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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli CysK:CdiA:tRNA complex A | |||||||||
![]() | Postprocessed by deepEMhancer. | |||||||||
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![]() | RNase / Complex / Contact-dependent growth inhibition / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-specific ribonuclease activity / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm ...tRNA-specific ribonuclease activity / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
![]() | Feng Z / Yashiro Y / Tomita K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of activation of contact-dependent growth inhibition tRNase toxin by the amino acid biogenesis factor CysK in the bacterial competition system. 著者: Feng Z / Yashiro Y / Tomita K | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 126.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 144.7 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 134.5 MB 134.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed by deepEMhancer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60561_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60561_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.
全体 | 名称: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA. |
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要素 |
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-超分子 #1: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.
超分子 | 名称: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #1: Cysteine synthase A
分子 | 名称: Cysteine synthase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cysteine synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.756688 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS V(LLP)CRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIA LAY VAAARGYKLT LTMPETMSIE RRKLLKALGA NLVLTEGAKG MKGAIQKAEE IVASNPEKYL LLQQFSNPAN PEIHEKT TG ...文字列: MSKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS V(LLP)CRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIA LAY VAAARGYKLT LTMPETMSIE RRKLLKALGA NLVLTEGAKG MKGAIQKAEE IVASNPEKYL LLQQFSNPAN PEIHEKT TG PEIWEDTDGQ VDVFIAGVGT GGTLTGVSRY IKGTKGKTDL ISVAVEPTDS PVIAQALAGE EIKPGPHKIQ GIGAGFIP A NLDLKLVDKV IGITNEEAIS TARRLMEEEG ILAGISSGAA VAAALKLQED ESFTNKNIVV ILPSSGERYL STALFADLF TEKELQQ UniProtKB: Cysteine synthase A |
-分子 #2: tRNA nuclease CdiA
分子 | 名称: tRNA nuclease CdiA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.18125 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHVEN NALSLVARGC AVAAPCRTKV AEQLLEIGAK AGMAGLAGAA VKDMADRMTS DELEHLITLQ MMGNDEITTK YLSSLHDKY GSGAASNPNI GKDLTDAEKV ELGGSGSGTG TPPPSENDPK QQNEKTVDKL NQKQESAIKK IDNTIKNALK D HDIIGTLK ...文字列: MHHHHHHVEN NALSLVARGC AVAAPCRTKV AEQLLEIGAK AGMAGLAGAA VKDMADRMTS DELEHLITLQ MMGNDEITTK YLSSLHDKY GSGAASNPNI GKDLTDAEKV ELGGSGSGTG TPPPSENDPK QQNEKTVDKL NQKQESAIKK IDNTIKNALK D HDIIGTLK DMDGKPVPKE NGGYWDAMQE MQNTLRGLRN HADTLKNVNN PEAQAAYGRA TDAINKIESA LKGYGI UniProtKB: tRNA nuclease CdiA |
-分子 #3: tRNAIleGAU
分子 | 名称: tRNAIleGAU / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.000869 KDa |
配列 | 文字列: AGGCUUGUAG CUCAGGUGGU UAGAGCGCAC CCCUGAU(T6A)AG GGUGAGGUCG GUGGUUCAAG UCCACUCAGG CCUACC A GENBANK: GENBANK: CP053605.1 |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
詳細: 25mM Tris-HCl,50mM NaCl,2mM MgCl2, 10mM 2-mercaptoethanol | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7044 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |