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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge Central fiber (gp20) | |||||||||
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![]() | Mycobacteriophage / phage structure / Icosahedral / cryo-EM / protein assembly / VIRUS / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.26 Å | |||||||||
![]() | Maharana J / Wang CH / Tsai LA / Lowary TL / Ho MC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mycobacteriophage cryo-EM studies reveal the siphophage architecture at the amino acid level and its host interaction for viral genome ejection 著者: Maharana J / Wang CH / Tsai LA / Lowary TL / Ho MC | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 858.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 20.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 844.8 MB 844.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.061 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60001_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60001_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
超分子 | 名称: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 246196 / 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Central Fiber Protein (gp20)
分子 | 名称: Central Fiber Protein (gp20) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 92.774414 KDa |
配列 | 文字列: MTMPNGSGGL DPGAWLSHWV NQADLSSLAG RTEDEVRAYF ENLVQADSGW GDASNTFFNL ILGGFQNLSE FVTLIVQAVT GAPGGLTDL QAFLTERWGD LADAFQAVAN LIDAIAGEVG SSLADAIAKL ATFLTELSPL NAGMLFGLIG TNHLPLLSVS H IANINPEL ...文字列: MTMPNGSGGL DPGAWLSHWV NQADLSSLAG RTEDEVRAYF ENLVQADSGW GDASNTFFNL ILGGFQNLSE FVTLIVQAVT GAPGGLTDL QAFLTERWGD LADAFQAVAN LIDAIAGEVG SSLADAIAKL ATFLTELSPL NAGMLFGLIG TNHLPLLSVS H IANINPEL LVNAGFDSDV SVVDNPYWDW DGTVGRTAPL GAVKVVADGT IKDLLSGPDA IPVVEGQKLN VSAWLKYSGL VA GAGAGSI RLSGTAYSAD GEVVAYPDFG GIPDGASGTS DWTQVTGQYV VPAGVTQFRL RLSVRENATG GTVWFDDCSV KKA GLLPQG LVDGLVQALS DLLTWLESLV DNVLSALGLD PIGTIVDKIL DLADEFGDWL GATEDTAANL SNLLTKLLSD PASV IGPLA QSMITGLTGA LGNLNTAINQ IGDVLVGTVV TPINSAISNV IDWFNSLLNF QDTTTSNQIN QQNFQIATLA SGIKK QQWE CRYSTAFVTF PEMFCDWGFA LGGTTGAQST GTAHTHTLNT DGLAALQIQI LPAGYAIGGY IGISDTTIVD TIAMKM YKE TSSAINNVYL EVFREDSTGA LTSVGSVDVS GQLTTASDYV EATLPAGVIV NAGERYVVRM RNATTVGNRV GVSVMKE LV GGRELSIRTE TATDSNKTFY TPSEVLTAQG VSVIMPWAMM AAKNLATTDQ SFSDDFNRSA MGGLWFLKSD TGTNQVGV S GGRAAFSGLT DGNQNALYIR PTAGDKQWVE ATLYETGIAA SGAREGLLMH ANRDLSQVVY LGVNLNTAKI YTGPWNSLT ERASVSTTGN DVLWQMYFDP ATAAYTVLKN GQASGLTWTD SGSVVAHGPN YRFGGLRISR ATFFNAGRID NWTLKDWA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.43 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |