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- EMDB-63395: Cryo-EM structure of the Nipah G head domain in complex with thre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63395
タイトルCryo-EM structure of the Nipah G head domain in complex with three Fabs
マップデータ
試料
  • 複合体: The quaternary complex of Nipah virus G protein with LN3D3, S2B10, and S1E2 antibody Fab
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: NIV LN3D3 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NIV LN3D3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S2B10 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S2B10 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S1E2 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S1E2 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNipah G protein / Antibodies / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス) / Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Wang Y / Deng Z / Zhao H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2025
タイトル: Antigenic landscape of Nipah virus attachment glycoprotein analysis reveals a protective immunodominant epitope across species.
著者: Dan Zhou / Yong Wang / Yanfeng Yao / Wenhua Kuang / Rao Cheng / Gan Zhang / Hang Liu / Xin Li / Sandra Chiu / Zengqin Deng / Haiyan Zhao /
要旨: Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV), two highly pathogenic Henipaviruses (HNVs), pose a significant public health threat. The attachment glycoprotein (G) plays a crucial role in viral attachment ...Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV), two highly pathogenic Henipaviruses (HNVs), pose a significant public health threat. The attachment glycoprotein (G) plays a crucial role in viral attachment and entry, making it an attractive target for vaccine and therapeutic antibody development. However, the antigenic landscape and neutralization sensitivity of the diverse HNV G proteins remain poorly defined. Here, we systematically characterize 27 monoclonal antibodies (mAbs) elicited by NiV G head (G) nanoparticle-immunized mice. Among these, 25 mAbs exhibit neutralizing activity against two major NiV strains, NiV-Malaysia and NiV-Bangladesh, with five mAbs also cross-inhibiting HeV infection. Notably, mAbs from two distinct groups conferred complete protection to hamsters against lethal NiV-Malaysia challenge. Structural analysis of NiV G in complex with representative Fabs reveals four non-overlapping epitopes, including two novel antigenic sites and one public protective epitope shared across species. MAbs targeting the novel sites bind to the top or side faces of G protein's β-propeller and inhibit viral infection by blocking either receptor engagement or membrane fusion. MAbs recognizing the public epitope block the receptor binding directly. Our study provides a comprehensive antigenic map of the NiV G and offers new insights and opportunities for antibody-based therapies and rational vaccine development.
履歴
登録2025年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.5714711 - 2.2947097
平均 (標準偏差)-0.00013784683 (±0.04203848)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 285.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63395_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63395_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The quaternary complex of Nipah virus G protein with LN3D3, S2B10...

全体名称: The quaternary complex of Nipah virus G protein with LN3D3, S2B10, and S1E2 antibody Fab
要素
  • 複合体: The quaternary complex of Nipah virus G protein with LN3D3, S2B10, and S1E2 antibody Fab
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: NIV LN3D3 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NIV LN3D3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S2B10 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S2B10 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S1E2 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NiV S1E2 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The quaternary complex of Nipah virus G protein with LN3D3, S2B10...

超分子名称: The quaternary complex of Nipah virus G protein with LN3D3, S2B10, and S1E2 antibody Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #7, #2-#6
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein G

分子名称: Glycoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 47.766324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GVSNLVGLPN NICLQKTSNQ ILKPKLISYT LPVVGQSGTC ITDPLLAMDE GYFAYSHLER IGSCSRGVSK QRIIGVGEVL DRGDEVPSL FMTNVWTPPN PNTVYHCSAV YNNEFYYVLC AVSTVGDPIL NSTYWSGSLM MTRLAVKPKS NGGGYNQHQL A LRSIEKGR ...文字列:
GVSNLVGLPN NICLQKTSNQ ILKPKLISYT LPVVGQSGTC ITDPLLAMDE GYFAYSHLER IGSCSRGVSK QRIIGVGEVL DRGDEVPSL FMTNVWTPPN PNTVYHCSAV YNNEFYYVLC AVSTVGDPIL NSTYWSGSLM MTRLAVKPKS NGGGYNQHQL A LRSIEKGR YDKVMPYGPS GIKQGDTLYF PAVGFLVRTE FKYNDSNCPI TKCQYSKPEN CRLSMGIRPN SHYILRSGLL KY NLSDGEN PKVVFIEISD QRLSIGSPSK IYDSLGQPVF YQASFSWDTM IKFGDVLTVN PLVVNWRNNT VISRPGQSQC PRF NTCPEI CWEGVYNDAF LIDRINWISA GVFLDSNQTA ENPVFTVFKD NEILYRAQLA SEDTNAQKTI TNCFLLKNKI WCIS LVEIY DTGDNVIRPK LFAVKIPEQC T

UniProtKB: Glycoprotein G

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分子 #2: NIV LN3D3 Fab Light Chain

分子名称: NIV LN3D3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 11.781964 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIQMTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQSIS NNLHWYQQKS HESPRLLIKY ASQSISGIPS RFSGSGSGTD FTLSINNLET EDFGMYFCQ HSDSWPFTFG SGTKLEIK

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分子 #3: NiV S2B10 Fab Heavy Chain

分子名称: NiV S2B10 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 13.474939 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QMQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGYSIT SDYAWNWIRQ FPRNKLEWMG FITYSGSTSY NPSLKSRISL TRDTSKNQFF LQLSSVTTE DTATYYCARS GANWDWFAYW GQGTLVTVSA

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分子 #4: NiV S2B10 Fab Light Chain

分子名称: NiV S2B10 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 12.196509 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQMTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGNSFMHWY QQKPGQPPKL LIYRASKLES GIPARFSGSG SRTDFTLTIN PVEADDVAT YHCQQSNEDP WTFGGGTKLE IK

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分子 #5: NiV S1E2 Fab Heavy Chain

分子名称: NiV S1E2 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 13.737145 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QMQLQESGPG LVKPSQSLSL TCSVTGYSIT SGYYWNWIRQ FSGNKLEWMG YINHDGSKNY NPSLKNRISI TRDTSKNQFF LKLNSVTTE DTATYYCARD YGSYYYPMDY WGQGTSVTVS S

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分子 #6: NiV S1E2 Fab Light Chain

分子名称: NiV S1E2 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 11.425794 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPPI MSASPGEKVT ITCSASSSVT FMHWFQQKPG TSPKLWIFST SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRMEAE DAATYYCQQ RSSYPFTFGS GTKLEIK

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分子 #7: NIV LN3D3 Fab Heavy Chain

分子名称: NIV LN3D3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 13.380813 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVKLEESGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT NYVMHWVKQK PGQGLEWIGY VNPYNDGTQY NEKFRDKATL TSDKSSSTVY MELNSLTSE DSAVYYCTRG DYPYWVFEVW GAGTTVTVSS

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 145635
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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