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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5990 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of quasi-human papillomavirus 16 complexed with Fab H16.1A | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of quasi-HPV16-Fab1A complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | neutralization / quasi-human papillomavirus 16 / H16.1A | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) / Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Guan J / Brendle S / Bywaters S / Lee H / Ashley RE / Conway JF / Makhov AM / Christensen N / Hafenstein S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2015 タイトル: Structural comparison of four different antibodies interacting with human papillomavirus 16 and mechanisms of neutralization. 著者: Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Hyunwook Lee / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to solve the structures of human papillomavirus type 16 (HPV16) complexed with fragments of antibody (Fab) from three different neutralizing monoclonals ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to solve the structures of human papillomavirus type 16 (HPV16) complexed with fragments of antibody (Fab) from three different neutralizing monoclonals (mAbs): H16.1A, H16.14J, and H263.A2. The structure-function analysis revealed predominantly monovalent binding of each Fab with capsid interactions that involved multiple loops from symmetry related copies of the major capsid protein. The residues identified in each Fab-virus interface map to a conformational groove on the surface of the capsomer. In addition to the known involvement of the FG and HI loops, the DE loop was also found to constitute the core of each epitope. Surprisingly, the epitope mapping also identified minor contributions by EF and BC loops. Complementary immunological assays included mAb and Fab neutralization. The specific binding characteristics of mAbs correlated with different neutralizing behaviors in pre- and post-attachment neutralization assays. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5990.map.gz | 465.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5990-v30.xml emd-5990.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5990.jpg | 365.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5990 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5990 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5990_validation.pdf.gz | 330.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5990_full_validation.pdf.gz | 330.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5990_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5990 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5990 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 808.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of quasi-HPV16-Fab1A complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Quasi-HPV16 complex with Fab H16.1A
全体 | 名称: Quasi-HPV16 complex with Fab H16.1A |
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要素 |
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-超分子 #1000: Quasi-HPV16 complex with Fab H16.1A
超分子 | 名称: Quasi-HPV16 complex with Fab H16.1A / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Three hundred H16.1A Fabs bind to one HPV16 capsid Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Human papillomavirus 16
超分子 | 名称: Human papillomavirus 16 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: Isolated by gradient centrifugation. / NCBI-ID: 337041 / 生物種: Human papillomavirus 16 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
分子量 | 理論値: 27.8 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: L1 L2 / 直径: 720 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: H16.1A Fab
分子 | 名称: H16.1A Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2013年1月9日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 実像数: 50 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: auto3dem |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: auto3dem / 使用した粒子像数: 2300 |