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万見
- EMDB-61910: portal-tail complex of mature T7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61910
タイトルportal-tail complex of mature T7
マップデータportal-tail complex of mature T7
試料
  • ウイルス: Escherichia phage T7 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Protein 6.7
    • タンパク質・ペプチド: Protein 7.3
    • タンパク質・ペプチド: Tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp12
    • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp11
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / viral portal complex / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral tail assembly / viral DNA genome packaging / virus tail / T=7 icosahedral viral capsid / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...virus tail, tube / viral portal complex / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral tail assembly / viral DNA genome packaging / virus tail / T=7 icosahedral viral capsid / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T7-like virion assembly protein / Bacteriophage T7 virion assembly protein / Bacteriophage T7-like, protein 6.7 / Bacteriophage T7-like, protein 6.7 / : / Tail fibre protein gp37 trimerization region / Bacteriophage T7, Gp17, C-terminal / Tail fibre protein gp37 C terminal domain / Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein ...Bacteriophage T7-like virion assembly protein / Bacteriophage T7 virion assembly protein / Bacteriophage T7-like, protein 6.7 / Bacteriophage T7-like, protein 6.7 / : / Tail fibre protein gp37 trimerization region / Bacteriophage T7, Gp17, C-terminal / Tail fibre protein gp37 C terminal domain / Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein / Bacteriophage T7 tail fibre protein / Phage T7 tail fibre protein, N-terminal domain / Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Tail tubular protein gp11 / Tail tubular protein gp12 / Tail fiber protein / Protein 7.3 / Protein 6.7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liu HR / Chen WY
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371263 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401014 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: portal-tail complex of mature T7
著者: Liu HR / Chen WY
履歴
登録2024年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈portal-tail complex of mature T7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-33.541041999999997 - 57.230620000000002
平均 (標準偏差)-0.0018986685 (±2.1516993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_61910_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_61910_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage T7

全体名称: Escherichia phage T7 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage T7 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Protein 6.7
    • タンパク質・ペプチド: Protein 7.3
    • タンパク質・ペプチド: Tail fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp12
    • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp11
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein

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超分子 #1: Escherichia phage T7

超分子名称: Escherichia phage T7 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10760 / 生物種: Escherichia phage T7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Protein 6.7

分子名称: Protein 6.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 9.354512 KDa
配列文字列:
MCFSPKIKTP KMDTNQIRAV EPAPLTQEVS SVEFGGSSDE TDTEGTEVSG RKGLKVERDD SVAKSKASGN GSARMKSSIR KSAFGGKK

UniProtKB: Protein 6.7

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分子 #2: Protein 7.3

分子名称: Protein 7.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 10.088708 KDa
配列文字列:
MGKKVKKAVK KVTKSVKKVV KEGARPVKQV AGGLAGLAGG TGEAQMVEVP QAAAQIVDVP EKEVSTEDEA QTESGRKKAR AGGKKSLSV ARSSGGGINI

UniProtKB: Protein 7.3

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分子 #3: Tail fiber protein

分子名称: Tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 61.641875 KDa
配列文字列: MANVIKTVLT YQLDGSNRDF NIPFEYLARK FVVVTLIGVD RKVLTINTDY RFATRTTISL TKAWGPADGY TTIELRRVTS TTDRLVDFT DGSILRAYDL NVAQIQTMHV AEEARDLTTD TIGVNNDGHL DARGRRIVNL ANAVDDRDAV PFGQLKTMNQ N SWQARNEA ...文字列:
MANVIKTVLT YQLDGSNRDF NIPFEYLARK FVVVTLIGVD RKVLTINTDY RFATRTTISL TKAWGPADGY TTIELRRVTS TTDRLVDFT DGSILRAYDL NVAQIQTMHV AEEARDLTTD TIGVNNDGHL DARGRRIVNL ANAVDDRDAV PFGQLKTMNQ N SWQARNEA LQFRNEAETF RNQAEGFKNE SSTNATNTKQ WRDETKGFRD EAKRFKNTAG QYATSAGNSA SAAHQSEVNA EN SATASAN SAHLAEQQAD RAEREADKLE NYNGLAGAID KVDGTNVYWK GNIHANGRLY MTTNGFDCGQ YQQFFGGVTN RYS VMEWGD ENGWLMYVQR REWTTAIGGN IQLVVNGQII TQGGAMTGQL KLQNGHVLQL ESASDKAHYI LSKDGNRNNW YIGR GSDNN NDCTFHSYVH GTTLTLKQDY AVVNKHFHVG QAVVATDGNI QGTKWGGKWL DAYLRDSFVA KSKAWTQVWS GSAGG GVSV TVSQDLRFRN IWIKCANNSW NFFRTGPDGI YFIASDGGWL RFQIHSNGLG FKNIADSRSV PNAIMVENE

UniProtKB: Tail fiber protein

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分子 #4: Tail tubular protein gp12

分子名称: Tail tubular protein gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 89.480594 KDa
配列文字列: MALISQSIKN LKGGISQQPD ILRYPDQGSR QVNGWSSETE GLQKRPPLVF LNTLGDNGAL GQAPYIHLIN RDEHEQYYAV FTGSGIRVF DLSGNEKQVR YPNGSNYIKT ANPRNDLRMV TVADYTFIVN RNVVAQKNTK SVNLPNYNPN QDGLINVRGG Q YGRELIVH ...文字列:
MALISQSIKN LKGGISQQPD ILRYPDQGSR QVNGWSSETE GLQKRPPLVF LNTLGDNGAL GQAPYIHLIN RDEHEQYYAV FTGSGIRVF DLSGNEKQVR YPNGSNYIKT ANPRNDLRMV TVADYTFIVN RNVVAQKNTK SVNLPNYNPN QDGLINVRGG Q YGRELIVH INGKDVAKYK IPDGSQPEHV NNTDAQWLAE ELAKQMRTNL SDWTVNVGQG FIHVTAPSGQ QIDSFTTKDG YA DQLINPV THYAQSFSKL PPNAPNGYMV KIVGDASKSA DQYYVRYDAE RKVWTETLGW NTEDQVLWET MPHALVRAAD GNF DFKWLE WSPKSCGDVD TNPWPSFVGS SINDVFFFRN RLGFLSGENI ILSRTAKYFN FYPASIANLS DDDPIDVAVS TNRI AILKY AVPFSEELLI WSDEAQFVLT ASGTLTSKSV ELNLTTQFDV QDRARPFGIG RNVYFASPRS SFTSIHRYYA VQDVS SVKN AEDITSHVPN YIPNGVFSIC GSGTENFCSV LSHGDPSKIF MYKFLYLNEE LRQQSWSHWD FGENVQVLAC QSISSD MYV ILRNEFNTFL ARISFTKNAI DLQGEPYRAF MDMKIRYTIP SGTYNDDTFT TSIHIPTIYG ANFGRGKITV LEPDGKI TV FEQPTAGWNS DPWLRLSGNL EGRMVYIGFN INFVYEFSKF LIKQTADDGS TSTEDIGRLQ LRRAWVNYEN SGTFDIYV E NQSSNWKYTM AGARLGSNTL RAGRLNLGTG QYRFPVVGNA KFNTVYILSD ETTPLNIIGC GWEGNYLRRS SGI

UniProtKB: Tail tubular protein gp12

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分子 #5: Tail tubular protein gp11

分子名称: Tail tubular protein gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 22.30765 KDa
配列文字列: MRSYDMNVET AAELSAVNDI LASIGEPPVS TLEGDANADA ANARRILNKI NRQIQSRGWT FNIEEGITLL PDVYSNLIVY SDDYLSLMS TSGQSIYVNR GGYVYDRTSQ SDRFDSGITV NIIRLRDYDE MPECFRYWIV TKASRQFNNR FFGAPEVEGV L QEEEDEAR ...文字列:
MRSYDMNVET AAELSAVNDI LASIGEPPVS TLEGDANADA ANARRILNKI NRQIQSRGWT FNIEEGITLL PDVYSNLIVY SDDYLSLMS TSGQSIYVNR GGYVYDRTSQ SDRFDSGITV NIIRLRDYDE MPECFRYWIV TKASRQFNNR FFGAPEVEGV L QEEEDEAR RLCMEYEMDY GGYNMLDGDA FTSGLLTR

UniProtKB: Tail tubular protein gp11

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分子 #6: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 59.173984 KDa
配列文字列: MAEKRTGLAE DGAKSVYERL KNDRAPYETR AQNCAQYTIP SLFPKDSDNA STDYQTPWQA VGARGLNNLA SKLMLALFPM QTWMRLTIS EYEAKQLLSD PDGLAKVDEG LSMVERIIMN YIESNSYRVT LFEALKQLVV AGNVLLYLPE PEGSNYNPMK L YRLSSYVV ...文字列:
MAEKRTGLAE DGAKSVYERL KNDRAPYETR AQNCAQYTIP SLFPKDSDNA STDYQTPWQA VGARGLNNLA SKLMLALFPM QTWMRLTIS EYEAKQLLSD PDGLAKVDEG LSMVERIIMN YIESNSYRVT LFEALKQLVV AGNVLLYLPE PEGSNYNPMK L YRLSSYVV QRDAFGNVLQ MVTRDQIAFG ALPEDIRKAV EGQGGEKKAD ETIDVYTHIY LDEDSGEYLR YEEVEGMEVQ GS DGTYPKE ACPYIPIRMV RLDGESYGRS YIEEYLGDLR SLENLQEAIV KMSMISSKVI GLVNPAGITQ PRRLTKAQTG DFV TGRPED ISFLQLEKQA DFTVAKAVSD AIEARLSFAF MLNSAVQRTG ERVTAEEIRY VASELEDTLG GVYSILSQEL QLPL VRVLL KQLQATQQIP ELPKEAVEPT ISTGLEAIGR GQDLDKLERC VTAWAALAPM RDDPDINLAM IKLRIANAIG IDTSG ILLT EEQKQQKMAQ QSMQMGMDNG AAALAQGMAA QATASPEAMA AAADSVGLQP GI

UniProtKB: Portal protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65620
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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