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万見
- EMDB-60794: Cryo-EM structure of MT3-Muscarinic acetylcholine receptor 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60794
タイトルCryo-EM structure of MT3-Muscarinic acetylcholine receptor 4
マップデータ
試料
  • 複合体: MT3-alpha2AAR complex
    • タンパク質・ペプチド: Muscarinic toxin 3
    • タンパク質・ペプチド: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Soluble cytochrome b562
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / toxin activity / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane ...Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / toxin activity / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell surface receptor signaling pathway / synapse / dendrite / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Snake cytotoxin, cobra-type / Muscarinic acetylcholine receptor family / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Snake cytotoxin, cobra-type / Muscarinic acetylcholine receptor family / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Muscarinic toxin 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhong YX / Tao HH / Tao YY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of MT3-alpha2AAR
著者: Zhong YX / Tao HH / Tao YY
履歴
登録2024年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.546
最小 - 最大-1.7069795 - 2.8597615
平均 (標準偏差)0.0005547446 (±0.046579957)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MT3-alpha2AAR complex

全体名称: MT3-alpha2AAR complex
要素
  • 複合体: MT3-alpha2AAR complex
    • タンパク質・ペプチド: Muscarinic toxin 3
    • タンパク質・ペプチド: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Soluble cytochrome b562

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超分子 #1: MT3-alpha2AAR complex

超分子名称: MT3-alpha2AAR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Muscarinic toxin 3

分子名称: Muscarinic toxin 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dendroaspis angusticeps (コブラ)
分子量理論値: 7.396488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LTCVTKNTIF GITTENCPAG QNLCFKRWHY VIPRYTEITR GCAATCPIPE NYDSIHCCKT DKCNE

UniProtKB: Muscarinic toxin 3

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分子 #2: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Soluble cytochrome b562

分子名称: Muscarinic acetylcholine receptor M4,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.768914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HNRYETVEMV FIATVTGSLS LVTVVGNILV MLSIKVNRQL QTVNNYFLFS LACADLIIGA FSMNLYTVYI IKGYWPLGAV VCDLWLALD YVVSNASVMN LLIISFDRYF CVTKPLTYPA RRTTKMAGLM IAAAWVLSFV LWAPAILFWQ FVVGKRTVPD N QCFIQFLS ...文字列:
HNRYETVEMV FIATVTGSLS LVTVVGNILV MLSIKVNRQL QTVNNYFLFS LACADLIIGA FSMNLYTVYI IKGYWPLGAV VCDLWLALD YVVSNASVMN LLIISFDRYF CVTKPLTYPA RRTTKMAGLM IAAAWVLSFV LWAPAILFWQ FVVGKRTVPD N QCFIQFLS NPAVTFGTAI AAFYLPVVIM TVLYIHISLA SRSRVADLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AA LDAQKAS GSGSPEMKDF RHGFDILVGQ IDDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLRMAAR ERKVTRTIFA ILL AFILTW TPYNVMVLVN TFCQSCIPDT VWSIGYWLCY VNSTINPACY ALCNATFKKT FRHLLLKIAA LKEKIAALKE KIAA LKEAE EKRASRLEEE LRRRLTEGSH HHHHHHH

UniProtKB: Muscarinic acetylcholine receptor M4, Muscarinic acetylcholine receptor M4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5747771
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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