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- EMDB-61435: Structure of LaTranC complex bound to 6nt complementary DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61435
タイトルStructure of LaTranC complex bound to 6nt complementary DNA substrate
マップデータLaTranC complex (6-nt matched)
試料
  • 複合体: LaTranC
    • DNA: DNA (37-MER)
    • DNA: DNA (37-MER)
    • RNA: RNA (195-MER)
    • タンパク質・ペプチド: LaTranC
キーワードLaTranC complexes / IMMUNE SYSTEM/DNA/RNA / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex
生物種Lawsonibacter sp. (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Zhang S / Liu J
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201224 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32250012 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32230088 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201224 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Functional RNA splitting drove the evolutionary emergence of type V CRISPR-Cas systems from transposons.
著者: Shuai Jin / Zixu Zhu / Yunjia Li / Shouyue Zhang / Yijing Liu / Danyuan Li / Yuanqing Li / Yingfeng Luo / Zhiheng Cheng / Kevin Tianmeng Zhao / Qiang Gao / Guanglei Yang / Hongchao Li / ...著者: Shuai Jin / Zixu Zhu / Yunjia Li / Shouyue Zhang / Yijing Liu / Danyuan Li / Yuanqing Li / Yingfeng Luo / Zhiheng Cheng / Kevin Tianmeng Zhao / Qiang Gao / Guanglei Yang / Hongchao Li / Ronghong Liang / Rui Zhang / Jin-Long Qiu / Yong E Zhang / Jun-Jie Gogo Liu / Caixia Gao /
要旨: Transposon-encoded TnpB nucleases gave rise to type V CRISPR-Cas12 effectors through multiple independent domestication events. These systems use different RNA molecules as guides for DNA targeting: ...Transposon-encoded TnpB nucleases gave rise to type V CRISPR-Cas12 effectors through multiple independent domestication events. These systems use different RNA molecules as guides for DNA targeting: transposon-derived right-end RNAs (reRNAs or omega RNAs) for TnpB and CRISPR RNAs for type V CRISPR-Cas systems. However, the molecular mechanisms bridging transposon activity and CRISPR immunity remain unclear. We identify TranCs (transposon-CRISPR intermediates) derived from distinct IS605- or IS607-TnpB lineages. TranCs utilize both CRISPR RNAs and reRNAs to direct DNA cleavage. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of LaTranC from Lawsonibacter sp. closely resembles that of the ISDra2 TnpB complex; however, unlike a single-molecule reRNA, the LaTranC guide RNA is functionally split into a tracrRNA and crRNA. An engineered RNA split of ISDra2 TnpB enabled activity with a CRISPR array. These findings indicate that functional RNA splitting was the primary molecular event driving the emergence of diverse type V CRISPR-Cas systems from transposons.
履歴
登録2024年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LaTranC complex (6-nt matched)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252.99 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252.99 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252.99 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8433 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.218
最小 - 最大-3.1846378 - 4.8914995
平均 (標準偏差)-0.0007533296 (±0.060594257)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 252.98999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: LaTranC complex (6-nt matched)

ファイルemd_61435_half_map_1.map
注釈LaTranC complex (6-nt matched)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: LaTranC complex (6-nt matched)

ファイルemd_61435_half_map_2.map
注釈LaTranC complex (6-nt matched)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LaTranC

全体名称: LaTranC
要素
  • 複合体: LaTranC
    • DNA: DNA (37-MER)
    • DNA: DNA (37-MER)
    • RNA: RNA (195-MER)
    • タンパク質・ペプチド: LaTranC

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超分子 #1: LaTranC

超分子名称: LaTranC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lawsonibacter sp. (バクテリア)

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分子 #1: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lawsonibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 11.404304 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)

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分子 #2: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Lawsonibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 11.383297 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)

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分子 #3: RNA (195-MER)

分子名称: RNA (195-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Lawsonibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 62.94843 KDa
配列文字列: GGUGGGAGGU CUGUCCCCAC CAUGGGGUGC GAACCUUGUG UGCUCAUCAU UGCCGUGAGC GUUCGCACGU CCAAACGACC AUAUCAUCG UUGCCCUGCG ACCAUUCAGC GGCAAUCAAG ACGCAGGCAU GAUAUGUAAC CAUGCAUUGG AAAGUGCAUG G AGCAGAAG ...文字列:
GGUGGGAGGU CUGUCCCCAC CAUGGGGUGC GAACCUUGUG UGCUCAUCAU UGCCGUGAGC GUUCGCACGU CCAAACGACC AUAUCAUCG UUGCCCUGCG ACCAUUCAGC GGCAAUCAAG ACGCAGGCAU GAUAUGUAAC CAUGCAUUGG AAAGUGCAUG G AGCAGAAG AAACACAGUA GGAGGGACUU ACGUUAG

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分子 #4: LaTranC

分子名称: LaTranC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lawsonibacter sp. (バクテリア)
分子量理論値: 53.94609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
配列文字列: SLNAKKIRLE NYAMKMRLYP SPTQAEQMDK MFLALRLAYN MTFHEVFQQN PAVCGDPDED GNVWPSYKKM ANKTWRKALI DQNPAIAEA PAAAITTNNG LFLSNGQKAW KTGMHNLPAN KADRKDFRFY SLSKPRRSFA VQIPPDCIIP SDTNQKVARI K LPKIDGAI ...文字列:
SLNAKKIRLE NYAMKMRLYP SPTQAEQMDK MFLALRLAYN MTFHEVFQQN PAVCGDPDED GNVWPSYKKM ANKTWRKALI DQNPAIAEA PAAAITTNNG LFLSNGQKAW KTGMHNLPAN KADRKDFRFY SLSKPRRSFA VQIPPDCIIP SDTNQKVARI K LPKIDGAI KARGFNRKIW FGPDGKHTYE EALAAHELSN NLTVRVSKDT CGDYFICITF SQGKVKGDKP TWEFYQEVRV SP IPEPIGL DVGIKDIAIL NTGTKYENKQ FKRDRAATLK KMSRQLSRRW GPANSAFRDY NKNIRAENRA LEKAQQDPGS SGV GPEAPV LKSVAQPSRR YLTIQKNRAK LERKIARRRD TYYHQVTAEV AGKSSLLAVE TLRVKNMLQN HRLAFALSDA AMSD FISKL KYKARRIQVP LVAIGTFQPS SQTCSVCGSI NPAVKNLSIR VWTCPNCGTR HNRDINAAKN ILAIAQNMLE KKV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3229410
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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