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万見
- EMDB-62437: apo mTAUT in inward open I state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62437
タイトルapo mTAUT in inward open I state
マップデータ
試料
  • 複合体: mTAUT-apo in inward open I
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain of 9D5 fab
    • タンパク質・ペプチド: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 9D5 fab
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードTransporter / Taurine / Chlorine / Sodium / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / Amino acid transport across the plasma membrane / alanine transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane / taurine transmembrane transport / neurotransmitter transport / microvillus membrane ...Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / Amino acid transport across the plasma membrane / alanine transmembrane transporter activity / taurine:sodium symporter activity / gamma-aminobutyric acid:sodium:chloride symporter activity / amino acid:sodium symporter activity / amino acid import across plasma membrane / taurine transmembrane transport / neurotransmitter transport / microvillus membrane / GABA-ergic synapse / positive regulation of cell differentiation / modulation of chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, taurine / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者She J / Wang M / He J
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFF0600801 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100967 中国
Center for Advanced Interdisciplinary Science and Biomedicine of IHMQYPY20220009 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for substrate recognition and transport of mammalian taurine transporters
著者: She J / Wang M / He J
履歴
登録2024年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62437.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.86271256 - 1.4126989
平均 (標準偏差)-0.00004466834 (±0.021248521)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62437_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62437_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mTAUT-apo in inward open I

全体名称: mTAUT-apo in inward open I
要素
  • 複合体: mTAUT-apo in inward open I
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain of 9D5 fab
    • タンパク質・ペプチド: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of 9D5 fab
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: mTAUT-apo in inward open I

超分子名称: mTAUT-apo in inward open I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: heavy chain of 9D5 fab

分子名称: heavy chain of 9D5 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.138654 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS SYAMSWVRQS PEKRLEWVAE ISSGGRYIYY SDTVTGRFTI SRDNARNILH LEMSSLRSE DTAMYYCARG EVRQRGFDYW GQGTTLTVS

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分子 #2: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter

分子名称: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 70.051891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATKEKLQCL KDFHKDILKP SPGKSPGTRP EDEADGKPPQ REKWSSKIDF VLSVAGGFVG LGNVWRFPYL CYKNGGGAFL IPYFIFLFG SGLPVFFLEV IIGQYTSEGG ITCWEKICPL FSGIGYASIV IVSLLNVYYI VILAWATYYL FHSFQKDLPW A HCNHSWNT ...文字列:
MATKEKLQCL KDFHKDILKP SPGKSPGTRP EDEADGKPPQ REKWSSKIDF VLSVAGGFVG LGNVWRFPYL CYKNGGGAFL IPYFIFLFG SGLPVFFLEV IIGQYTSEGG ITCWEKICPL FSGIGYASIV IVSLLNVYYI VILAWATYYL FHSFQKDLPW A HCNHSWNT PQCMEDTLRR NESHWVSLST ANFTSPVIEF WERNVLSLSS GIDNPGSLKW DLALCLLLVW LVCFFCIWKG VR STGKVVY FTATFPFAML LVLLVRGLTL PGAGEGIKFY LYPDISRLGD PQVWIDAGTQ IFFSYAICLG AMTSLGSYNK YKY NSYRDC MLLGCLNSGT SFVSGFAIFS ILGFMAQEQG VDIADVAESG PGLAFIAYPK AVTMMPLPTF WSILFFIMLL LLGL DSQFV EVEGQITSLV DLYPSFLRKG YRREIFIAIL CSISYLLGLT MVTEGGMYVF QLFDYYAASG VCLLWVAFFE CFVIA WIYG VNRFSEDIRD MIGYRPGPWM KYSWAVITPA LCVGCFVFSL VKYVPLTYNK VYRYPDWAIG LGWGLALSSM LCIPLV IVI LLCRTEGPLR VRIKYLITPR EPNRWAVERE GATPFHSRVT LMNGALMKPS HVIVETMM

UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent taurine transporter

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分子 #3: Light chain of 9D5 fab

分子名称: Light chain of 9D5 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.480681 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ENVLTQSPAI MSTSPGEKVT MTCRASSSVG SSYLHWYQQK SGASPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISSVE AEDAATYYC QQFSGYPLTF GSGTKLEMK

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120505
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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