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- EMDB-62198: MPXV DNA polymerase in complex with CDV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62198
タイトルMPXV DNA polymerase in complex with CDV
マップデータ
試料
  • 複合体: MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • DNA: DNA (38-MER)
    • DNA: DNA (24-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • タンパク質・ペプチド: E4R
キーワードcomplex / replicate / DNA / mpox / polymerase / REPLICATION/DNA / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / viral DNA genome replication / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase / DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Xie YF / Kuai L / Peng Q / Wang Q / Wang H / Li XM / Qi JX / Ding Q / Shi Y / Gao F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis of DNA replication fidelity of the Mpox virus.
著者: Yufeng Xie / Lu Kuai / Qi Peng / Qian Wang / Han Wang / Xiaomei Li / Jianxun Qi / Qiang Ding / Yi Shi / George F Gao /
要旨: The Mpox virus (MPXV) is an orthopoxvirus that caused a global outbreak in 2022. The poxvirus DNA polymerase complex is responsible for the replication and integrity of the viral genome; however, the ...The Mpox virus (MPXV) is an orthopoxvirus that caused a global outbreak in 2022. The poxvirus DNA polymerase complex is responsible for the replication and integrity of the viral genome; however, the molecular mechanisms underlying DNA replication fidelity are still unclear. In this study, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the MPXV F8-A22-E4 polymerase holoenzyme in its editing state, in complex with mismatched primer-template DNA and DNA containing uracil deoxynucleotide. We showed that the MPXV polymerase has a similar replication-to-edit transition mechanism to proofread the mismatched nucleotides like the B-family DNA polymerases of other species. The unique processivity cofactor A22-E4 undergoes conformational changes in different working states and might affect the proofreading process. Moreover, we elucidated the base excision repair (BER) function of E4 as a uracil-DNA glycosylase and the coupling mechanism of genome replication and BER, characteristic of poxviruses. Our findings greatly enhance our molecular understanding of DNA replication fidelity of orthopoxviruses and will stimulate the development of broad-spectrum antiviral drugs.
履歴
登録2024年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0042869407 - 2.0476809
平均 (標準偏差)0.0026823368 (±0.03743536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62198_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62198_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA

全体名称: MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA
要素
  • 複合体: MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • DNA: DNA (38-MER)
    • DNA: DNA (24-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • タンパク質・ペプチド: E4R

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超分子 #1: MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA

超分子名称: MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

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分子 #1: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 119.837016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MWSHPQFEKG SGSWSHPQFE KGSGSMDVRC INWFESHGEN RFLYLKSRCR NGETVFIRFP HYFYYVVTDE IYQSLSPPPF NARPMGKMR TIDIDETISY NLDIKDRKCS VADMWLIEEP KKRSIQNATM DEFFNISWFY ISNGISPDGC YSLDEQYLTK I NNGCYHCD ...文字列:
MWSHPQFEKG SGSWSHPQFE KGSGSMDVRC INWFESHGEN RFLYLKSRCR NGETVFIRFP HYFYYVVTDE IYQSLSPPPF NARPMGKMR TIDIDETISY NLDIKDRKCS VADMWLIEEP KKRSIQNATM DEFFNISWFY ISNGISPDGC YSLDEQYLTK I NNGCYHCD DPRNCFAKEI PRFDIPRSYL FLAIACHFDK KFPSVFINPI SHTSYCYIDL SGKRLLFTLI NEEMLTEQEI QE AVDRGCL RIQSLMEMDY ERELVLCSEI VLLRIAKQLL ELTFDYVVTF NGHNFDLRYI TNRLELLTGE KIIFRSPDKK EAV HLCIYE RNQSSHKGVC GMANTTFHVN NNNGTIFFDL YSFIQKSEKL DSYKLDSISK NAFSCMGKVL NRGVREMTFI GDDT TDAKG KADTFAKVLT TGNYVTVDED IICKVIRKDI LENGFKVVLS CPTLPNDIYK LSFGKDDIDL AQMYKDYNLN IALDM ARYC IHDACLCQYL WEYYGVETKT DAGAATYVLP QSMVFEYRAS TIIKGPLLKL LLETKTILVR SETKQKFPYE GGKVFA PKQ KMFSNNVLIF DYNSLYPNVC IFGNLSPETL VGVVVSTNRL EEEINNQLLL QKYPPPRYIT VHCEPRLPNL ISEIAIF DR SIEGTIPRLL RTFLAERARY KKMLKQATSS TEKAIYDSMQ YTYKIVANSV YGLMGFRNSA LYSYASAKSC TSIGRRMI L YLESVLNGAE LSNGMLRFAN TLSNPFYMDD RDINPIVKTS LPIDYRFRFR SVYGDTDSVF TEIDSQDVDK SIEIAKELE RLINSRVLFN NFKIEFEAVY KNLIMQSKKK YTTMKYSASS NSKSVPERIN KGTSETRRDV SKFHKNMIKT YKTRLSEMLS EGRMNSNQV CIDILRSLET DLRSEFDSRS SPLELFMLSR MHHSNYKSAD NPNMYLVTEY NKNNPETIEL GERYYFAYIC P ANVPWTKK LVNIKTYETI IDRSFKLGSN QRIFYEVYFK RLTSEIVNLL DNKVLCISFF QRMFGSRPTF YEA

UniProtKB: DNA polymerase

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分子 #4: DNA polymerase processivity factor component A20

分子名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 49.203926 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列:
MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E

UniProtKB: DNA polymerase processivity factor

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分子 #5: E4R

分子名称: E4R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 25.107742 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA ...文字列:
MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA KLESPVTTIV GYHPAARDHQ FEKDRSFEII NVLLELDNKT PINWAQGFIY

UniProtKB: Uracil-DNA glycosylase

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分子 #2: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 11.677539 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)

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分子 #3: DNA (24-MER)

分子名称: DNA (24-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 7.392804 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8hg1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52654
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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