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- EMDB-62023: The structure of Salmonella phage PJNS002 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62023
タイトルThe structure of Salmonella phage PJNS002
マップデータ
試料Microviridae != Salmonella phage PJNS002

Microviridae

  • ウイルス: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein F
    • タンパク質・ペプチド: spike protein G
    • タンパク質・ペプチド: DNA-binding protein J
  • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードstructual proteins / VIRUS
生物種Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Hu WL / Chen YB / Wei YM / Gao Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government23QA1406400 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for Salmonella infection by two Microviridae phages.
著者: Wanlong Hu / Zhengjie Liu / Yuming Wei / Qucheng Bian / Weiqi Lan / Chongzheng Fan / Jiaoyang Song / Qianqian Sun / Xiaojie Zhang / Yuqing Liu / Yan Gao / Yibao Chen /
要旨: The global resurgence of multidrug-resistant Salmonella species, responsible for millions of annual infections, underscores the urgent need for alternative antimicrobial strategies, such as phage ...The global resurgence of multidrug-resistant Salmonella species, responsible for millions of annual infections, underscores the urgent need for alternative antimicrobial strategies, such as phage therapy. Microviridae phages offer a promising model for studying phage-host interactions with their unique structural and infection mechanisms. Here, we identify two Microviridae phages, PJNS001 and PJNS002, with different host receptor dependencies, and determine their cryo-EM structures at 2.68 Å and 2.59 Å resolution, respectively. These icosahedral capsids with T = 1 symmetry exhibit a unique vertex reinforcement mechanism, stabilizing the viral assembly. The specific pentameric adaptations, coupled with DNA binding protein engagements and thermodynamic constraints, collectively preclude the formation of hybrid virions. Structural analysis and in situ visualization reveal spike protein features and host-attachment intermediates, informing host specificity. Together, these findings advance our understanding of Microviridae infection mechanisms and provide a structural framework for rational phage design against antibiotic-resistant pathogens.
履歴
登録2024年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62023.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-2.4476821 - 4.0398765
平均 (標準偏差)0.03618706 (±0.25521976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62023_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62023_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Microviridae

全体名称: Microviridae (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: capsid protein F
    • タンパク質・ペプチド: spike protein G
    • タンパク質・ペプチド: DNA-binding protein J
  • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Salmonella phage PJNS002

超分子名称: Salmonella phage PJNS002 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: T=1 icosahedral virus / NCBI-ID: 10841 / 生物種: Salmonella phage PJNS002 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Salmonella (サルモネラ菌)
分子量理論値: 4.31 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 290.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: capsid protein F

分子名称: capsid protein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
分子量理論値: 48.418332 KDa
配列文字列: MSNVQTSAQR DRIDLSHLGF LSGQIGRLKT VSFSPVIAGD SFELDAVGAL RLSPLRRGLA IDSNVDYFTF YIPYRHVYGQ TWIDFMKDG VNATPLPTVT TGIDMDQTAY LGTVNPTSGI MPKFLHQSYL NIYNNYFKAP WMPDRTEANP SNLNDADSRY G FRCCHLKT ...文字列:
MSNVQTSAQR DRIDLSHLGF LSGQIGRLKT VSFSPVIAGD SFELDAVGAL RLSPLRRGLA IDSNVDYFTF YIPYRHVYGQ TWIDFMKDG VNATPLPTVT TGIDMDQTAY LGTVNPTSGI MPKFLHQSYL NIYNNYFKAP WMPDRTEANP SNLNDADSRY G FRCCHLKT IWSAPLPPQT EIAREMTTGS TTIDIMGLQS AYAKLHTDQE RDYFMQRYRD VISSFGGKTS YDADNRPLLL MR SNFWASG YDVDGTDQTS LGQFSGRVQQ TFKHAVPRFF VPEHGVIMTL ALVRFPPTCT EEHHYLIGKG SLTYTDLAGD PTL VGNLPP REIAMENLFR SGGTGTDQKF KVAESIWYRY HPSYVDSAYH LLEGFPFLQG RPAGNMTERV LIDHTKYDSC FQST QLGQW NAQAKFNVSV YRSIPTVRDS IMTS

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分子 #2: spike protein G

分子名称: spike protein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
分子量理論値: 18.864549 KDa
配列文字列:
MFQEFVSKHN SPFTSLPMVS KSVTPSVTAA PILSTPRNQQ VTESFLDLTI ATAAGGIASI ISVDPSAKAD NQVFSVCAHL TGAADLKYW AALVRFESAT VPTTVTPTFD LFPIAGTYSN GTYIVKDCAT IKTFPNVAGN TVYVGLMLFS NSWVAGKLTG I ISINQVRT EITTLQPLK

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分子 #3: DNA-binding protein J

分子名称: DNA-binding protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
分子量理論値: 2.929386 KDa
配列文字列:
MAKSYRRGSS GKKKGSRLWY VGGSQF

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 60 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
分子量理論値: 1.521077 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #5: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 60 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Salmonella phage PJNS002 (ファージ)
分子量理論値: 1.20787 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
137.0 mmol/LNaClsodium chloride
2.65 mmol/LKClpotassium chloride
10.0 mmol/LNa2HPO4dibasic sodium phosphate
1.75 mmol/LKH2PO4potassium dihydrogen phosphate

詳細: pH 7.2~7.6
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 3827 / 平均露光時間: 1.25 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 528658
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 86486
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 18.15
得られたモデル

PDB-9k3n:
The structure of Salmonella phage PJNS002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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