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万見
- EMDB-5917: Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5917
タイトルEncapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus
マップデータReconstruction of the encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus
試料
  • 試料: Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus
  • タンパク質・ペプチド: Encapsulin
キーワードencapsulin / Myxococcus xanthus / HK-97 fold / protein-bound organelle / iron storage
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / encapsulin nanocompartment / peptidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / defense response to bacterium / Type 1 encapsulin shell protein EncA
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者McHugh CA / Fontana J / Lam AS / Cheng N / Aksyuk AA / Steven AC / Hoiczyk E
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2014
タイトル: A virus capsid-like nanocompartment that stores iron and protects bacteria from oxidative stress.
著者: Colleen A McHugh / Juan Fontana / Daniel Nemecek / Naiqian Cheng / Anastasia A Aksyuk / J Bernard Heymann / Dennis C Winkler / Alan S Lam / Joseph S Wall / Alasdair C Steven / Egbert Hoiczyk /
要旨: Living cells compartmentalize materials and enzymatic reactions to increase metabolic efficiency. While eukaryotes use membrane-bound organelles, bacteria and archaea rely primarily on protein-bound ...Living cells compartmentalize materials and enzymatic reactions to increase metabolic efficiency. While eukaryotes use membrane-bound organelles, bacteria and archaea rely primarily on protein-bound nanocompartments. Encapsulins constitute a class of nanocompartments widespread in bacteria and archaea whose functions have hitherto been unclear. Here, we characterize the encapsulin nanocompartment from Myxococcus xanthus, which consists of a shell protein (EncA, 32.5 kDa) and three internal proteins (EncB, 17 kDa; EncC, 13 kDa; EncD, 11 kDa). Using cryo-electron microscopy, we determined that EncA self-assembles into an icosahedral shell 32 nm in diameter (26 nm internal diameter), built from 180 subunits with the fold first observed in bacteriophage HK97 capsid. The internal proteins, of which EncB and EncC have ferritin-like domains, attach to its inner surface. Native nanocompartments have dense iron-rich cores. Functionally, they resemble ferritins, cage-like iron storage proteins, but with a massively greater capacity (~30,000 iron atoms versus ~3,000 in ferritin). Physiological data reveal that few nanocompartments are assembled during vegetative growth, but they increase fivefold upon starvation, protecting cells from oxidative stress through iron sequestration.
履歴
登録2014年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月30日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2014年9月10日-
現状2014年9月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4pt2
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4pt2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5917.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5917.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.102 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-5.19883728 - 22.0062809
平均 (標準偏差)0.0 (±0.936252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-224-224
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 493.69598 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1021.1021.102
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z493.696493.696493.696
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-224-224-224
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-5.19922.006-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus

全体名称: Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus
要素
  • 試料: Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus
  • タンパク質・ペプチド: Encapsulin

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超分子 #1000: Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus

超分子名称: Encapsulin protein (EncA) from Myxococcus xanthus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral / Number unique components: 1
分子量理論値: 32 KDa

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分子 #1: Encapsulin

分子名称: Encapsulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EncA / コピー数: 1 / 集合状態: Icosahedral / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK 1622
分子量理論値: 32 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET12a-3556
配列UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein EncA / GO: defense response to bacterium, peptidase activity / InterPro: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 10 mM Tris, 10 mM MgCl2
グリッド詳細: 400 mesh carbon grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 83 K / 装置: LEICA KF80

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2012年12月3日
撮影デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 157 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 57620 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.65 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Bsoft package was used.
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: bsoft
詳細: Final map was calculated dividing particles into two independent data sets
使用した粒子像数: 14000
最終 角度割当詳細: bsoft
最終 2次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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