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- EMDB-54657: Composite map of the A. thaliana nuclera pore complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54657
タイトルComposite map of the A. thaliana nuclera pore complex
マップデータComposite NPC map
試料
  • 複合体: Nuclear pore complex
キーワードnuclear pore complex / NUCLEAR PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of auxin mediated signaling pathway / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / long-day photoperiodism, flowering / nuclear pore transmembrane ring / zygote asymmetric cell division / induced systemic resistance / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / vegetative to reproductive phase transition of meristem / systemic acquired resistance / innate immune response-activating signaling pathway ...negative regulation of auxin mediated signaling pathway / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / long-day photoperiodism, flowering / nuclear pore transmembrane ring / zygote asymmetric cell division / induced systemic resistance / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / vegetative to reproductive phase transition of meristem / systemic acquired resistance / innate immune response-activating signaling pathway / nuclear pore inner ring / nuclear pore organization / developmental process / response to auxin / embryo development ending in seed dormancy / plasmodesma / response to abscisic acid / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / vesicle-mediated transport / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / nuclear periphery / response to cold / response to bacterium / circadian regulation of gene expression / defense response / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein import into nucleus / ubiquitin-protein transferase activity / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / nucleic acid binding / protein-macromolecule adaptor activity / protein ubiquitination / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein NUP160 / Nuclear pore complex protein NUP214 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / NUP160, helical domain / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Aladin seven-bladed propeller / Nucleoporin, NUP53 / Aladin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly ...Nuclear pore complex protein NUP160 / Nuclear pore complex protein NUP214 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / NUP160, helical domain / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Aladin seven-bladed propeller / Nucleoporin, NUP53 / Aladin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly / Nucleoporin Nup88 / Nuclear pore component / : / : / Nup160 C-terminal TPR / NUP160/120 middle TPR / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup188 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Sec13/Seh1 family / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / RNA-binding domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein NUP155 / Nuclear pore complex protein NUP214 / Nuclear pore complex protein NUP133 / Nucleoporin (DUF3414) / Nuclear pore complex protein NUP205 / Nuclear pore complex protein NUP35 / Nuclear pore complex protein NUP93A / Protein transport protein SEC13 homolog B / Nuclear pore complex protein NUP43 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 ...Nuclear pore complex protein NUP155 / Nuclear pore complex protein NUP214 / Nuclear pore complex protein NUP133 / Nucleoporin (DUF3414) / Nuclear pore complex protein NUP205 / Nuclear pore complex protein NUP35 / Nuclear pore complex protein NUP93A / Protein transport protein SEC13 homolog B / Nuclear pore complex protein NUP43 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / Aladin / Nuclear pore complex protein NUP54 / Nuclear pore complex protein NUP107 / Nuclear pore complex protein NUP62 / Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein / Nuclear pore complex protein NUP96 / Nuclear pore complex protein NUP85 / Protein SEH1 / Nuclear pore complex protein NUP160 / Nuclear pore complex protein NUP88
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Sanchez Carrillo IB / Hoffmann PC / Obarska-Kosinska A / Fourcassie V / Beck M / Germain H
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)101054823European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 33-2021European Union
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2025
タイトル: In situ architecture of the nuclear pore complex of the higher plant Arabidopsis thaliana.
著者: Ingrid Berenice Sanchez Carrillo / Patrick C Hoffmann / Agnieszka Obarska-Kosinska / Victor Fourcassié / Martin Beck / Hugo Germain /
要旨: The nucleus is enclosed by the nuclear envelope, which contains nuclear pore complexes (NPCs). While NPCs have been well studied in vertebrates, yeast and algae, in situ structural data for higher ...The nucleus is enclosed by the nuclear envelope, which contains nuclear pore complexes (NPCs). While NPCs have been well studied in vertebrates, yeast and algae, in situ structural data for higher plants is lacking. Here we show that individual nucleoporins of Arabidopsis thaliana and humans exhibit high structural similarity. We report an in situ NPC structure of higher plants, derived from A. thaliana root protoplasts using cryo-electron tomography, subtomogram averaging and homology-based integrative modelling. We present the AtNPC model based on predictions of A. thaliana nucleoporins (NUPs), supported by mass spectrometry. Here the AtNPC scaffold contains one Y-complex ring at the cytosolic and two at the nuclear ring. The AtNPC contains prominent NUP155 connector elements that are conserved in human NPCs but not in Chlamydomonas reinhardtii NPCs. Our model suggests that the ELYS homologue HOS1 plays an important role in the head-to-tail connection of Y-complexes in AtNPCs.
履歴
登録2025年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite NPC map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 1740.8 Å		8.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 1740.8 Å		8.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 1740.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.704 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.33343223 - 0.38045403
平均 (標準偏差)0.0027647496 (±0.025010884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1740.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear pore complex

全体名称: Nuclear pore complex
要素
  • 複合体: Nuclear pore complex

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超分子 #1: Nuclear pore complex

超分子名称: Nuclear pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 5.7
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Cryo-FIB lamellae of isolated A.thaliana root protoplasts

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: novaSTA / 詳細: composite map / 使用したサブトモグラム数: 632
抽出トモグラム数: 37 / 使用した粒子像数: 79 / ソフトウェア - 名称: novaSTA
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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