[日本語] English
万見
- EMDB-62663: Cryo-EM structure of the RC complex from Rhodospirillum rubrum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62663
タイトルCryo-EM structure of the RC complex from Rhodospirillum rubrum
マップデータ
試料
  • 複合体: RC COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 11種
キーワードlight harvesting / photosynthesis / gene heterologous expression / Rhodospirillum rubrum / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L subunit ...Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L subunit / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photoreaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Wang L / Yu L-J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC341800 中国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2026
タイトル: Assembly, selectivity, and compatibility of bacterial photosynthetic complexes from divergent species detected in a chimeric strain.
著者: Lu Wang / Yi-Hao Yan / Guang-Lei Wang / Xing-Yu Yue / Chen-Hui Qi / Mei-Juan Zou / Zheng-Yu Wang-Otomo / Michael T Madigan / Yueyong Xin / Long-Jiang Yu /
要旨: Photosynthetic complexes comprising light-harvesting (LH) and reaction center (RC) components are essential for biological energy conversion in photosynthesis. Assembly of these multi-protein ...Photosynthetic complexes comprising light-harvesting (LH) and reaction center (RC) components are essential for biological energy conversion in photosynthesis. Assembly of these multi-protein structures is a topic of great interest, and assembly mechanisms appear to reflect the evolutionary diversity of the particular phototrophic organism. Here we constructed a photosynthetic chimera expressing the Roseiflexus castenholzii LH and Rhodospirillum rubrum RC complexes in a photocomplex-deficient Rsp. rubrum mutant, and spectroscopy confirmed LH expression with absorption maxima at 878 and 801 nm. The chimeric strain grew slower phototrophically than wildtype but faster than a strain containing only the RC, indicating partial energy transfer from LH to RC. Cryo-EM structural analysis revealed that the Rfl. castenholzii LH independently assembled into a closed ring of 15 αβ heterodimers lacking carotenoids, resulting in a blue-shifted Q transition, while the Rsp. rubrum RC formed a separate complex with an RC:LH ratio of ∼17:1 instead of a typical 1:1. Structural differences, including the absence of two Rfl. castenholzii-specific small proteins, likely precluded formation of a conjoined LH-RC in the chimeric strain. These results reveal that distinct photocomplex assembly strategies exist in phylogenetically divergent species and underscore the modularity and adaptability of photosynthetic complexes, offering insights for artificial photosystem design.
履歴
登録2024年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_62663.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62663.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.192
最小 - 最大-1.0770931 - 1.8122839
平均 (標準偏差)-0.000040769424 (±0.026885504)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 323.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62663_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62663_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : RC COMPLEX

全体名称: RC COMPLEX
要素
  • 複合体: RC COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photoreaction center protein H
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: Octadecane
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
  • リガンド: CARDIOLIPIN

+
超分子 #1: RC COMPLEX

超分子名称: RC COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

+
分子 #1: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 30.660688 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTL LFTVLGTALI VWGAALGPSW TFWQISINPP DVSYGLAMAP MAKGGLWQI ITFSAIGAFV SWALREVEIC RKLGIGYHIP FAFGFAILAY VSLVVIRPVM MGAWGYGFPY GFMTHLDWVS N TGYQYANF ...文字列:
MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTL LFTVLGTALI VWGAALGPSW TFWQISINPP DVSYGLAMAP MAKGGLWQI ITFSAIGAFV SWALREVEIC RKLGIGYHIP FAFGFAILAY VSLVVIRPVM MGAWGYGFPY GFMTHLDWVS N TGYQYANF HYNPAHMLGI TLFFTTCLAL ALHGSLILSA ANPGKGEVVK GPEHENTYFQ DTIGYSVGTL GIHRVGLILA LS AVVWSII CMILSGPIYT GSWPDWWLWW QKLPFWNHG

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #2: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 34.234547 KDa
配列文字列: MSEYQNILTG VQVRTAPHSA PIAKGIFPRL GKPGFSYWLG KIGDAQIGPI YLGTTGVLSL VFGFFAIEII GFNLLASVNW SPMEFGRQF FWLGLEPPAA EYGLGFAPLA EGGWWQIAGF FLTTSILLWW VRMYRRARAL KMGTHTAWAF ASAIFLFLSL G FIRPLLMG ...文字列:
MSEYQNILTG VQVRTAPHSA PIAKGIFPRL GKPGFSYWLG KIGDAQIGPI YLGTTGVLSL VFGFFAIEII GFNLLASVNW SPMEFGRQF FWLGLEPPAA EYGLGFAPLA EGGWWQIAGF FLTTSILLWW VRMYRRARAL KMGTHTAWAF ASAIFLFLSL G FIRPLLMG NFSESVPFGI FPHLEWTNSF SLNYGNFFYN PFHMLSIAFL YGSALLFAMH GATILAVSRL GGDREVEQIT DR GTAAERA ALFWRWTMGF NATMESIHRW AWWFAVLCTF TGAIGILLTG TVVDNWFEWG VKHGLAPAP

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #3: Photoreaction center protein H

分子名称: Photoreaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 27.976193 KDa
配列文字列: MNKGDITGYM DVAQVVLYAF WIFFAGLIIY LRREDRREGY PLEDAISGKI NSLQGLGSVF SIARPKIFKL KTGATYAAPN FKRDAVAIK ATRTAPTAGA PFEPTGNPMT DAVGPAAYAL RDELPDLTLG GQPAIVPLRV APTFSVAAED TDPRGLPVVD R KGAVAGKV ...文字列:
MNKGDITGYM DVAQVVLYAF WIFFAGLIIY LRREDRREGY PLEDAISGKI NSLQGLGSVF SIARPKIFKL KTGATYAAPN FKRDAVAIK ATRTAPTAGA PFEPTGNPMT DAVGPAAYAL RDELPDLTLG GQPAIVPLRV APTFSVAAED TDPRGLPVVD R KGAVAGKV TDLWIDRASI AIRYLEVELA ATPGRKVLLP FAATRINAKT KSKTVTVQSI LARHFANVPT IAKTDSITRR EE DKVMAYY SSGYLYSDRV

UniProtKB: Photoreaction center protein H

+
分子 #4: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 07D
分子量理論値: 901.425 Da
Chemical component information

ChemComp-07D:
Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #5: Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 08I
分子量理論値: 879.136 Da
Chemical component information

ChemComp-08I:
Trans-Geranyl BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #6: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

+
分子 #7: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 20 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #8: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #9: Octadecane

分子名称: Octadecane / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 7 / 式: 8K6
分子量理論値: 254.494 Da
Chemical component information

ChemComp-8K6:
Octadecane

+
分子 #10: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 5 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #11: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #12: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #13: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E}...

分子名称: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy- ...名称: 2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: RQ0
分子量理論値: 844.3 Da
Chemical component information

ChemComp-RQ0:
2-azanyl-5-[(2~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{E},34~{E})-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,8,10,12,14,18,22,26,30,34,38-dodecaenyl]-3-methoxy-6-methyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione

+
分子 #14: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7eqd

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 118603
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る