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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6146 | |||||||||
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タイトル | Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of low-pH Dengue virus complexed with DENV2 Fab E104 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Dengue virus / DENV2 Fab E104 / Low pH / Fusion trimer | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / channel activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / channel activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) / Dengue virus 2 Thailand/16681/84 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang XZ / Sheng J / Austin SK / Hoornweg T / Smit JM / Kuhn RJ / Diamond MS / Rossmann MG | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2015 タイトル: Structure of acidic pH dengue virus showing the fusogenic glycoprotein trimers. 著者: Xinzheng Zhang / Ju Sheng / S Kyle Austin / Tabitha E Hoornweg / Jolanda M Smit / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Michael G Rossmann / 要旨: Flaviviruses undergo large conformational changes during their life cycle. Under acidic pH conditions, the mature virus forms transient fusogenic trimers of E glycoproteins that engage the lipid ...Flaviviruses undergo large conformational changes during their life cycle. Under acidic pH conditions, the mature virus forms transient fusogenic trimers of E glycoproteins that engage the lipid membrane in host cells to initiate viral fusion and nucleocapsid penetration into the cytoplasm. However, the dynamic nature of the fusogenic trimer has made the determination of its structure a challenge. Here we have used Fab fragments of the neutralizing antibody DV2-E104 to stop the conformational change of dengue virus at an intermediate stage of the fusion process. Using cryo-electron microscopy, we show that in this intermediate stage, the E glycoproteins form 60 trimers that are similar to the predicted "open" fusogenic trimer. IMPORTANCE: The structure of a dengue virus has been captured during the formation of fusogenic trimers. This was accomplished by binding Fab fragments of the neutralizing antibody DV2-E104 to the ...IMPORTANCE: The structure of a dengue virus has been captured during the formation of fusogenic trimers. This was accomplished by binding Fab fragments of the neutralizing antibody DV2-E104 to the virus at neutral pH and then decreasing the pH to 5.5. These trimers had an "open" conformation, which is distinct from the "closed" conformation of postfusion trimers. Only two of the three E proteins within each spike are bound by a Fab molecule at domain III. Steric hindrance around the icosahedral 3-fold axes prevents binding of a Fab to the third domain III of each E protein spike. Binding of the DV2-E104 Fab fragments prevents domain III from rotating by about 130° to the postfusion orientation and thus precludes the stem region from "zipping" together the three E proteins along the domain II boundaries into the "closed" postfusion conformation, thus inhibiting fusion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6146.map.gz | 14.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6146-v30.xml emd-6146.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6146.gif 80_6146.gif | 63.1 KB 4.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6146 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6146 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6146_validation.pdf.gz | 344.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6146_full_validation.pdf.gz | 344.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6146_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6146 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6146 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of low-pH Dengue virus complexed with DENV2 Fab E104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus complexed with Fab E104 at pH 5.5
全体 | 名称: Dengue virus complexed with Fab E104 at pH 5.5 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dengue virus complexed with Fab E104 at pH 5.5
超分子 | 名称: Dengue virus complexed with Fab E104 at pH 5.5 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Dengue virus 2 Thailand/16681/84
超分子 | 名称: Dengue virus 2 Thailand/16681/84 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 31634 / 生物種: Dengue virus 2 Thailand/16681/84 / Sci species strain: 16681 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
Host system | 生物種: unidentified (未定義) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: E / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Fab E104
分子 | 名称: Fab E104 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.5 / 詳細: 120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2013年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 1000 / 平均電子線量: 24 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 528 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: EMFit |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3j8d: |