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- EMDB-60561: Cryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli CysK:CdiA:tRN... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60561
タイトルCryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli CysK:CdiA:tRNA complex A
マップデータPostprocessed by deepEMhancer.
試料
  • 複合体: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine synthase A
    • タンパク質・ペプチド: tRNA nuclease CdiA
    • RNA: tRNAIleGAU
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNase / Complex / Contact-dependent growth inhibition / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-specific ribonuclease activity / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm ...tRNA-specific ribonuclease activity / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm / tRNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial toxin 28 / Bacterial toxin 28 / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat ...Bacterial toxin 28 / Bacterial toxin 28 / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pectin lyase fold / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine synthase A / tRNA nuclease CdiA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 536 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Feng Z / Yashiro Y / Tomita K
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00368 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of activation of contact-dependent growth inhibition tRNase toxin by the amino acid biogenesis factor CysK in the bacterial competition system.
著者: Feng Z / Yashiro Y / Tomita K
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60561.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed by deepEMhancer.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 336 pix.
= 278.88 Å		0.83 Å/pix.
x 336 pix.
= 278.88 Å		0.83 Å/pix.
x 336 pix.
= 278.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.0018344459 - 1.7895532
平均 (標準偏差)0.00069110707 (±0.019312996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 278.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60561_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60561_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60561_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.

全体名称: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.
要素
  • 複合体: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine synthase A
    • タンパク質・ペプチド: tRNA nuclease CdiA
    • RNA: tRNAIleGAU
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA.

超分子名称: CysK in complex with CdiA-CT and tRNA. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli 536 (大腸菌)
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: Cysteine synthase A

分子名称: Cysteine synthase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cysteine synthase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 34.756688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS V(LLP)CRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIA LAY VAAARGYKLT LTMPETMSIE RRKLLKALGA NLVLTEGAKG MKGAIQKAEE IVASNPEKYL LLQQFSNPAN PEIHEKT TG ...文字列:
MSKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS V(LLP)CRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIA LAY VAAARGYKLT LTMPETMSIE RRKLLKALGA NLVLTEGAKG MKGAIQKAEE IVASNPEKYL LLQQFSNPAN PEIHEKT TG PEIWEDTDGQ VDVFIAGVGT GGTLTGVSRY IKGTKGKTDL ISVAVEPTDS PVIAQALAGE EIKPGPHKIQ GIGAGFIP A NLDLKLVDKV IGITNEEAIS TARRLMEEEG ILAGISSGAA VAAALKLQED ESFTNKNIVV ILPSSGERYL STALFADLF TEKELQQ

UniProtKB: Cysteine synthase A

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分子 #2: tRNA nuclease CdiA

分子名称: tRNA nuclease CdiA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Escherichia coli 536 (大腸菌)
分子量理論値: 25.18125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHVEN NALSLVARGC AVAAPCRTKV AEQLLEIGAK AGMAGLAGAA VKDMADRMTS DELEHLITLQ MMGNDEITTK YLSSLHDKY GSGAASNPNI GKDLTDAEKV ELGGSGSGTG TPPPSENDPK QQNEKTVDKL NQKQESAIKK IDNTIKNALK D HDIIGTLK ...文字列:
MHHHHHHVEN NALSLVARGC AVAAPCRTKV AEQLLEIGAK AGMAGLAGAA VKDMADRMTS DELEHLITLQ MMGNDEITTK YLSSLHDKY GSGAASNPNI GKDLTDAEKV ELGGSGSGTG TPPPSENDPK QQNEKTVDKL NQKQESAIKK IDNTIKNALK D HDIIGTLK DMDGKPVPKE NGGYWDAMQE MQNTLRGLRN HADTLKNVNN PEAQAAYGRA TDAINKIESA LKGYGI

UniProtKB: tRNA nuclease CdiA

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分子 #3: tRNAIleGAU

分子名称: tRNAIleGAU / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 25.000869 KDa
配列文字列:
AGGCUUGUAG CUCAGGUGGU UAGAGCGCAC CCCUGAU(T6A)AG GGUGAGGUCG GUGGUUCAAG UCCACUCAGG CCUACC A

GENBANK: GENBANK: CP053605.1

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.6 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris-HCl
50.0 mMNaClSodium chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
10.0 mM2-mercaptoethanol2-mercaptoethanol

詳細: 25mM Tris-HCl,50mM NaCl,2mM MgCl2, 10mM 2-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7044 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4707496
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 115994
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5j43


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8zyc:
Cryo-EM structure of uropathogenic Escherichia coli CysK:CdiA:tRNA complex A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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