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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with two H18 and two R1-32 Fabs | ||||||||||||
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![]() | Spike protein / RBD / Antibody / Fab / Viral protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | ||||||||||||
![]() | Yan Q / Gao X / Liu B / Hou R / He P / Li Z / Chen Q / Wang J / He J / Chen L ...Yan Q / Gao X / Liu B / Hou R / He P / Li Z / Chen Q / Wang J / He J / Chen L / Zhao J / Xiong X | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Antibodies utilizing VL6-57 light chains target a convergent cryptic epitope on SARS-CoV-2 spike protein helping to drive the genesis of Omicron variants 著者: Yan Q / Gao X / Liu B / Hou R / He P / Ma Y / Zhang Y / Zhang Y / Li Z / Chen Q / Wang J / Huang X / Liang H / Zheng H / Yao Y / Chen X / Niu X / He J / Chen L / Zhao J / Xiong X | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 42.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 77.7 MB 77.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8zhlMC ![]() 8zhdC ![]() 8zheC ![]() 8zhfC ![]() 8zhgC ![]() 8zhhC ![]() 8zhiC ![]() 8zhjC ![]() 8zhkC ![]() 8zhmC ![]() 8zhnC ![]() 8zhoC ![]() 8zhpC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.488 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60107_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60107_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with two H18 and two R1-3...
+超分子 #1: SARS-CoV-2 spike trimer (6P) in complex with two H18 and two R1-3...
+超分子 #2: SARS-CoV-2 spike trimer (6P)
+超分子 #3: H18 Fab
+超分子 #4: R1-32 Fab
+分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin,Expression Tag
+分子 #2: Heavy chain of R1-32 Fab
+分子 #3: Light chain of R1-32 Fab
+分子 #4: Light chain of H18 Fab
+分子 #5: Heavy chain of H18 Fab
+分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |