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万見
- EMDB-60325: Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60325
タイトルCryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with atomoxetine in an outward-open state at a resolution of 2.4 angstrom
マップデータCryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with Atomoxetine in an outward-open state at a resolution of 2.4 angstrom
試料
  • 複合体: human norepinephrine transporter NET in complex with Nb_BB4
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent noradrenaline transporter
    • タンパク質・ペプチド: Nb_BB4
  • リガンド: (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: water
キーワードnorepinephrine transport / norepinephrine / inhibitor / TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters ...neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / amino acid transport / response to pain / dopamine uptake involved in synaptic transmission / neuronal cell body membrane / beta-tubulin binding / alpha-tubulin binding / sodium ion transmembrane transport / neuron cellular homeostasis / presynaptic membrane / actin binding / chemical synaptic transmission / response to xenobiotic stimulus / axon / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, noradrenaline / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent noradrenaline transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Song AL / Wu XD
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights of substrate transport and inhibitor binding revealed by high-resolution structures of human norepinephrine transporter.
著者: Ailong Song / Xudong Wu /
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60325.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60325.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of human norepinephrine transporter NET bound with Atomoxetine in an outward-open state at a resolution of 2.4 angstrom
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 280 pix.
= 257.6 Å		0.92 Å/pix.
x 280 pix.
= 257.6 Å		0.92 Å/pix.
x 280 pix.
= 257.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.7558819 - 1.1704865
平均 (標準偏差)0.00028953588 (±0.021199053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 257.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_60325_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap B

ファイルemd_60325_half_map_1.map
注釈halfmap_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap A

ファイルemd_60325_half_map_2.map
注釈halfmap_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human norepinephrine transporter NET in complex with Nb_BB4

全体名称: human norepinephrine transporter NET in complex with Nb_BB4
要素
  • 複合体: human norepinephrine transporter NET in complex with Nb_BB4
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent noradrenaline transporter
    • タンパク質・ペプチド: Nb_BB4
  • リガンド: (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: human norepinephrine transporter NET in complex with Nb_BB4

超分子名称: human norepinephrine transporter NET in complex with Nb_BB4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Sodium-dependent noradrenaline transporter

分子名称: Sodium-dependent noradrenaline transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.298641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: APRDGDAQPR ETWGKKIDFL LSVVGFAVDL ANVWRFPYLC YKNGGGAFLI PYTLFLIIAG MPLFYMELAL GQYNREGAAT VWKICPFFK GVGYAVILIA LYVGFYYNVI IAWSLYYLFS SFTLNLPWTD CGHTWNSPNC TDPKLLNGSV LGNHTKYSKY K FTPAAEFY ...文字列:
APRDGDAQPR ETWGKKIDFL LSVVGFAVDL ANVWRFPYLC YKNGGGAFLI PYTLFLIIAG MPLFYMELAL GQYNREGAAT VWKICPFFK GVGYAVILIA LYVGFYYNVI IAWSLYYLFS SFTLNLPWTD CGHTWNSPNC TDPKLLNGSV LGNHTKYSKY K FTPAAEFY ERGVLHLHES SGIHDIGLPQ WQLLLCLMVV VIVLYFSLWK GVKTSGKVVW ITATLPYFVL FVLLVHGVTL PG ASNGINA YLHIDFYRLK EATVWIDAAT QIFFSLGAGF GVLIAFASYN KFDNNCYRDA LLTSSINCIT SFVSGFAIFS ILG YMAHEH KVNIEDVATE GAGLVFILYP EAISTLSGST FWAVVFFVML LALGLDSSMG GMEAVITGLA DDFQVLKRHR KLFT FGVTF STFLLALFCI TKGGIYVLTL LDTFAAGTSI LFAVLMEAIG VSWFYGVDRF SNDIQQMMGF RPGLYWRLCW KFVSP AFLL FVVVVSIINF KPLTYDDYIF PPWANWVGWG IALSSMVLVP IYVIYKFLST QGSLWERLAY GITPENEHHL VAQRDI RQF QLQHWLAI

UniProtKB: Sodium-dependent noradrenaline transporter

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分子 #2: Nb_BB4

分子名称: Nb_BB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.338711 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGFPVY QANMYWYRQA PGKEREWVAA IQSEGRTIYA DSVKGRFTIS RDNSKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCNVKD AGWASYQYDY WGQGTQVTVS S

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分子 #3: (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine

分子名称: (3R)-N-methyl-3-(2-methylphenoxy)-3-phenyl-propan-1-amine
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1LX4
分子量理論値: 255.355 Da

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #5: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #6: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 73 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 634309
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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