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- EMDB-63292: Structure of the human monomeric NLRP7-TCL1A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63292
タイトルStructure of the human monomeric NLRP7-TCL1A complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of human monomeric NLRP7-TCL1A complex
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7
    • タンパク質・ペプチド: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A
キーワードsubcortical maternal complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1 binding / caspase binding / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of protein processing / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / protein serine/threonine kinase activator activity / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response ...interleukin-1 binding / caspase binding / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of protein processing / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / protein serine/threonine kinase activator activity / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / intracellular signal transduction / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain ...TCL1/MTCP1 / TCL1/MTCP1 superfamily / TCL1/MTCP1 family / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / DAPIN domain profile. / DAPIN domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell leukemia/lymphoma protein 1A / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Liu QT / Li JH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: TCL1A mediates DNA methylation defects in recurrent hydatidiform mole with NLRP7 pathogenic variants.
著者: Zheng Gao / Qingting Liu / Lei Li / Ting Hu / Xukun Lu / Yu Wu / Dandan Qin / Xiaoxiao Wang / Chen Gu / Jinhong Li / Chengpeng Xu / Dan Zhou / Fan Zhou / YanLing Bai / Xiangjin Kang / ...著者: Zheng Gao / Qingting Liu / Lei Li / Ting Hu / Xukun Lu / Yu Wu / Dandan Qin / Xiaoxiao Wang / Chen Gu / Jinhong Li / Chengpeng Xu / Dan Zhou / Fan Zhou / YanLing Bai / Xiangjin Kang / Jianqiao Liu / Dong Deng / Lei Li /
要旨: Pathogenic variants in NLRP7, implicated in 55% of recurrent hydatidiform mole characterized by hypomethylation at maternally methylated imprinted regions, are proposed to disrupt de novo DNA ...Pathogenic variants in NLRP7, implicated in 55% of recurrent hydatidiform mole characterized by hypomethylation at maternally methylated imprinted regions, are proposed to disrupt de novo DNA methylation in human oocytes. However, the precise mechanism remains unclear. Here, we identify TCL1A, a DNMT3A inhibitor, as an endogenous NLRP7-interacting partner. The cryo-EM structure of the NLRP7-TCL1A complex reveals its fundamental architecture. Comprehensive analysis demonstrates that the majority of recurrent hydatidiform mole-causing NLRP7 variants impair its interaction with TCL1A. Mechanistically, NLRP7 potentially safeguards oocyte methylome by sequestering TCL1A in the cytoplasm, thereby preventing its nuclear entry and subsequent suppression of DNMT3A-mediated de novo methylation. Combining in silico predictions and interaction analysis, we identify L766R as a pathogenic variant. These findings propose a cytoplasmic regulatory mechanism governing nuclear DNA methylation, explaining the hypomethylation pathogenesis in NLRP7 variant-associated recurrent hydatidiform mole.
履歴
登録2025年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.016352862 - 2.160482
平均 (標準偏差)0.0017318393 (±0.029413518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63292_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63292_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of human monomeric NLRP7-TCL1A complex

全体名称: Structure of human monomeric NLRP7-TCL1A complex
要素
  • 複合体: Structure of human monomeric NLRP7-TCL1A complex
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7
    • タンパク質・ペプチド: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A

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超分子 #1: Structure of human monomeric NLRP7-TCL1A complex

超分子名称: Structure of human monomeric NLRP7-TCL1A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform 3 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7

分子名称: Isoform 3 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 118.448906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSPQLEWTL QTLLEQLNED ELKSFKSLLW AFPLEDVLQK TPWSEVEEAD GKKLAEILVN TSSENWIRNA TVNILEEMNL TELCKMAKA EMMEDGQVQE IDNPELGDAE EDSELAKPGE KEGWRNSMEK QSLVWKNTFW QGDIDNFHDD VTLRNQRFIP F LNPRTPRK ...文字列:
MTSPQLEWTL QTLLEQLNED ELKSFKSLLW AFPLEDVLQK TPWSEVEEAD GKKLAEILVN TSSENWIRNA TVNILEEMNL TELCKMAKA EMMEDGQVQE IDNPELGDAE EDSELAKPGE KEGWRNSMEK QSLVWKNTFW QGDIDNFHDD VTLRNQRFIP F LNPRTPRK LTPYTVVLHG PAGVGKTTLA KKCMLDWTDC NLSPTLRYAF YLSCKELSRM GPCSFAELIS KDWPELQDDI PS ILAQAQR ILFVVDGLDE LKVPPGALIQ DICGDWEKKK PVPVLLGSLL KRKMLPRAAL LVTTRPRALR DLQLLAQQPI YVR VEGFLE EDRRAYFLRH FGDEDQAMRA FELMRSNAAL FQLGSAPAVC WIVCTTLKLQ MEKGEDPVPT CLTRTGLFLR FLCS RFPQG AQLRGALRTL SLLAAQGLWA QMSVFHREDL ERLGVQESDL RLFLDGDILR QDRVSKGCYS FIHLSFQQFL TALFY ALEK EEGEDRDGHA WDIGDVQKLL SGEERLKNPD LIQVGHFLFG LANEKRAKEL EATFGCRMSP DIKQELLQCK AHLHAN KPL SVTDLKEVLG CLYESQEEEL AKVVVAPFKE ISIHLTNTSE VMHCSFSLKH CQDLQKLSLQ VAKGVFLENY MDFELDI EF ERCTYLTIPN WARQDLRSLR LWTDFCSLFS SNSNLKFLEV KQSFLSDSSV RILCDHVTRS TCHLQKVEIK NVTPDTAY R DFCLAFIGKK TLTHLTLAGH IEWERTMMLM LCDLLRNHKC NLQYLRLGGH CATPEQWAEF FYVLKANQSL KHLRLSANV LLDEGAMLLY KTMTRPKHFL QMLSLENCRL TEASCKDLAA VLVVSKKLTH LCLAKNPIGD TGVKFLCEGL SYPDCKLQTL VLQQCSITK LGCRYLSEAL QEACSLTNLD LSINQIARGL WILCQALENP NCNLKHLRLW SCSLMPFYCQ HLGSALLSNQ K LETLDLGQ NHLWKSGIIK LFGVLRQRTG SLKILRLKTY ETNLEIKKLL EEVKEKNPKL TIDCNASGAT APPCCDFFC

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 7

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分子 #2: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A

分子名称: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.67258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EAVTDHPDRL WAWEKFVYLD EKQHAWLPLT IEIKDRLQLR VLLRREDVVL GRPMTPTQIG PSLLPIMWQL YPDGRYRSSD SSFWRLVYH IKIDGVEDML LELLPDD

UniProtKB: T-cell leukemia/lymphoma protein 1A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHepes4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
5.0 mMDTTDithiothreitol

詳細: 25mM Hepes pH 7.5, 150mM NaCl,5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in argon atmosphere.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.36 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1195156
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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