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- EMDB-62911: Cryo-EM structure of apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62911
タイトルCryo-EM structure of apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex
マップデータ
試料
  • 複合体: apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex
    • 複合体: anti-Fab Nb
      • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nb
    • 複合体: anti-BRIL Fab
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy Chain
    • 複合体: GPR50
      • タンパク質・ペプチド: Melatonin-related receptor,Soluble cytochrome b562
キーワードG-protein coupled receptor / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


melatonin receptor activity / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / postsynaptic density / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding ...melatonin receptor activity / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / cell-cell signaling / periplasmic space / electron transfer activity / postsynaptic density / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Melatonin-related receptor 1X / Melatonin receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Melatonin-related receptor
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Shin J / Cho Y
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 韓国
引用ジャーナル: Mol Cells / 年: 2026
タイトル: Structure of the melatonin-related orphan receptor, GPR50.
著者: Jinwoo Shin / Dongyoung Baek / Jihan Kim / Junhyeon Park / Eunyoung Jeong / Yoojoong Kim / Young Jin Kim / Yunje Cho /
要旨: GPR50 is an orphan G-protein-coupled receptors that belongs to the member of melatonin-related receptor family. GPR50 plays roles in various physiological processes, including cancer progression, ...GPR50 is an orphan G-protein-coupled receptors that belongs to the member of melatonin-related receptor family. GPR50 plays roles in various physiological processes, including cancer progression, Notch signaling, and insulin, leptin, and glucocorticoid signaling. GPR50 forms a complex with melatonin-receptor type 1A or 1B, and regulates signaling activity of melatonin-receptor type 1A. Although endogenous agonists have not been characterized, GPR50 may have its own signaling activity, which is undefined at present. In this study, in an attempt to characterize the orphan activity of GPR50, we determined the 3.4 Å structure of ligand-free GPR50 using cryo-electron microscopy. We showed that GPR50 exhibits moderate constitutive activity through interaction with Gα. The structure reveals a putative ligand-binding pocket and ligand access channels of GPR50 that differ from those of melatonin receptors. Based on the comparison with the AlphaFold3-predicted active state, we propose an activation mechanism of GPR50. Our findings could serve as a platform for identifying the synthetic or endogenous ligands of GPR50, providing insights into the elusive G-protein-dependent signaling of GPR50.
履歴
登録2024年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_62911.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.495 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.495 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.495 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85124 Å
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表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-4.799979 - 6.728179
平均 (標準偏差)-0.0004832831 (±0.06832219)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.4952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #3

ファイルemd_62911_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: #2

ファイルemd_62911_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_62911_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62911_half_map_1.map
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軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62911_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex

全体名称: apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex
要素
  • 複合体: apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex
    • 複合体: anti-Fab Nb
      • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nb
    • 複合体: anti-BRIL Fab
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy Chain
    • 複合体: GPR50
      • タンパク質・ペプチド: Melatonin-related receptor,Soluble cytochrome b562

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超分子 #1: apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex

超分子名称: apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 127.6 kDa/nm

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超分子 #2: anti-Fab Nb

超分子名称: anti-Fab Nb / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #3: anti-BRIL Fab

超分子名称: anti-BRIL Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: GPR50

超分子名称: GPR50 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: anti-Fab Nb

分子名称: anti-Fab Nb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.727252 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MGSQVQLQES GGGLVQPGGS LRLSCAASGR TISRYAMSWF RQAPGKEREF VAVARRSGDG AFYADSVQG RFTVSRDDAK NTVYLQMNSL KPEDTAVYYC AIDSDTFYSG SYDYWGQGTQ VTVSSGGDDD DKSNSWSHPQ F EK

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分子 #2: anti-BRIL Fab Light Chain

分子名称: anti-BRIL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.638656 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA ADPSDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQYLYYS LVTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC L LNNFYPRE ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA ADPSDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQYLYYS LVTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC L LNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRG

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分子 #3: anti-BRIL Fab Heavy Chain

分子名称: anti-BRIL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.174799 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA ADPEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFNVVDFSL HWVRQAPGKG LEWVAYISSS SGSTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARWGYWP GEPWWKAFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA ADPEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFNVVDFSL HWVRQAPGKG LEWVAYISSS SGSTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARWGYWP GEPWWKAFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PS NTKVDKK VEPKSHHHHH HHHLVPRGSE NLYFQSNSPS RLEEELRRRL TE

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分子 #4: Melatonin-related receptor,Soluble cytochrome b562

分子名称: Melatonin-related receptor,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.741742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLLTALFAY FIVALILAFS VSAKSMGPTL AVPTPYGCIG CKLPQPEYPP ALIIFMFCAM VITIVVDLIG NSMVILAVTK NKKLRNSGN IFVVSLSVAD MLVAIYPYPL MLHAMSIGGW DLSQLQCQMV GFITGLSVVG SIFNIVAIAI NRYCYICHSL Q YERIFSVR ...文字列:
MRLLTALFAY FIVALILAFS VSAKSMGPTL AVPTPYGCIG CKLPQPEYPP ALIIFMFCAM VITIVVDLIG NSMVILAVTK NKKLRNSGN IFVVSLSVAD MLVAIYPYPL MLHAMSIGGW DLSQLQCQMV GFITGLSVVG SIFNIVAIAI NRYCYICHSL Q YERIFSVR NTCIYLVITW IMTVLAVLPN MYIGTIEYDP RTYTCIFNYL NNPVFTVTIV CIHFVLPLLI VGFCYVRIWT KV LAARRQL ADLEDNWETL NDNLKVIEKA DNAAQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QID DALKLA NEGKVKEAQA AAEQLKTTRN AYIQKYLERA RSTLDNQLAE VRNFLTMFVI FLLFAVCWCP INVLTVLVAV SPKE MAGKI PNWLYLAAYF IAYFNSCLNA VIYGLLNENF RREYWTIFHA MRHPIIFFSG LISDIREMQE ARTLARARAH ARDQA REQD RAHACRGRGG SLEVLFQGPG SWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK

UniProtKB: Melatonin-related receptor, Soluble cytochrome b562, Melatonin-related receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 608641
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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