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タイトルCryo-EM structure of human XPR1 in apo state
ジャーナル・号・ページMol. Cell, Year 2025
掲載日2024年10月11日 (構造データの登録日)
著者Wang X / Bai Z / Wallis C / Wang H / Han Y / Jin R / Lei M / Gu C / Jessen H / Shears S ...Wang X / Bai Z / Wallis C / Wang H / Han Y / Jin R / Lei M / Gu C / Jessen H / Shears S / Sun Y / Corry B / Zhang Y
リンクMol. Cell / PubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度3.12 - 7.52 Å
構造データ

EMDB-61859, PDB-9jxd:
Cryo-EM structure of human XPR1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-61860, PDB-9jxe:
Cryo-EM structure of apo human XPR1, class 1, with one visible SPX domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-61861, PDB-9jxf:
Cryo-EM structure of apo human XPR1, class 2, with asymmetrically dimerized SPX domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

EMDB-61862, PDB-9jxg:
Cryo-EM structure of apo human XPR1, class 3, with symmetrically dimerized SPX domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-61863, PDB-9jxh:
Cryo-EM structure of human XPR1 in complex with InsP8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-61864, PDB-9jxi:
Cryo-EM structure of human XPR1 with InsP8 in an 'arch-like' intermediate state of the SPX domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

EMDB-61865, PDB-9jxj:
Cryo-EM structure of human XPR1 in a closed state at both the extracellular and intracellular gates, obtained through local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-61866, PDB-9jxk:
Cryo-EM structure of human XPR1 in a closed state at the intracellular gate and an open state at the extracellular gate, obtained through local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-61867, PDB-9jxl:
Cryo-EM structure of human XPR1 in an open state at the intracellular gate and a closed state at the extracellular gate, obtained through local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-61868, PDB-9jxm:
Cryo-EM structure of one subunit of the human XPR1 homodimer with both the intracellular and extracellular gates in an open state, obtained through local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

EMDB-61869, PDB-9jxn:
Cryo-EM structure of human XPR1-R459C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-61870, PDB-9jxo:
Cryo-EM structure of human XPR1-G621A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

EMDB-61871, PDB-9jxp:
Cryo-EM structure of human XPR1-R570L
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-61872: Cryo-EM structure of XPR1-KIDINS220 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-61873: Local refinement of SPX and ARs in XPR1-KIDINS220 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

EMDB-61874: Local refinement of additional KIDINS220 TM-helix in XPR1-KIDINS220 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-61875, PDB-9jxq:
Complex of XPR1-KIDINS220
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-61876: Cryo-EM structure of XPR1-KIDINS220-InsP8 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.47 Å

EMDB-61877, PDB-9jxr:
Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster PXo-G604A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-61878: Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster PXo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.85 Å

EMDB-61879: Cryo-EM structure of PHO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.52 Å

化合物

ChemComp-I8P:
(1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] / D-myo-イノシト-ル2,3,4,6-テトラキスりん酸1,5-ビス二りん酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / phosphate channel;phosphate exporter;PFBC / phosphate channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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