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- EMDB-55517: Structure of human HER2 in complex with EPS232 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55517
タイトルStructure of human HER2 in complex with EPS232 Fab
マップデータMain Post-processed map for HER2 in complex with EPS232 Fab
試料
  • 複合体: Human HER2 in complex with EPS232 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: EPS232 Fab HC
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードAntibody Fab / Complex / cancer / extracellular domain. / ANTITUMOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / GRB7 events in ERBB2 signaling / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / Developmental Lineage of Mammary Stem Cells / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / GRB7 events in ERBB2 signaling / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / Developmental Lineage of Mammary Stem Cells / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of microtubule-based process / PLCG1 events in ERBB2 signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of Rho protein signal transduction / neuromuscular junction development / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ERBB2 Regulates Cell Motility / Developmental Lineage of Mammary Gland Myoepithelial Cells / oligodendrocyte differentiation / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / regulation of angiogenesis / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / coreceptor activity / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / myelination / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / basal plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of translation / neuromuscular junction / wound healing / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / neuron differentiation / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / protein phosphorylation / early endosome / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / signaling receptor complex / endosome membrane / apical plasma membrane / intracellular signal transduction / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Birtley J / Johnson RM / Regan L / Soni K / Pye VE / Fitzgerald K
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2026
タイトル: Elucidating the relationship between affinity and potency in the performance of therapeutic IgE.
著者: Francesca Marano / Callum McKenzie / James R Birtley / Sadaf A Hussain / Olivia Macleod / Alexander Goodacre / Shuang Wu / Oliver E Amin / Nikhil Faulkner / John Devlin / Liam Regan / Komal ...著者: Francesca Marano / Callum McKenzie / James R Birtley / Sadaf A Hussain / Olivia Macleod / Alexander Goodacre / Shuang Wu / Oliver E Amin / Nikhil Faulkner / John Devlin / Liam Regan / Komal Soni / Rachel M Johnson / Valerie E Pye / Tim Wilson / Elizabeth Hardaker / Kevin FitzGerald /
要旨: IgE antibodies exert strong immunostimulatory effects and their anti-tumour effectiveness is currently being assessed in clinical trials. The high affinity of IgE for FcεRI may result in the binding ...IgE antibodies exert strong immunostimulatory effects and their anti-tumour effectiveness is currently being assessed in clinical trials. The high affinity of IgE for FcεRI may result in the binding of exogenously delivered antibody to effector cells prior to antigen engagement, potentially leading to IgE being presented multivalently to cancer cells. With the presumed higher avidity of antigen binding it is unclear whether increasing monovalent affinity of IgE improves anti-tumour functionality. To address this, we affinity-matured an anti-HER2 IgE, generating 12 clones with increased affinity for HER2. These clones were more potent than the parental antibody in inducing mast cell degranulation, with the most potent, EPS 232, achieving enhanced antibody-dependent cytotoxicity and phagocytosis of HER2-expressing cancer cells. EPS 232 delivered superior tumour growth inhibition in vivo, including in models expressing ultra-low levels of HER2, and it promoted greater infiltration of T cells and macrophages into tumours. These findings suggest that for therapeutic IgE, increasing antigen-binding affinity can lead to functional enhancements.
履歴
登録2025年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main Post-processed map for HER2 in complex with EPS232 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 279.936 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 279.936 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 279.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.729 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0067
最小 - 最大-0.025741586 - 0.03504571
平均 (標準偏差)0.000022038485 (±0.00052211864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 279.93597 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_55517_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened refine3D map for HER2 in complex with EPS232 Fab

ファイルemd_55517_additional_1.map
注釈Unsharpened refine3D map for HER2 in complex with EPS232 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 for HER2 in complex with EPS232 Fab

ファイルemd_55517_half_map_1.map
注釈Half map 1 for HER2 in complex with EPS232 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for HER2 in complex with EPS232 Fab

ファイルemd_55517_half_map_2.map
注釈Half map 2 for HER2 in complex with EPS232 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human HER2 in complex with EPS232 Fab

全体名称: Human HER2 in complex with EPS232 Fab
要素
  • 複合体: Human HER2 in complex with EPS232 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: EPS232 Fab HC
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

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超分子 #1: Human HER2 in complex with EPS232 Fab

超分子名称: Human HER2 in complex with EPS232 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ig-like domain-containing protein

分子名称: Ig-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.67699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG SYNLVSWYQQ HPGKAPKLMI YTVSNRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYTSSSSL VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG SYNLVSWYQQ HPGKAPKLMI YTVSNRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYTSSSSL VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #2: EPS232 Fab HC

分子名称: EPS232 Fab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.701863 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWIGW INAGNGNTKY SQKFQGRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAVYYCARD FSSQVATAAV DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWIGW INAGNGNTKY SQKFQGRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAVYYCARD FSSQVATAAV DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTS GQAGQHHHHH HG AEQKLIS EEDLGGLNDI FEAQKIEWHE

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分子 #3: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

分子名称: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.249711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ...文字列:
TQVCTGTDMK LRLPASPETH LDMLRHLYQG CQVVQGNLEL TYLPTNASLS FLQDIQEVQG YVLIAHNQVR QVPLQRLRIV RGTQLFEDN YALAVLDNGD PLNNTTPVTG ASPGGLRELQ LRSLTEILKG GVLIQRNPQL CYQDTILWKD IFHKNNQLAL T LIDTNRSR ACHPCSPMCK GSRCWGESSE DCQSLTRTVC AGGCARCKGP LPTDCCHEQC AAGCTGPKHS DCLACLHFNH SG ICELHCP ALVTYNTDTF ESMPNPEGRY TFGASCVTAC PYNYLSTDVG SCTLVCPLHN QEVTAEDGTQ RCEKCSKPCA RVC YGLGME HLREVRAVTS ANIQEFAGCK KIFGSLAFLP ESFDGDPASN TAPLQPEQLQ VFETLEEITG YLYISAWPDS LPDL SVFQN LQVIRGRILH NGAYSLTLQG LGISWLGLRS LRELGSGLAL IHHNTHLCFV HTVPWDQLFR NPHQALLHTA NRPED ECVG EGLACHQLCA RGHCWGPGPT QCVNCSQFLR GQECVEECRV LQGLPREYVN ARHCLPCHPE CQPQNGSVTC FGPEAD QCV ACAHYKDPPF CVARCPSGVK PDLSYMPIWK FPDEEGACQP CPINCTHSCV DLDDKGCPAE QRASPLTHHH HHH

UniProtKB: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 25 mAU
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10400 / 平均露光時間: 4.39 sec. / 平均電子線量: 49.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1662836
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 179482
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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