: EFCPI-1

分子名称: EFCPI-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 22.929465 KDa
配列文字列: MFPVSVASFA LAPAVRPVVT TPVVRAPAPL AVAPAAAGFE KGMSQFAADY PWLAKYGFGP TVKAERWNGR HAMFGWLAIL GTGVAKSHG WLPSGDVALT YNEWGGLAQQ GFNTYITNER AIIMIAHVHA LAVSAAAAFG PQVLGDSLTL LDGEKDEDPY G LFVPLKGT ...文字列:
MFPVSVASFA LAPAVRPVVT TPVVRAPAPL AVAPAAAGFE KGMSQFAADY PWLAKYGFGP TVKAERWNGR HAMFGWLAIL GTGVAKSHG WLPSGDVALT YNEWGGLAQQ GFNTYITNER AIIMIAHVHA LAVSAAAAFG PQVLGDSLTL LDGEKDEDPY G LFVPLKGT FGLTPAAEMA NGRMAMMGII AVVLTSAISG KDILEVVDIG TGGNLLTHPM F

+
分子 #3: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 22.043816 KDa
配列文字列: MLSLVGSPLS LAGASAPGVA MRAGTPAMAV ERSASIPFLK KPPALDGSMV GDVGFDPLGI STTIIELGGD LRYVREAELM HGRQAMLAT VGFVFPKLFG KLPAEWAKDI SLNPLEAQYQ IPPVALGQIA ISIAIAEGLR SRIVFSNDPD YVVGDHGFGA G MLKGKSEA ...文字列:
MLSLVGSPLS LAGASAPGVA MRAGTPAMAV ERSASIPFLK KPPALDGSMV GDVGFDPLGI STTIIELGGD LRYVREAELM HGRQAMLAT VGFVFPKLFG KLPAEWAKDI SLNPLEAQYQ IPPVALGQIA ISIAIAEGLR SRIVFSNDPD YVVGDHGFGA G MLKGKSEA QVKDMKMKEL AHCRLAMVAI TGMFFQTAIT GSLYPLVDKF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #4: EFCPI-6

分子名称: EFCPI-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 27.147926 KDa
配列文字列: MLVAALTSSP ALVAPAVAPL FAKPKLALAP HSDALRFARM EEAAAAPATE EAEEAEEVDP GPPPPPPVVY SEALPFLVRR ESLGPVGAL VGDVGFDPLG FTEILPLAWL REAEIKHCRT AMLATFGFAF TDFWHFPGFD YTTLEAHDAV IAQGGMSQLL L WIGLLEVF ...文字列:
MLVAALTSSP ALVAPAVAPL FAKPKLALAP HSDALRFARM EEAAAAPATE EAEEAEEVDP GPPPPPPVVY SEALPFLVRR ESLGPVGAL VGDVGFDPLG FTEILPLAWL REAEIKHCRT AMLATFGFAF TDFWHFPGFD YTTLEAHDAV IAQGGMSQLL L WIGLLEVF SAISIDQMLR GSGREPGDYG FDPLGFASDP AKKADLQMKE LANGRLAMFA FGGFVTQSVL TGNTFPYLFD YQ TAGDIVA IAAQGASP

+
分子 #5: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 22.39491 KDa
配列文字列: MLALSSTAAL SFAGPGLAGV SSRAGGAAMV AKSKAIPFLD APPALDGTMA GDKGFDPLLL SNVVPIQWAR EAELKHARIC MLAVVGWVT VDLGFTVPYA PQVSSLAAHD AAVDKGVFLG LLIPIALVEV LAGIPKCFQI MNEPDASPGG DYKFDPLGIG A SAEMQEKE ...文字列:
MLALSSTAAL SFAGPGLAGV SSRAGGAAMV AKSKAIPFLD APPALDGTMA GDKGFDPLLL SNVVPIQWAR EAELKHARIC MLAVVGWVT VDLGFTVPYA PQVSSLAAHD AAVDKGVFLG LLIPIALVEV LAGIPKCFQI MNEPDASPGG DYKFDPLGIG A SAEMQEKE ISNGRLAMLA FSGIVTQAAL TQGPFPYTYN GVEDLVPPMQ SVQGALSIL

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #6: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 25.430328 KDa
配列文字列: MLSVVAPQLS LSTAHVVGAR RAPAVQMAAG PMYDQPLAPS TMGREFINSA RKPLSEYVGA SQELAAFPGG GGKEGAAPVP WDPLQLSEL WKVSANNPDV AWLREAELKH GRMSMLAITG VMVQSAGIHL PGNADISFAN ADWAMAPTTL PPAAWGQVLF F IGLAEGQT ...文字列:
MLSVVAPQLS LSTAHVVGAR RAPAVQMAAG PMYDQPLAPS TMGREFINSA RKPLSEYVGA SQELAAFPGG GGKEGAAPVP WDPLQLSEL WKVSANNPDV AWLREAELKH GRMSMLAITG VMVQSAGIHL PGNADISFAN ADWAMAPTTL PPAAWGQVLF F IGLAEGQT SAGLFDLWLG NTEKREPGNL GWGTQFLSKD KKAADKMRLK ELKNGRLAML AIMGVAFNHV IPGALPGCMY N

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #7: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 20.760982 KDa
配列文字列: MLSLASPTAC GFAAPLAPRS AVRSASPSML AVTDLVGAST EVSNKVWDPL KLSENMDESN LKLVRAAELK HCRVAMLATV GWLWTATGT HFEGMLSTSS GVSFADVAAA GPLLGAAKVP AAGIWQMIAA IGALEVYWEN KYPAAECGGD FGVPRVTQDP A KFKEIQLA ...文字列:
MLSLASPTAC GFAAPLAPRS AVRSASPSML AVTDLVGAST EVSNKVWDPL KLSENMDESN LKLVRAAELK HCRVAMLATV GWLWTATGT HFEGMLSTSS GVSFADVAAA GPLLGAAKVP AAGIWQMIAA IGALEVYWEN KYPAAECGGD FGVPRVTQDP A KFKEIQLA ELKNGRLAMI GIISFACAEA IPGSVPFYPF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #8: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 21.065248 KDa
配列文字列: MLSLTVNSLS LNAGLPAVRA GRSPAPAMGV KSQALPFMDA PAPLDGSMAG DKGFDPLNLS GSFDIKWMRE AELKHGRVCM LAWVGYVAV DNGFYVPFAP HVSSLAAHDA AVKAGPMLGL LLAVGAIEAI SYNAIAEMMS GETDRRPGDF YLDPFNLCST P EKLESMLE ...文字列:
MLSLTVNSLS LNAGLPAVRA GRSPAPAMGV KSQALPFMDA PAPLDGSMAG DKGFDPLNLS GSFDIKWMRE AELKHGRVCM LAWVGYVAV DNGFYVPFAP HVSSLAAHDA AVKAGPMLGL LLAVGAIEAI SYNAIAEMMS GETDRRPGDF YLDPFNLCST P EKLESMLE KEISHCRLAM FAFSGVVTQS ALTGGAFPYT S

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #9: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 21.042486 KDa
配列文字列: MLAAASSLPL ALVQSGAALR APQLQPLSAQ LKVNGMVGDC KPLGYFDPLG FSKDASPETM AKFREAELKH GRVAMLACAG MITADKFHP LFGGKLSSNP LLAITQVPKL GLLQILLFIG FMEVFGILNS RRPDYEPGNF LGTSQWETTP TWDAYQLREL N NGRLAMFG ...文字列:
MLAAASSLPL ALVQSGAALR APQLQPLSAQ LKVNGMVGDC KPLGYFDPLG FSKDASPETM AKFREAELKH GRVAMLACAG MITADKFHP LFGGKLSSNP LLAITQVPKL GLLQILLFIG FMEVFGILNS RRPDYEPGNF LGTSQWETTP TWDAYQLREL N NGRLAMFG AIGMLTHAYI TGKGPLELLD AGNGGIVF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #10: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 21.689107 KDa
配列文字列: MLAFASSPLS FSAPALARPA AALRGAASMG LAPPVEKSQA LPFAERPAKL DGTLVGDVGF DPLGLSNILP IEWMREAELK HGRVCMLAV VGYIVVDKGL RAPGAEKLVA ATSSFTAHDA AVQSGHMWAL LLACGLFEIV GAGAIASTLN GGDRKPGEFA L TGGFDRDA ...文字列:
MLAFASSPLS FSAPALARPA AALRGAASMG LAPPVEKSQA LPFAERPAKL DGTLVGDVGF DPLGLSNILP IEWMREAELK HGRVCMLAV VGYIVVDKGL RAPGAEKLVA ATSSFTAHDA AVQSGHMWAL LLACGLFEIV GAGAIASTLN GGDRKPGEFA L TGGFDRDA AKLERFKLAE IKHSRLAMMA FSGLVTQDAL SHGATGFPYF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #11: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 22.10935 KDa
配列文字列: MLALTSCSGP SFAAPLAPAT RAARGAASPT MGVETELGAT GPLGYWDPFG FSVRNPERFN RYRAVELKHG RIAMAATTGY MVQSFLRWP GYLSTSANIK FADLPNGIAA FKAIPPAGLF QILLFIGAME AFTWRYYEGP WPGKVPEGKA PGDVAGDLWV R YTDPEEKA ...文字列:
MLALTSCSGP SFAAPLAPAT RAARGAASPT MGVETELGAT GPLGYWDPFG FSVRNPERFN RYRAVELKHG RIAMAATTGY MVQSFLRWP GYLSTSANIK FADLPNGIAA FKAIPPAGLF QILLFIGAME AFTWRYYEGP WPGKVPEGKA PGDVAGDLWV R YTDPEEKA FKLNAEINNG RAAMMGSLGM LMHDHILGTW VPPGFE

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #12: EFCPI-12

分子名称: EFCPI-12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 24.057834 KDa
配列文字列: MLSLPQSSFA LSAPVSAMRG VVRSGLAPRM GVETMEGVGP ETGNKVFDPV GFATLGGDET LAFFRHAEIK HGRVAMAAMV GFLFHINHI HFPGYLSPTA GVTFEQLSAV GPFEAWNMIP LLGQLQILWT IAGLEHASEC LDPAGHYTKG GTPGNLKFLK N FWDTPGFT ...文字列:
MLSLPQSSFA LSAPVSAMRG VVRSGLAPRM GVETMEGVGP ETGNKVFDPV GFATLGGDET LAFFRHAEIK HGRVAMAAMV GFLFHINHI HFPGYLSPTA GVTFEQLSAV GPFEAWNMIP LLGQLQILWT IAGLEHASEC LDPAGHYTKG GTPGNLKFLK N FWDTPGFT KKLTEAQKAE KLVSELKNGR LAMIGIASVC AATAVPGSVP LLANAPALTG PGFALPFGTF

+
分子 #13: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 23.617469 KDa
配列文字列: MAMMLSSLAA PALLAPVAPI ARAPAAASAK MALVDSMEGV GEETGGQIWD PLGISEAVSD EAVMWFRASE LKHGRVAMLA SVGYLVGAA KISFPGELAK GVTFASVAAN GPYQAWDAVP QAGKLQILSI ILALEWATEA KKPHYMRGGV PGKIEQLPFD G IQGLWAPK ...文字列:
MAMMLSSLAA PALLAPVAPI ARAPAAASAK MALVDSMEGV GEETGGQIWD PLGISEAVSD EAVMWFRASE LKHGRVAMLA SVGYLVGAA KISFPGELAK GVTFASVAAN GPYQAWDAVP QAGKLQILSI ILALEWATEA KKPHYMRGGV PGKIEQLPFD G IQGLWAPK IKFWDPLNFT GALSAEQKAR KRKAELKNGR LAMIGIISFI TGHNLPGSVP ALDSSF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #14: EFCPI-17

分子名称: EFCPI-17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 23.840873 KDa
配列文字列: MSLSLLSSAP VGFAAPLPAV RPVAQPRPLT MSAADGMEGA AHETGFTTWD PLGLADLGSP ATLAFFRHAE LKHCRVAMAA FTGWLVAVS GVHFPGLCSF SEGISFEDIS QLTPMEQWGA VPALGKAQIL LAIGIIEHQS EWKIKPHYMA AGGKPGDLKG L KSFWDPIG ...文字列:
MSLSLLSSAP VGFAAPLPAV RPVAQPRPLT MSAADGMEGA AHETGFTTWD PLGLADLGSP ATLAFFRHAE LKHCRVAMAA FTGWLVAVS GVHFPGLCSF SEGISFEDIS QLTPMEQWGA VPALGKAQIL LAIGIIEHQS EWKIKPHYMA AGGKPGDLKG L KSFWDPIG LTSKMDAKKL ERQRLSEIKN GRLAMIGIVS VLIANNMPGA IPLPIAFPAG PSLVLPF

+
分子 #15: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 21.835316 KDa
配列文字列: MLSLTVNSVS FNGPALAPRV APAAAAGVRM GVSDMEGTGP ETGGKVFDPM GLSKIASAET LAWYRAAELK HSRVAMAAVT GWAWVSSGG PLFPGYLSVE QGVTFESLGR DGYAAWAAVP EAGKFQILGV IGILEILSES AVKPHYMAGG TPGKVPLLWD P LGFTAKLS ...文字列:
MLSLTVNSVS FNGPALAPRV APAAAAGVRM GVSDMEGTGP ETGGKVFDPM GLSKIASAET LAWYRAAELK HSRVAMAAVT GWAWVSSGG PLFPGYLSVE QGVTFESLGR DGYAAWAAVP EAGKFQILGV IGILEILSES AVKPHYMAGG TPGKVPLLWD P LGFTAKLS PETLARKRLA ELKNGRLAMI GVMSLVSAHF IPNSVPLLPG SV

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #16: EFCPI-18

分子名称: EFCPI-18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 19.804814 KDa
配列文字列:
MLGAISPLAL GLAGAAAPSV AVTRAAVSMA GSVDSMIGKY SIKGTVYDPL DLASKYDVNW LREAELKHGR VCMLAVAGFL ANDAGWGLP GLDIKCSSIE AHDRMVESGH MWALLAVVGV CEFLHFSVVV PKLDGDWGDW EPGNYGLDPF KLDSPSRREA E LKNGRLAM LAFSGLVTQA ALGHAAPYI

+
分子 #17: EFCPI-22

分子名称: EFCPI-22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 26.55859 KDa
配列文字列: MALLSLAPSC LGLATPLRAA PPLASSRAAA VSMDYSKEEL ATALNPVVGY FDPLGLATAD FWSQGNEATW GWLRHAEIKH GRVAMFAFV GYIAQYNGLH FGFPLSLPES PSYAAGLTPP EQWDALPLLA KAQIFTFIGF LEFWSELGME THYMKGGRPG D YPDFPKAG ...文字列:
MALLSLAPSC LGLATPLRAA PPLASSRAAA VSMDYSKEEL ATALNPVVGY FDPLGLATAD FWSQGNEATW GWLRHAEIKH GRVAMFAFV GYIAQYNGLH FGFPLSLPES PSYAAGLTPP EQWDALPLLA KAQIFTFIGF LEFWSELGME THYMKGGRPG D YPDFPKAG VIPVTPVKVF NLYDPFGFAG KRSEEQKAKG LLAEINNGRA AMIGIMAFLA EQKIPGSVPW GPHLKPYAGE VM APFMP

+
分子 #18: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 21.708004 KDa
配列文字列: MLSLALSPLS LSGLAPRSAV SSSRVAAPQM VQSKSMPMME APEHLQGMVG NVDFDPLGLS SPNNIKWMRE AELKHGRMSM LAWTGYVAV DLGLRFPGAR YAELNSFNAH DVVAKKELFL LLLWVGTFET IGASQIYDMS IDQSERKPGD FGFDPLRLLK S PEAPKYYE ...文字列:
MLSLALSPLS LSGLAPRSAV SSSRVAAPQM VQSKSMPMME APEHLQGMVG NVDFDPLGLS SPNNIKWMRE AELKHGRMSM LAWTGYVAV DLGLRFPGAR YAELNSFNAH DVVAKKELFL LLLWVGTFET IGASQIYDMS IDQSERKPGD FGFDPLRLLK S PEAPKYYE AELVHGRAAM LAFSAVVTQS ALGNTAFPYF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #19: LEFP

