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万見
- EMDB-62429: Cryo-EM Structure of Bacteriophage FCWL1 Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62429
タイトルCryo-EM Structure of Bacteriophage FCWL1 Capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Decoration protein
キーワードT1-like phage / capsid / icosahedrally averaged / VIRUS
機能・相同性Protein of unknown function DUF2184 / Major capsid protein / : / Structural cement protein (E217 gp24/Pam3 gp6) / Major capsid protein / Decoration protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cai C / Wang Y / Liu Y / Shao Q / Wang A / Fang Q
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentD2301008
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371285 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structures of a T1-like siphophage reveal capsid stabilization mechanisms and high structural similarities with a myophage.
著者: Can Cai / Yueting Wang / Yunshu Liu / Qianqian Shao / Aohan Wang / Lin Li / Yaqi Zheng / Tianyi Zhang / Ziwen Luo / Chongguang Yang / Qianglin Fang /
要旨: Bacteriophage T1, a member of Siphoviruses, infects Escherichia coli with high efficiency, making it a promising candidate for phage therapy. Here, we report the near-atomic structures of FCWL1, a T1- ...Bacteriophage T1, a member of Siphoviruses, infects Escherichia coli with high efficiency, making it a promising candidate for phage therapy. Here, we report the near-atomic structures of FCWL1, a T1-like phage that belongs to the T1 phage family. We focus on the head, the head-to-tail interface, and its surrounding components. The hexameric capsomer displays unique gaps between neighboring A domains of the major capsid proteins. These gaps are partially filled by the N-loop of the decoration protein, which adopts a unique conformation. These structural features suggest that the phage might employ a novel strategy for stabilizing its head. Furthermore, despite being a siphophage, the head and head-to-tail connector of the phage show high structural similarity to those of a myophage. These findings enhance our understanding of the structure, capsid stabilization mechanism, and evolution of phages in the T1 family.
履歴
登録2024年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62429.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 720 pix.
= 1031.04 Å		1.43 Å/pix.
x 720 pix.
= 1031.04 Å		1.43 Å/pix.
x 720 pix.
= 1031.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.432 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0104
最小 - 最大-0.057100993 - 0.09336355
平均 (標準偏差)-0.000025442723 (±0.0040101088)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 1031.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62429_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62429_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62429_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage FCWL1

全体名称: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Decoration protein

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超分子 #1: Escherichia phage FCWL1

超分子名称: Escherichia phage FCWL1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 3136680 / 生物種: Escherichia phage FCWL1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 35.301375 KDa
配列文字列: MTTKKFDEAD KSNVEMYLIQ AGVKQDAAAT MGIWTAQELH RIKSQSYEED YPVGSALRVF PVTTELSPTD KTFEYMTFDK VGTAQIIAD YTDDLPLVDA LGTSEFGKVF RLGNAYLISI DEIKAGQATG RPLSTRKASA CQLAHDQLVN RLVFKGSAPH K IVSVFNHP ...文字列:
MTTKKFDEAD KSNVEMYLIQ AGVKQDAAAT MGIWTAQELH RIKSQSYEED YPVGSALRVF PVTTELSPTD KTFEYMTFDK VGTAQIIAD YTDDLPLVDA LGTSEFGKVF RLGNAYLISI DEIKAGQATG RPLSTRKASA CQLAHDQLVN RLVFKGSAPH K IVSVFNHP NITKITSGKW IDASTMKPET AEAELTQAIE TIETITRGQH RATNILIPPS MRKVLAIRMP ETTMSYLDYF KS QNSGIEI DSIAELEDID GAGTKGVLVY EKNPMNMSIE IPEAFNMLPA QPKDLHFKVP CTSKCTGLTI YRPMTIVLIT GV

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Decoration protein

分子名称: Decoration protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage FCWL1 (ファージ)
分子量理論値: 17.022135 KDa
配列文字列:
MAQINASYQR DMAIALPGMV ADTSKYNIDG ACVVNEGDVL VGAAVQVVQA QAVDGHKLVK ALTTGTTPYG VAIRSHWQTV NAQNQMIYE DGGAINVMTS GRVWMLSKST EAPTFGSAVK LDVDGQEKSD GTIETTWTYA GGWTKYKDIQ LVEVQLHQL

UniProtKB: Decoration protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 25.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 84600
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 74400
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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