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- EMDB-63244: Cryo-EM structure of human FcRL5 bound to IgG-Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63244
タイトルCryo-EM structure of human FcRL5 bound to IgG-Fc
マップデータCryo-EM global map sharp of FcRL5 in complex with human IgG.
試料
  • 複合体: Complex of human FcRL5 with IgG-Fc
    • タンパク質・ペプチド: Fc receptor-like protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIgG / FcRL5 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell activation / immunoglobulin complex / single fertilization / coreceptor activity / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / signaling receptor complex / immune response / external side of plasma membrane ...B cell activation / immunoglobulin complex / single fertilization / coreceptor activity / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / signaling receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Fc receptor-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Chen SH / Xiao JY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Human FcRL5 is an Fc receptor that simultaneously engages two IgGs.
著者: Shihua Chen / Shuhan Li / Zhiying Zhang / Junyu Xiao /
要旨: The Fc receptors play crucial roles in initiating the effector functions of immunoglobulins. FcRL5 is a prominent target in B cell malignancies and has been implicated as a receptor for ...The Fc receptors play crucial roles in initiating the effector functions of immunoglobulins. FcRL5 is a prominent target in B cell malignancies and has been implicated as a receptor for immunoglobulin G (IgG). However, the molecular mechanism remained unclear. Here, we demonstrate that human FcRL5, but not its mouse counterpart, is a bona fide IgG-Fc (Fcγ) receptor that uniquely requires the presence of two Fcγ molecules in close proximity to form a robust interaction. Cryo-electron microscopy reveals that FcRL5 optimally engages two Fcγ molecules positioned at a 60° angle, with its D1-D2 domains binding to the first Fcγ molecule, while its D3 domain arches over the second Fcγ. This distinctive binding capability enables FcRL5 to specifically recognize IgG immune complexes (ICs), with the binding strength correlating with IgG concentration in the ICs. In addition, we demonstrate that FcRL5 can internalize the IgG polymer and IC. These results shed light on FcRL5 function and reveal a unique Fcγ-FcγR binding mode governed by avidity.
履歴
登録2025年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM global map sharp of FcRL5 in complex with human IgG.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.167
最小 - 最大-0.54746056 - 1.0027467
平均 (標準偏差)-0.0003163872 (±0.022227257)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM global map half A of FcRL5 in complex with human IgG.

ファイルemd_63244_half_map_1.map
注釈Cryo-EM global map half A of FcRL5 in complex with human IgG.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM global map half B of FcRL5 in complex with human IgG.

ファイルemd_63244_half_map_2.map
注釈Cryo-EM global map half B of FcRL5 in complex with human IgG.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human FcRL5 with IgG-Fc

全体名称: Complex of human FcRL5 with IgG-Fc
要素
  • 複合体: Complex of human FcRL5 with IgG-Fc
    • タンパク質・ペプチド: Fc receptor-like protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of human FcRL5 with IgG-Fc

超分子名称: Complex of human FcRL5 with IgG-Fc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fc receptor-like protein 5

分子名称: Fc receptor-like protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.512047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QFARTPRPII FLQPPWTTVF QGERVTLTCK GFRFYSPQKT KWYHRYLGKE ILRETPDNIL EVQESGEYRC QAQGSPLSSP VHLDFSSAS LILQAPLSVF EGDSVVLRCR AKAEVTLNNT IYKNDNVLAF LNKRTDFHIP HACLKDNGAY RCTGYKESCC P VSSNTVKI ...文字列:
QFARTPRPII FLQPPWTTVF QGERVTLTCK GFRFYSPQKT KWYHRYLGKE ILRETPDNIL EVQESGEYRC QAQGSPLSSP VHLDFSSAS LILQAPLSVF EGDSVVLRCR AKAEVTLNNT IYKNDNVLAF LNKRTDFHIP HACLKDNGAY RCTGYKESCC P VSSNTVKI QVQEPFTRPV LRASSFQPIS GNPVTLTCET QLSLERSDVP LRFRFFRDDQ TLGLGWSLSP NFQITAMWSK DS GFYWCKA ATMPYSVISD SPRSWIQVQI PASHPVLTLS PEKALNFEGT KVTLHCETQE DSLRTLYRFY HEGVPLRHKS VRC ERGASI SFSLTTENSG NYYCTADNGL GAKPSKAVSL SVTVPVSHPV LNLSSPEDLI FEGAKVTLHC EAQRGSLPIL YQFH HEGAA LERRSANSAG GVAISFSLTA EHSGNYYCTA DNGFGPQRSK AVSLSVTVPV SHPVLTLSSA EALTFEGATV TLHCE VQRG SPQILYQFYH EDMPLWSSST PSVGRVSFSF SLTEGHSGNY YCTADNGFGP QRSEVVSLFV TVPVSRPILT LRVPRA QAV VGDLLELHCE APRGSPPILY WFYHEDVTLG SSSAPSGGEA SFNLSLTAEH SGNYSCEANN GLVAQHSDTI SLSVIVP VS RPILTFRAPR AQAVVGDLLE LHCEALRGSS PILYWFYHED VTLGKISAPS GGGASFNLSL TTEHSGIYSC EADNGLEA Q RSEMVTLKVA VPVSRPVLTL RAPGTHAAVG DLLELHCEAL RGSPLILYRF FHEDVTLGNR SSPSGGASLN LSLTAEHSG NYSCEADNGL GAQRSETVTL YITGLTANRS GPFATGHHHH HHHHWRPLES RVDYKDDDDK

UniProtKB: Fc receptor-like protein 5

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分子 #2: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

分子名称: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.081764 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EPKSCDKTHT CPPCPAPELL GGPSVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSHEDPEVKF NWYVDGVEVH NAKTKPREEQ YNSTYRVVS VLTVCHQDWL NGKEYKCKVS NKALPAPIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS RDELTKNQVS LTCLVKGFYP S DIAVEWES ...文字列:
EPKSCDKTHT CPPCPAPELL GGPSVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSHEDPEVKF NWYVDGVEVH NAKTKPREEQ YNSTYRVVS VLTVCHQDWL NGKEYKCKVS NKALPAPIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS RDELTKNQVS LTCLVKGFYP S DIAVEWES NGQPENNYKT TPPVLDSDGS FFLYSKLTVD KSRWQQGNVF SCSVMHEALH NHYTQKSLDK STGKPTLYNV SL IMSDTGG TCY

UniProtKB: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 13 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold predicted
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 257893
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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