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タイトルStructural basis for Salmonella infection by two Microviridae phages.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 1166, Year 2025
掲載日2025年8月6日
著者Wanlong Hu / Zhengjie Liu / Yuming Wei / Qucheng Bian / Weiqi Lan / Chongzheng Fan / Jiaoyang Song / Qianqian Sun / Xiaojie Zhang / Yuqing Liu / Yan Gao / Yibao Chen /
PubMed 要旨The global resurgence of multidrug-resistant Salmonella species, responsible for millions of annual infections, underscores the urgent need for alternative antimicrobial strategies, such as phage ...The global resurgence of multidrug-resistant Salmonella species, responsible for millions of annual infections, underscores the urgent need for alternative antimicrobial strategies, such as phage therapy. Microviridae phages offer a promising model for studying phage-host interactions with their unique structural and infection mechanisms. Here, we identify two Microviridae phages, PJNS001 and PJNS002, with different host receptor dependencies, and determine their cryo-EM structures at 2.68 Å and 2.59 Å resolution, respectively. These icosahedral capsids with T = 1 symmetry exhibit a unique vertex reinforcement mechanism, stabilizing the viral assembly. The specific pentameric adaptations, coupled with DNA binding protein engagements and thermodynamic constraints, collectively preclude the formation of hybrid virions. Structural analysis and in situ visualization reveal spike protein features and host-attachment intermediates, informing host specificity. Together, these findings advance our understanding of Microviridae infection mechanisms and provide a structural framework for rational phage design against antibiotic-resistant pathogens.
リンクCommun Biol / PubMed:40770068 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度2.59 - 32.3 Å
構造データ

62019

9k3m

EMDB-62019, PDB-9k3m:
The structure of Microviridae PJNS001
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

EMDB-62020: The Map of PJNS002 spike protein G with Salmonella enterica LPS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

EMDB-62021: The STA map of PJNS001 attached on Salmonella outer membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.3 Å

EMDB-62022: The STA map of PJNS002 attached on Salmonella outer membrane
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 31.02 Å

62023

9k3n

EMDB-62023, PDB-9k3n:
The structure of Salmonella phage PJNS002
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

由来
  • microviridae (ウイルス)
  • salmonella phage pjns002 (ファージ)
キーワードVIRUS / structual proteins

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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