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- EMDB-61863: Cryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61863
タイトルCryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP8
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimer of XPR1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 53 member 1
  • リガンド: (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)]
  • リガンド: water
キーワードphosphate channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EXS, C-terminal / EXS family / EXS domain profile. / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 53 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Wang X / Bai Z / Wallis C / Wang H / Han Y / Jin R / Lei M / Gu C / Jessen H / Shears S ...Wang X / Bai Z / Wallis C / Wang H / Han Y / Jin R / Lei M / Gu C / Jessen H / Shears S / Sun Y / Corry B / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022ZD0207400 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of human XPR1 in apo state
著者: Wang X / Bai Z / Wallis C / Wang H / Han Y / Jin R / Lei M / Gu C / Jessen H / Shears S / Sun Y / Corry B / Zhang Y
履歴
登録2024年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61863.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.608
最小 - 最大-3.8588023 - 6.5850186
平均 (標準偏差)0.0052523115 (±0.10739144)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 274.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homodimer of XPR1

全体名称: Homodimer of XPR1
要素
  • 複合体: Homodimer of XPR1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 53 member 1
  • リガンド: (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)]
  • リガンド: water

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超分子 #1: Homodimer of XPR1

超分子名称: Homodimer of XPR1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 53 member 1

分子名称: Solute carrier family 53 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.033492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KFAEHLSAHI TPEWRKQYIQ YEAFKDMLYS AQDQAPSVEV TDEDTVKRYF AKFEEKFFQT CEKELAKINT FYSEKLAEAQ RRFATLQNE LQSSLDAQKE STGVTTLRQR RKPVFHLSHE ERVQHRNIKD LKLAFSEFYL SLILLQNYQN LNFTGFRKIL K KHDKILET ...文字列:
KFAEHLSAHI TPEWRKQYIQ YEAFKDMLYS AQDQAPSVEV TDEDTVKRYF AKFEEKFFQT CEKELAKINT FYSEKLAEAQ RRFATLQNE LQSSLDAQKE STGVTTLRQR RKPVFHLSHE ERVQHRNIKD LKLAFSEFYL SLILLQNYQN LNFTGFRKIL K KHDKILET SRGADWRVAH VEVAPFYTCK KINQLISETE AVVTNELEDG DRQKAMKRLR VPPLGAAQPA PAWTTFRVGL FC GIFIVLN ITLVLAAVFK LETDRSIWPL IRIYRGGFLL IEFLFLLGIN TYGWRQAGVN HVLIFELNPR SNLSHQHLFE IAG FLGILW CLSLLACFFA PISVIPTYVY PLALYGFMVF FLINPTKTFY YKSRFWLLKL LFRVFTAPFH KVGFADFWLA DQLN SLSVI LMDLEYMICF YSLELKWDES KGLLPNNSEE SGICHKYTYG VRAIVQCIPA WLRFIQCLRR YRDTKRAFPH LVNAG KYST TFFMVTFAAL YSTHKERGHS DTMVFFYLWI VFYIISSCYT LIWDLKMDWG LFDKNAGENT FLREEIVYPQ KAYYYC AII EDVILRFAWT IQISITSTTL LPHSGDIIAT VFAPLEVFRR FVWNFFRLEN EHLNNCGEFR AVRDISVA

UniProtKB: Solute carrier family 53 member 1

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分子 #2: (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-di...

分子名称: (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)]
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: I8P
分子量理論値: 819.995 Da
Chemical component information

ChemComp-I8P:
(1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] / D-myo-イノシト-ル2,3,4,6-テトラキスりん酸1,5-ビス二りん酸

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.41 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1452119
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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