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- EMDB-62847: FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62847
タイトルFADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis
マップデータ
試料
  • 複合体: FADD-DED filament
    • 複合体: FADD-filament
      • タンパク質・ペプチド: FAS-associated death domain protein
キーワードRNA recognition / RNA helicase / ATP hydrolysis / RLR signaling / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / death effector domain binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / death-inducing signaling complex assembly / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway ...positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / death effector domain binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / death-inducing signaling complex assembly / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / ripoptosome / caspase binding / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of adaptive immune response / necroptotic signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / receptor serine/threonine kinase binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of innate immune response / death receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / motor neuron apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / T cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / lymph node development / positive regulation of execution phase of apoptosis / spleen development / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / behavioral response to cocaine / signaling adaptor activity / thymus development / positive regulation of interleukin-8 production / apoptotic signaling pathway / kidney development / Regulation of TNFR1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / T cell differentiation in thymus / cell body / protease binding / defense response to virus / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / apoptotic process / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FADD / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FAS-associated death domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tan YB / Luo D
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-CRP26-2021-0001 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis
著者: Tan YB / Luo D
履歴
登録2024年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62847.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 360 pix.
= 272.52 Å		0.76 Å/pix.
x 360 pix.
= 272.52 Å		0.76 Å/pix.
x 360 pix.
= 272.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.757 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.085242905 - 0.22489415
平均 (標準偏差)0.0011351659 (±0.00840223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 272.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62847_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62847_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62847_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FADD-DED filament

全体名称: FADD-DED filament
要素
  • 複合体: FADD-DED filament
    • 複合体: FADD-filament
      • タンパク質・ペプチド: FAS-associated death domain protein

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超分子 #1: FADD-DED filament

超分子名称: FADD-DED filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: FADD-DED filament formation during apoptosis
分子量理論値: 0.42 kDa/nm

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超分子 #2: FADD-filament

超分子名称: FADD-filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: FADD-filament
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: FAS-associated death domain protein

分子名称: FAS-associated death domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.104606 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDPFLVLLHS VSSSLSSSEL TELKFLCLGR VGKRKLERVQ SGLDLFSMLL EQNDLEPGHT ELLRELLASL RRHDLLRRVD DFEAGAAAG AA

UniProtKB: FAS-associated death domain protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.175 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 25mM HEPES, 150mM NaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: grid was precoated with graphene monolayer and glow discharged.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細The sample forms filament.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6256 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 13.97 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 49.53 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: helical refinement / 詳細: helical refinement / 使用した粒子像数: 300
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selectionソフトウェア: (名称: Topaz, cryoSPARC) / 詳細: topaz train/extract
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: ModelAngelo generated backbone PDB model.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: helical refinement / 詳細: helical refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9l5w:
FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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