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- EMDB-62407: Strigolactone-induced ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 complex (Class 4) with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62407
タイトルStrigolactone-induced ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 complex (Class 4) with covalently bound D-ring
マップデータSharpened map of ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 Class 4
試料
  • 複合体: Strigolactone signalling complex of ASK1-MAX2-HTL-SMAX1 induced by GR24
    • 複合体: ASK1
      • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 1A
    • 複合体: HTL7-MAX2
      • タンパク質・ペプチド: Hyposensitive to light 7
      • タンパク質・ペプチド: F-box protein
  • リガンド: (3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}methylidene)-3,3a,4,8b-tetrahydro-2H-indeno[1,2-b]furan-2-one
キーワードStrigolactone / SCF / Ubiquitination / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phragmoplast / ethylene-activated signaling pathway / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to auxin / response to jasmonic acid / male meiotic nuclear division / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...phragmoplast / ethylene-activated signaling pathway / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to auxin / response to jasmonic acid / male meiotic nuclear division / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / hydrolase activity / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
COI1, F-box / F-box / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Alpha/beta hydrolase family / S-phase kinase-associated protein 1-like ...COI1, F-box / F-box / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Alpha/beta hydrolase family / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hyposensitive to light 7 / SKP1-like protein 1A / F-box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Striga hermonthica (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vancea AI / Huntington B / Savva CG / Arold ST
資金援助 サウジアラビア, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateURF/1/4039-01-01 & URF/1/4080-01-01 サウジアラビア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of cooperative strigolactone perception by the MAX2 ubiquitin ligase-receptor-substrate complex.
著者: Alexandra I Vancea / Brandon Huntington / Wieland Steinchen / Christos G Savva / Umar F Shahul Hameed / Stefan T Arold /
要旨: Strigolactones are plant hormones that regulate development and mediate interactions with soil organisms, including the germination of parasitic plants such as Striga hermonthica. Strigolactone ...Strigolactones are plant hormones that regulate development and mediate interactions with soil organisms, including the germination of parasitic plants such as Striga hermonthica. Strigolactone perception by receptors initiates the degradation of transcriptional repressors via E3 ubiquitin ligases, but the mechanistic link between hormone binding and substrate ubiquitination has remained unclear. We determine cryogenic electron microscopy structures of the receptor-ligase-substrate complex, composed of Arabidopsis ASK1 and substrate, and Striga F-box and receptor proteins. Strigolactone hydrolysis by the receptor, which covalently retains the D-ring, is a prerequisite for complex formation. The substrate engages the complex through two domains, forming a dynamic interface that stabilises the receptor-ligase assembly and repositions the ASK1, suggesting a mechanism for efficient ubiquitination. Here, we show how dynamic, multivalent interactions within the receptor-ligase-substrate complex translate hormone perception into targeted protein degradation, providing insight into how plants integrate hormonal signals into developmental decisions.
履歴
登録2024年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 Class 4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00466
最小 - 最大-0.017447632 - 0.034474768
平均 (標準偏差)0.000027106142 (±0.00066084584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 262.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62407_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EMReady postprocessed map

ファイルemd_62407_additional_1.map
注釈EMReady postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 Class 4

ファイルemd_62407_additional_2.map
注釈Unsharpened map of ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 Class 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62407_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62407_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Strigolactone signalling complex of ASK1-MAX2-HTL-SMAX1 induced b...

全体名称: Strigolactone signalling complex of ASK1-MAX2-HTL-SMAX1 induced by GR24
要素
  • 複合体: Strigolactone signalling complex of ASK1-MAX2-HTL-SMAX1 induced by GR24
    • 複合体: ASK1
      • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 1A
    • 複合体: HTL7-MAX2
      • タンパク質・ペプチド: Hyposensitive to light 7
      • タンパク質・ペプチド: F-box protein
  • リガンド: (3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}methylidene)-3,3a,4,8b-tetrahydro-2H-indeno[1,2-b]furan-2-one

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超分子 #1: Strigolactone signalling complex of ASK1-MAX2-HTL-SMAX1 induced b...

超分子名称: Strigolactone signalling complex of ASK1-MAX2-HTL-SMAX1 induced by GR24
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: ASK1

超分子名称: ASK1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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超分子 #3: HTL7-MAX2

超分子名称: HTL7-MAX2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Striga hermonthica (植物)

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分子 #1: SKP1-like protein 1A

分子名称: SKP1-like protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.876043 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MSAKKIVLKS SDGESFEVEE AVALESQTIA HMVEDDCVDN GVPLPNVTSK ILAKVIEYCK RHVEAAASKA EAVEGAATSD DDLKAWDAD FMKIDQATLF ELILAANYLN IKNLLDLTCQ TVADMIKGKT PEEIRTTFNI KNDFTPEEEE EVRRENQWAF E

UniProtKB: SKP1-like protein 1A

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分子 #2: Hyposensitive to light 7

分子名称: Hyposensitive to light 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal 7xHis tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Striga hermonthica (植物)
分子量理論値: 33.472352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHHG AAGTSLYKKA GENLYFQGSM SSIGLAHNVT ILGSGETTVV LGHGYGTDQS VWKLLVPYLV DDYKVLLYDH MGAGTTNPD YFDFDRYSSL EGYSYDLIAI LEEFQVSKCI YVGHSMSSMA AAVASIFRPD LFHKLVMISP TPRLINTEEY Y GGFEQKVM ...文字列:
MKHHHHHHHG AAGTSLYKKA GENLYFQGSM SSIGLAHNVT ILGSGETTVV LGHGYGTDQS VWKLLVPYLV DDYKVLLYDH MGAGTTNPD YFDFDRYSSL EGYSYDLIAI LEEFQVSKCI YVGHSMSSMA AAVASIFRPD LFHKLVMISP TPRLINTEEY Y GGFEQKVM DETLRSLDEN FKSLSLGTAP LLLACDLESA AMQEYCRTLF NMRPDIACCI TRMICGLDLR PYLGHVTVPC HI IQSSNDI MVPVAVGEYL RKNLGGPSVV EVMPTEGHLP HLSMPEVTIP VVLRHIRQDI TDH

UniProtKB: Hyposensitive to light 7

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分子 #3: F-box protein

分子名称: F-box protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: N-terminal 9xHis and Strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Striga hermonthica (植物)
分子量理論値: 85.626188 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH SSGWSHPQFE KGGGSGGGSL EVLFQGPLTP KTNYIPFPSP IHQTPFQTDL APMAAAAAAA TTALNDLPDV ILSNIMAGV SDVRSRNSAS LVCHKWYLLE RATRSALTLR GNIRDLFMLP TCFQSTSHLD LSLISPWGHP LTSAADPDSA L IGHLLRHA ...文字列:
MHHHHHHHHH SSGWSHPQFE KGGGSGGGSL EVLFQGPLTP KTNYIPFPSP IHQTPFQTDL APMAAAAAAA TTALNDLPDV ILSNIMAGV SDVRSRNSAS LVCHKWYLLE RATRSALTLR GNIRDLFMLP TCFQSTSHLD LSLISPWGHP LTSAADPDSA L IGHLLRHA FPSVTSLAIY ARDPSTIHIV VPQWPDLERL KLVRWHQRPQ TDAAGDELKL LISECGTLKS LDLSSFYCWT DD VPAALGS CPTFAANLKS LNLLNSSFSE GFKSDEIKAI TKACPNLREF RASCMFDPRY IGHAGDEALV SISVNCPKLE ILH LADTNA LSSARSDFDP DEREGLGQEE AKINAATLIE VFSGLPLLEE LALDLCNNVR DSGPALEVLN SKCPKLKSVK LGQF HGISL PVESKLDGIA LCQGLESLSI RNVDDLTDMG LIAIGRGCYR LAKFEVYGCK KITVRGMRTM ASLLRKTLVD VKIAA CKKL GAVQSLKALE PIQDRVERLH IDCDWDCPDE EEPSDYFDSA AEYNECDDEM YSVRKRARYT YDLNSSSSGL DVNVEG YDE DKTWARLRYV SLWIFVGQLL TPLVAAGLND CPELEEISIK VEGDCRVLSR PTVREFGLTT LLNYPKLSRM HLDCGDI NG YAHTAPSGQM DLSLWERFYL IGVGHLGLTE LNYWPPQDRD VNQRSLSLPA AGLLQECNRL RKLFIHGTAH EHFMMFFL R IEGLRDVQLR ADYYPAPEND MSTEMRADSC SRFEVALNRR QISDSSGSSG

UniProtKB: F-box protein

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分子 #4: (3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}m...

分子名称: (3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}methylidene)-3,3a,4,8b-tetrahydro-2H-indeno[1,2-b]furan-2-one
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GR2
分子量理論値: 298.29 Da
Chemical component information

ChemComp-GR2:
(3E,3aR,8bS)-3-({[(2R)-4-methyl-5-oxo-2,5-dihydrofuran-2-yl]oxy}methylidene)-3,3a,4,8b-tetrahydro-2H-indeno[1,2-b]furan-2-one

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20175 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44453
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
ChainPDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
source_name: SwissModel, initial_model_type: in silico model

5hzg

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9klk:
Strigolactone-induced ASK1-MAX2-HTL7-SMAX1 complex (Class 4) with covalently bound D-ring

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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