[日本語] English
万見
- PDB-9k9t: MPXV DNA polymerase in complex with CDV -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k9t
タイトルMPXV DNA polymerase in complex with CDV
要素
  • DNA (24-MER)
  • DNA (38-MER)
  • DNA polymerase
  • DNA polymerase processivity factor component A20
  • E4R
キーワードREPLICATION/DNA / complex / replicate / DNA / mpox / polymerase / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil DNA N-glycosylase activity / viral DNA genome replication / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase / DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Xie, Y.F. / Kuai, L. / Peng, Q. / Wang, Q. / Wang, H. / Li, X.M. / Qi, J.X. / Ding, Q. / Shi, Y. / Gao, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis of DNA replication fidelity of the Mpox virus.
著者: Yufeng Xie / Lu Kuai / Qi Peng / Qian Wang / Han Wang / Xiaomei Li / Jianxun Qi / Qiang Ding / Yi Shi / George F Gao /
要旨: The Mpox virus (MPXV) is an orthopoxvirus that caused a global outbreak in 2022. The poxvirus DNA polymerase complex is responsible for the replication and integrity of the viral genome; however, the ...The Mpox virus (MPXV) is an orthopoxvirus that caused a global outbreak in 2022. The poxvirus DNA polymerase complex is responsible for the replication and integrity of the viral genome; however, the molecular mechanisms underlying DNA replication fidelity are still unclear. In this study, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the MPXV F8-A22-E4 polymerase holoenzyme in its editing state, in complex with mismatched primer-template DNA and DNA containing uracil deoxynucleotide. We showed that the MPXV polymerase has a similar replication-to-edit transition mechanism to proofread the mismatched nucleotides like the B-family DNA polymerases of other species. The unique processivity cofactor A22-E4 undergoes conformational changes in different working states and might affect the proofreading process. Moreover, we elucidated the base excision repair (BER) function of E4 as a uracil-DNA glycosylase and the coupling mechanism of genome replication and BER, characteristic of poxviruses. Our findings greatly enhance our molecular understanding of DNA replication fidelity of orthopoxviruses and will stimulate the development of broad-spectrum antiviral drugs.
履歴
登録2024年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年9月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
E: DNA (38-MER)
P: DNA (24-MER)
C: DNA polymerase processivity factor component A20
B: E4R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,2195
ポリマ－213,2195
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 119837.016 Da / 分子数: 1 / 変異: D166A,E168A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: OPG071, POL, MPXVgp056 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: A0A7H0DN44, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (38-MER)


分子量: 11677.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (24-MER)


分子量: 7392.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
#4: タンパク質 DNA polymerase processivity factor component A20


分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: A22R, MPXV-COP-126, MPXV-M2940_FCT-131, MPXV-M2957_Lagos-131, MPXV-M3021_Delta-131, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-124, MPXV-Nig_SEV71_2_82-126, MPXV-PCH-128, MPXV-Singapore-131, MPXV-SL-126, MPXV- ...遺伝子: A22R, MPXV-COP-126, MPXV-M2940_FCT-131, MPXV-M2957_Lagos-131, MPXV-M3021_Delta-131, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-124, MPXV-Nig_SEV71_2_82-126, MPXV-PCH-128, MPXV-Singapore-131, MPXV-SL-126, MPXV-UK_P1-131, MPXV-UK_P2-131, MPXV-UK_P3-131, MPXV-USA2003_099_GR-131, MPXV-USA2003_206_DM-131, MPXV-USA2003_223_RS-131, MPXV-UTC-122, MPXV-W_Nigeria-126, MPXV-WRAIR126, MPXV297957_122, MPXV298464_113, MPXV_LIB1970_184_138, MPXV_USA2003_039_138, MPXV_USA2003_044_138, PDLMKLCO_00135
発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q5IXP2
#5: タンパク質 E4R / MPXV-COP-095 / MPXV-SL-095 / MPXV-WRAIR095 / MPXVgp101 / Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA ...MPXV-COP-095 / MPXV-SL-095 / MPXV-WRAIR095 / MPXVgp101 / Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase DNA polymerase / Uracil-DNA glycosylase interacts with A20R / DNA polymerase processivity factor


分子量: 25107.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: E4R, UNG, MPXV-CAM1990_02-093, MPXV-Congo_8-094, MPXV-COP-095, MPXV-GAB1988_001-094, MPXV-Ikubi-093, MPXV-M2940_FCT-099, MPXV-M2957_Lagos-099, MPXV-M3021_Delta-099, MPXV-M5320_M15_Bayelsa- ...遺伝子: E4R, UNG, MPXV-CAM1990_02-093, MPXV-Congo_8-094, MPXV-COP-095, MPXV-GAB1988_001-094, MPXV-Ikubi-093, MPXV-M2940_FCT-099, MPXV-M2957_Lagos-099, MPXV-M3021_Delta-099, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-092, MPXV-Nig_SEV71_2_82-094, MPXV-PCH-096, MPXV-Singapore-099, MPXV-SL-095, MPXV-UK_P1-099, MPXV-UK_P2-099, MPXV-UK_P3-099, MPXV-USA2003_099_GR-099, MPXV-USA2003_206_DM-099, MPXV-USA2003_223_RS-099, MPXV-UTC-090, MPXV-W_Nigeria-094, MPXV-WRAIR095, MPXV297957_090, MPXV298464_081, MPXV_DRC_Yandongi_102, MPXV_LIB1970_184_106, MPXV_RCG2003_358_106, MPXV_SUD2005_01_102, MPXV_USA2003_039_106, MPXV_USA2003_044_106, MPXV_ZAI1979_005_106, MPXVgp101, PDLMKLCO_00104
発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: MPXV DNA polymerase in complex with primer/4U template DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52654 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.96 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314531
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63619819
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.2272216
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0452197
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042369

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る