[日本語] English
万見
- EMDB-55519: cryo-EM structure of CPSF160-WDR33-ZC3H18 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55519
タイトルcryo-EM structure of CPSF160-WDR33-ZC3H18
マップデータ
試料
  • 複合体: CPSF160-WDR33 core complex with ZC3H18
    • 複合体: CPSF160-WDR33 core complex
      • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
    • 複合体: ZC3H18
      • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Zinc finger CCCH domain-containing protein 18
キーワードZC3H18 / CPSF160 / WDR33 / Complex / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cap binding complex binding / RNA destabilization / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cap binding complex binding / RNA destabilization / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / DNA damage tolerance / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / fibrillar center / mRNA processing / outer membrane-bounded periplasmic space / spermatogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / E3 ligase, CCCH-type zinc finger / CCCH-type zinc finger / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Zinc finger C3H1-type profile. ...: / E3 ligase, CCCH-type zinc finger / CCCH-type zinc finger / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Zinc finger C3H1-type profile. / : / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 18 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kuhn CC / Chand MK / Todesca S / Williams K / Keidel A / Garland W / Jensen TH / Conti E
資金援助 ドイツ, European Union, デンマーク, 5件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)740329European Union
European Research Council (ERC)101054447European Union
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
Novo Nordisk Foundation31199 デンマーク
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Direct coupling of the human nuclear exosome adaptors NEXT and PAXT with transcription termination and processing machineries.
著者: Christopher C Kuhn / Mahesh K Chand / Sofia Todesca / Kathryn Williams / Achim Keidel / William Garland / Torben H Jensen / Elena Conti /
要旨: In human cells, the Nuclear EXosome Targeting (NEXT) and Poly(A) tail eXosome Targeting (PAXT) adaptors direct the nuclear exosome to degrade prematurely terminated RNA Polymerase II (Pol II) ...In human cells, the Nuclear EXosome Targeting (NEXT) and Poly(A) tail eXosome Targeting (PAXT) adaptors direct the nuclear exosome to degrade prematurely terminated RNA Polymerase II (Pol II) transcripts, ensuring nuclear RNA quality control. How these adaptors interact with transcription termination machineries remains largely unclear. Here, we leveraged in silico structure predictions of protein complexes to identify and model previously unreported interactions of NEXT- and PAXT-associated components with two transcription termination and processing machineries, the Integrator and Cleavage and Polyadenylation (CPA) complexes. Our computational models were validated through complementary in vitro biochemical approaches and single-particle cryo-EM analyses. We show that the ZC3H18 protein uses two different domains to directly recognize the INTS9/11 endonuclease module of Integrator and the mammalian Polyadenylation Specificity Factor (mPSF), a core CPA component. In turn, ZC3H18 can directly bind the scaffolding subunits of NEXT and PAXT via mutually exclusive interactions. Furthermore, we provide evidence that accessory PAXT components can be directly integrated with the mPSF core, establishing configurations that are mutually exclusive with those of canonical CPA subunits. These findings reveal a versatile interaction network capable of forming alternative structural frameworks linking transcription termination with nuclear RNA quality control.
履歴
登録2025年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_55519.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.48 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.48 Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.11113988 - 0.4172311
平均 (標準偏差)0.00017531494 (±0.00783864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_55519_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_55519_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : CPSF160-WDR33 core complex with ZC3H18

全体名称: CPSF160-WDR33 core complex with ZC3H18
要素
  • 複合体: CPSF160-WDR33 core complex with ZC3H18
    • 複合体: CPSF160-WDR33 core complex
      • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
    • 複合体: ZC3H18
      • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Zinc finger CCCH domain-containing protein 18

-
超分子 #1: CPSF160-WDR33 core complex with ZC3H18

超分子名称: CPSF160-WDR33 core complex with ZC3H18 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: ZC3H18 uses two anchor points to interact with CPSF160
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #2: CPSF160-WDR33 core complex

超分子名称: CPSF160-WDR33 core complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: ZC3H18

超分子名称: ZC3H18 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 161.074234 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES ...文字列:
MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES LAEEHEGLVG EGQRSSFLPS YIIDVRALDE KLLNIIDLQF LHGYYEPTLL ILFEPNQTWP GRVAVRQDTC SI VAISLNI TQKVHPVIWS LTSLPFDCTQ ALAVPKPIGG VVVFAVNSLL YLNQSVPPYG VALNSLTTGT TAFPLRTQEG VRI TLDCAQ ATFISYDKMV ISLKGGEIYV LTLITDGMRS VRAFHFDKAA ASVLTTSMVT MEPGYLFLGS RLGNSLLLKY TEKL QEPPA SAVREAADKE EPPSKKKRVD ATAGWSAAGK SVPQDEVDEI EVYGSEAQSG TQLATYSFEV CDSILNIGPC ANAAV GEPA FLSEEFQNSP EPDLEIVVCS GHGKNGALSV LQKSIRPQVV TTFELPGCYD MWTVIAPVRK EEEDNPKGEG TEQEPS TTP EADDDGRRHG FLILSREDST MILQTGQEIM ELDTSGFATQ GPTVFAGNIG DNRYIVQVSP LGIRLLEGVN QLHFIPV DL GAPIVQCAVA DPYVVIMSAE GHVTMFLLKS DSYGGRHHRL ALHKPPLHHQ SKVITLCLYR DLSGMFTTES RLGGARDE L GGRSGPEAEG LGSETSPTVD DEEEMLYGDS GSLFSPSKEE ARRSSQPPAD RDPAPFRAEP THWCLLVREN GTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLK VRFKKVPHNI NFREKKPKPS KKKAEGGGAE EGAGARGRVA RFRYFEDIYG YSGVFICGPS PHWLLVTGRG A LRLHPMAI DGPVDSFAPF HNVNCPRGFL YFNRQGELRI SVLPAYLSYD APWPVRKIPL RCTAHYVAYH VESKVYAVAT ST NTPCARI PRMTGEEKEF ETIERDERYI HPQQEAFSIQ LISPVSWEAI PNARIELQEW EHVTCMKTVS LRSEETVSGL KGY VAAGTC LMQGEEVTCR GRILIMDVIE VVPEPGQPLT KNKFKVLYEK EQKGPVTALC HCNGHLVSAI GQKIFLWSLR ASEL TGMAF IDTQLYIHQM ISVKNFILAA DVMKSISLLR YQEESKTLSL VSRDAKPLEV YSVDFMVDNA QLGFLVSDRD RNLMV YMYL PEAKESFGGM RLLRRADFHV GAHVNTFWRT PCRGATEGLS KKSVVWENKH ITWFATLDGG IGLLLPMQEK TYRRLL MLQ NALTTMLPHH AGLNPRAFRM LHVDRRTLQN AVRNVLDGEL LNRYLYLSTM ERSELAKKIG TTPDIILDDL LETDRVT AH F

UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

-
分子 #2: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

分子名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal TwinStrep tag, C-terminal FLAG-tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.164035 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTAGLEVLFQ GPDVPMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFD GKRMRKAVNR KTIDYNPSVI KYLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS T NKVKCPVF ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTAGLEVLFQ GPDVPMATEI GSPPRFFHMP RFQHQAPRQL FYKRPDFAQQ QAMQQLTFD GKRMRKAVNR KTIDYNPSVI KYLENRIWQR DQRDMRAIQP DAGYYNDLVP PIGMLNNPMN AVTTKFVRTS T NKVKCPVF VVRWTPEGRR LVTGASSGEF TLWNGLTFNF ETILQAHDSP VRAMTWSHND MWMLTADHGG YVKYWQSNMN NV KMFQAHK EAIREASFSP TDNKFATCSD DGTVRIWDFL RCHEERILRG HGADVKCVDW HPTKGLVVSG SKDSQQPIKF WDP KTGQSL ATLHAHKNTV MEVKLNLNGN WLLTASRDHL CKLFDIRNLK EELQVFRGHK KEATAVAWHP VHEGLFASGG SDGS LLFWH VGVEKEVGGM EMAHEGMIWS LAWHPLGHIL CSGSNDHTSK FWTRNRPGDK MRDDYKDDDD K

UniProtKB: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

-
分子 #3: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Zinc finger CCCH...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Zinc finger CCCH domain-containing protein 18
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: sample post-3C-cleavage, fusion protein: ZC3H18_101-135-(GSGSGSGS)-ZC3H18_805-830,sample post-3C-cleavage, fusion protein: ZC3H18_101-135-(GSGSGSGS)-ZC3H18_805-830,sample post-3C-cleavage, ...詳細: sample post-3C-cleavage, fusion protein: ZC3H18_101-135-(GSGSGSGS)-ZC3H18_805-830,sample post-3C-cleavage, fusion protein: ZC3H18_101-135-(GSGSGSGS)-ZC3H18_805-830,sample post-3C-cleavage, fusion protein: ZC3H18_101-135-(GSGSGSGS)-ZC3H18_805-830
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.94675 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGKI EEGKLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK LEEKFPQVAA TGDGPDIIFW AHDRFGGYAQ SGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LPNPPKTWEE IPALDKELKA KGKSALMFNL Q EPYFTWPL ...文字列:
MHHHHHHGKI EEGKLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK LEEKFPQVAA TGDGPDIIFW AHDRFGGYAQ SGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LPNPPKTWEE IPALDKELKA KGKSALMFNL Q EPYFTWPL IAADGGYAFK YENGKYDIKD VGVDNAGAKA GLTFLVDLIK NKHMNADTDY SIAEAAFNKG ETAMTINGPW AW SNIDTSK VNYGVTVLPT FKGQPSKPFV GVLSAGINAA SPNKELAKEF LENYLLTDEG LEAVNKDKPL GAVALKSYEE ELA KDPRIA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD EALKDAQTNS SSNNNNTSLE VLFQGPDSMG DEGE EDRTS DLRDEASSVT RELDEHELDY DEEVPGSGSG SGSPQQGTFV AHKEIKLTLL NKAADKGSR

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Zinc finger CCCH domain-containing protein 18, Zinc finger CCCH domain-containing protein 18

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium cloride
5.0 mMMgCl2magnesium cloride
0.04 %14H28O6n-octyl-beta-d-glucoside

詳細: 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 61.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1512004
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る