分子名称: LEFP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 12.203064 KDa
配列文字列:
MLALASASYG LTVGVPAAPA AGRAAAPTMA AAESRRNVLA AALLLAPSAA NAMTIPGLNA PGLVPATKKP AGAKPSFESY RDTSHFWSS QGIMDSVPKV KGIVTPKTPV GYGAPKAPEP PAAS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #20: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 27.282211 KDa
配列文字列: MLSASVALSA GSAAITAPVA APGRGAVRAA APALMDKSGL EGFAKELNPV VGYWDPLNLS NGEFWGDSNS ATIGFLRESE IKHGRVAMA GFVGYIVHAN DIRFPWDKVA MAAPKGLSPQ ELWDVTPEAA KWQIILTIAF LEFWRENSYI LSKEGEQHYM R GGKPGYFP ...文字列:
MLSASVALSA GSAAITAPVA APGRGAVRAA APALMDKSGL EGFAKELNPV VGYWDPLNLS NGEFWGDSNS ATIGFLRESE IKHGRVAMA GFVGYIVHAN DIRFPWDKVA MAAPKGLSPQ ELWDVTPEAA KWQIILTIAF LEFWRENSYI LSKEGEQHYM R GGKPGYFP TFSELPHPVP FNLFDPFGFS KNASPEKKAK GLLAEVNNGR LAMIGLMGFL SEAKVPGSVP ALANVGIRPY AG EVMAPFD ANFHLF

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #21: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 26.276248 KDa
配列文字列: MLAAAVSTPL SFAGAAAAPL ARASAPAMSA LPELSKKLNP VLGYWDPLNL AELNFWGAGD DATVGFLRHA EIKHGRVAMA AFVGYCVQS NVHFPWAPFN SIPTNIAPAE QWAQLPEAAK WQIILFVGFL EVYSEHSFIL EKYGQKHYMK GGKPGFFPDF D TMVHPVPL ...文字列:
MLAAAVSTPL SFAGAAAAPL ARASAPAMSA LPELSKKLNP VLGYWDPLNL AELNFWGAGD DATVGFLRHA EIKHGRVAMA AFVGYCVQS NVHFPWAPFN SIPTNIAPAE QWAQLPEAAK WQIILFVGFL EVYSEHSFIL EKYGQKHYMK GGKPGFFPDF D TMVHPVPL NLWDPLKAYK GASAERKADG LLKEVNNGRL AMIGIMGFCA EARVPGAVPA LSNIAHYAGD PMAPFAANFH LP GFAS

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #22: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 27.517436 KDa
配列文字列: MLLAGSSALS LSYVAPAAPA AAVRGGAVRM ESLSDLKTLA TGLNPVVGYW DPLKLGEAEF WDNTNEETIG WLRHAEIKHG RVAMAGFVG FIVQANGIKF PWAPFNAITS TSPPEQWDQL PDAAKWQIIL GVGFLEWWSE IRVDGTPHYM KGGKPGYVPD F DATPDQLP ...文字列:
MLLAGSSALS LSYVAPAAPA AAVRGGAVRM ESLSDLKTLA TGLNPVVGYW DPLKLGEAEF WDNTNEETIG WLRHAEIKHG RVAMAGFVG FIVQANGIKF PWAPFNAITS TSPPEQWDQL PDAAKWQIIL GVGFLEWWSE IRVDGTPHYM KGGKPGYVPD F DATPDQLP HWVGLNLYDP LKWSKGASAE KKQKGLLTEL NNGRLAMLGI MGFVSEAKVP GSVPLLKGLV APYTGEVMAP FA TDIDWSS WAYIPGA

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #23: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 83.647352 KDa
配列文字列: MKVGSKELEA SKVRVIVDKD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LAIIFLWVS QAYFHGARFS NYSAWLLNPT SIKPSAQVVW PVVGQEILNG DVGGGFSGVQ ITSGVFQMWR ASGITNETEL Y WTAMGGLM ...文字列:
MKVGSKELEA SKVRVIVDKD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LAIIFLWVS QAYFHGARFS NYSAWLLNPT SIKPSAQVVW PVVGQEILNG DVGGGFSGVQ ITSGVFQMWR ASGITNETEL Y WTAMGGLM MSALMVFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GCLSWSGHQI HISLPINKLL DAGVAPQEIP LP HELLFNQ DLMAQLYPSF KKGLLPFFTL NWGEYSDFLT FKGGLNPITG SLWLSDTAHH HLALAVLFIF AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPLTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMMGSLSII VAHHMYAMPP YPYIAVDYPT QLSLFTHHMW IGGF CVCGA AAHGAIFMVR DYSPVQSYNN LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGTHSFGL YIHNDTMRAL GRPQDMFSDK AIQLQ PIFA KWVQSLHTLA PGNTAPNSLA TASYAFGGDV VAVNGKIAMM PIQLGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHIF LGLFWMYNCI SVVIFHFSWK MQSDVWGTIS EKGKITHITG GNFANSA LT INGWLRDFLW SQASQVIQSY GSALSAYGII FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESVV WAHNKLKLAP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW SFFLARIISV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #24: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 82.100969 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFQQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQS AIKAFTRGGV SYPVNIATSG VYHWWYTVGM RTNEDLYFGA LGLLVLSTTL LFAGWLHLQP K FRPGIAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFQQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQS AIKAFTRGGV SYPVNIATSG VYHWWYTVGM RTNEDLYFGA LGLLVLSTTL LFAGWLHLQP K FRPGIAWF KNNESRLNHH LSGLFGVSSL AWSGHLIHVA IPESRGQHIR WNNFTSTLPH PEGLTPFFTG NWGLYAENPD TA QHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS MWLTDIAHHH LAIAVVFIFA GHMYRTNWGI GHSMKEILDA HVPPKGRLGA GHR GLFETI TDSLHMQLGL ALASLGVATS LVAQHMYALP SYAFMAKDYV TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EVNKD NVLARMLQHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYIHNDVCVA FGTPEKQILF EPVFAQFIQA ASGKALYGFD VLLSS STSA ASVASSKIWL PGWMEAINSG KNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAMFWM LNTISWVTFY WHWKHLTVWG GNAAAFNESS TYIMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNAFGM NA QAVWAWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPIANLVK WRDKPVALSI VQARLVGLAH FTVGFIFT F APFVIASTTG KFA

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #25: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 8.809169 KDa
配列文字列:
MSHSVRVYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRAEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SETTRSLGLT Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #26: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 15.898161 KDa
配列文字列:
MTSDVLNLQI PTPTFGGSTG GWLRAAEIEE KYAITWTSKK EQIFEMPTSG AAIMQKGENL LYLAKKEQCL ALSTQLRTLF KISDYKIYR IFPNSEVQYL HPKDGVFPEK LNEGRIGVGN VGYSIGKNPN PVNVKFTGKN TFD

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #27: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 13.501674 KDa
配列文字列:
MRSALLLALA APAAALAPGS MLSSSRVVCR GGAPDMIERG SKVRVLRPES YWFQECGSVA TIAKGGDRYP VVVRFEKVNY AGVATNNFA LDELGEVEAP AKKKAAKAAP AAKEGAPAAK AAPAAKEVAA KK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #28: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 20.000166 KDa
配列文字列:
MKVLLNWLLV ASLFAASPKA AFADVSGLTP CKDSAVFKKR LDGSVKKLQA RLANYTEGTP AYLALEQQID QTKARFAKYG DKGLLCGAD GLPHLIADGR PDHAGEFVIP AFGFLYIAGW IGWAGRSYLQ FSKKTDKPNE NEIIINVPVA LGMMSGAFLW P LAAWKELI NGQLLVPGDE VTVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #29: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 3.97176 KDa
配列文字列:
MSASFLPSIL TPVVTLVFPG LMFALFFVLI EQEEIA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #30: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 4.539402 KDa
配列文字列:
MSKDLLKYLS TAPVLLTAWM SLTAGMIIEI QRFFPDSLSF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #31: PSI-K

分子名称: PSI-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 11.631743 KDa
配列文字列:
MRPAVMRPTM AAPVQMSLDP VTAADSASHA TQLLALALPI PQFNPAKAFI MMFSNILIIC TMSIQGKSLA RGTPHDEMVE SFGITWLLA GTSLGHIVGA GAILGCTAAG FLA

UniProtKB: PSI-K

+
分子 #32: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 15.488802 KDa
配列文字列:
MSEFVKPYNN DPFVGNLSTP VTTSTATKLY LGNLPIYRKG LSPLLRGLEI GMAHGYFLIG PFYILGPLRN SPNALLVGLF SAFGLILIL TLGLTIYGLA SFQGTEGGEN LESAKGWRNF TSGFSIGAFG GASVAYVLLD NISFFA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #33: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 3.213874 KDa
配列文字列:
MITDSQIFFA LCIALTAAVL AIGLGRQLYV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #34: EFCPI-30

分子名称: EFCPI-30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 28.691213 KDa
配列文字列: MSLSLLSSAP VGFAAPLPAV RPVAQPAAAR STPPVMETID DLKSLAVKAN PVVGYWNPTP LADMGFWGQS QEATIGFLRH AELKHGRVA MAAFVGFCLQ SNGVHFPWAC TLEGTTFGDI AAAGGPAAQW DALPTNAKLQ ILLLIGFFEL LSENTYALAQ S GQKHYMRG ...文字列:
MSLSLLSSAP VGFAAPLPAV RPVAQPAAAR STPPVMETID DLKSLAVKAN PVVGYWNPTP LADMGFWGQS QEATIGFLRH AELKHGRVA MAAFVGFCLQ SNGVHFPWAC TLEGTTFGDI AAAGGPAAQW DALPTNAKLQ ILLLIGFFEL LSENTYALAQ S GQKHYMRG GKPGVFPSLK KVGIPVPVPL DLWDPFGFTA KMSQEKKDAK LVTELNNGRA AMLGIMGFVA ASKVPGSVPA LD GLIAPYS GEVMAPFSAG DSALPFVEGM LKASPF

+
分子 #35: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 27.30724 KDa
配列文字列: MLALTSSSLS FAPAVAPRAA VSGPVMSAKA DLEAFAKECN PVVGYWDPLG LADLPLWGQD QDAVIGWLRH SEIKHGRIAM AGFVGYIAH ANGFRFGGIG PQNVVPEGAS APEVWDSIPF LAKLQIIGAI GVLEHISEDK NFLAADGMKH YMRGGKPGYF P TFSANVHP ...文字列:
MLALTSSSLS FAPAVAPRAA VSGPVMSAKA DLEAFAKECN PVVGYWDPLG LADLPLWGQD QDAVIGWLRH SEIKHGRIAM AGFVGYIAH ANGFRFGGIG PQNVVPEGAS APEVWDSIPF LAKLQIIGAI GVLEHISEDK NFLAADGMKH YMRGGKPGYF P TFSANVHP MPLNLFDPFK WSKNASPEKK AKGLVTETNN GRLAMLGLFG FLSESKIPGS VPALSGIIPS YDGDYMQPFL PT GPDTSLW TIGNLWAN

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #36: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 28.32873 KDa
配列文字列: MLSLASASTL SLAPAALMRA PAVRTAAPVM ESKAELESLA GKLNPVIGYW DPLNLADYDQ WSQGQEAAIG FLRHAEIKHG RVAMAAFVG YIVQSNGICW PWALTGGPNG VMHSDILAAG GPADQWDALP TASKLQILLF VGGLELWSEN SYVLGLSGEK H YMRGGKPG ...文字列:
MLSLASASTL SLAPAALMRA PAVRTAAPVM ESKAELESLA GKLNPVIGYW DPLNLADYDQ WSQGQEAAIG FLRHAEIKHG RVAMAAFVG YIVQSNGICW PWALTGGPNG VMHSDILAAG GPADQWDALP TASKLQILLF VGGLELWSEN SYVLGLSGEK H YMRGGKPG FFPSIKKGGI PHPVPFDLFD PFGLSKNASP EKKAKGLLAE INNGRLAMLG IMAFVSESKV PGSVPALAGK IA PYSGEVM APFAASDNLP FVADMLKSPL F

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #37: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 13.621712 KDa
配列文字列:
MKGALAFLCL LGSAAAFAPA ALRPAVMQRS VAAAPAAAGA VMVDRSEAAD TWWGDKDYPP SIVLGIGKDV PSSIFGVTSG LAFAIGVYC VAQSNLVNIL SGSTVNGFYV AGALLVPYSW GLHVAAWIQK QNGK

+
分子 #38: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 28.110125 KDa
配列文字列: MSFADEFTFD SKPWSSSEIK DKAGLEALAK KLNPTVGLWD PLGIAETSPE TIGWFRHAEI KHGRVAMAAF VGYCVQSNGI HFPWNIQGW QGTPVVSFAD IAAAGGPADQ WDALSTPAKL QILGVIGFLE MWSETSVVLK ADGQEHYVRG GKPGYFPKLS R SDEMAFPH ...文字列:
MSFADEFTFD SKPWSSSEIK DKAGLEALAK KLNPTVGLWD PLGIAETSPE TIGWFRHAEI KHGRVAMAAF VGYCVQSNGI HFPWNIQGW QGTPVVSFAD IAAAGGPADQ WDALSTPAKL QILGVIGFLE MWSETSVVLK ADGQEHYVRG GKPGYFPKLS R SDEMAFPH PVPLNLWDPF GFTSKMTPER KEKALLAEVN NGRLAMIGIF GMISASKGLQ VPGLDTVGIK PYAGEVMAPF AA GDASLPF VSGMLEKIGT YGY

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #39: Light harvesting protein

分子名称: Light harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Emiliania huxleyi (真核生物)
分子量理論値: 27.669822 KDa
配列文字列: MLATASTLSL SYAAPAAPAG ASLRHARPAA APPLMETKAD LEALAKDLNP AVGFWDPLAL SDYSFWGTSQ EATIGFLREA EIKHGRIAM AGFVGYIVHS NDIRWTFDKV AASVPTGLPA PAVWDAIPDI AKWQIILFVG VMESWRENKV VLEAEGQKHY M SGGKPGYF ...文字列:
MLATASTLSL SYAAPAAPAG ASLRHARPAA APPLMETKAD LEALAKDLNP AVGFWDPLAL SDYSFWGTSQ EATIGFLREA EIKHGRIAM AGFVGYIVHS NDIRWTFDKV AASVPTGLPA PAVWDAIPDI AKWQIILFVG VMESWRENKV VLEAEGQKHY M SGGKPGYF PSFDLLPHPV PFPLFDPFGI SKRATEEKKA KGRLAEINNG RLAMIGLFGF LSEATVPGSV PFLKGVVPAY TG EVMAPFT QNIFTAPTAL

UniProtKB: Light harvesting protein

+
分子 #40: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 387 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #41: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 121 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #42: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 73 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #43: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 19 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #44: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 109 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #45: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #46: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 6 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #47: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-2-[2-[(4~{S},6~{R...

分子名称: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-2-[2-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]ethenyl]-6,11,15-trimethyl-16-oxidanylidene-17-[(1~{S},4~{S},6~{R})- ...名称: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-2-[2-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]ethenyl]-6,11,15-trimethyl-16-oxidanylidene-17-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14-heptaenyl] hexanoate
タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 42 / 式: A1EB1
分子量理論値: 773.049 Da

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分子 #48: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})...

分子名称: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[2-[(1~{R},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4- ...名称: [(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[2-[(1~{R},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]ethynyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenyl] dodecanoate
タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 3 / 式: A1EB4
分子量理論値: 839.193 Da

+
分子 #49: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #50: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #51: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #52: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 93213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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