[日本語] English
万見
- EMDB-54340: Ancestral Group III Chaperonin (ACIII) Double-Ring in Open Confor... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54340
タイトルAncestral Group III Chaperonin (ACIII) Double-Ring in Open Conformation including the Equatorial and Intermediate Domains (residues 12-200 and 356-507)
マップデータAncestral Group III Chaperonin (ACIII) Double Ring in Open Conformation
試料
  • 複合体: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)
    • タンパク質・ペプチド: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
キーワードChaperonins / Ancestors / Evolution / Cryoelectron Microscopy / CHAPERONE
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Cuellar J / Gutierrez-Seijo J / Severino R / Maestro-Lopez M / Sanchez-Pulido L / Santiago C / Moreno-Paz M / Valpuesta JM / Parro V
資金援助 スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-126746NB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2022-137175NB-I00 スペイン
Other privateRTI2018-094368-B-I00
引用ジャーナル: Mol Biol Evol / 年: 2025
タイトル: Ancestral Chaperonins Provide the First Structural Glimpse into Early Multimeric Protein Evolution.
著者: Rita Severino / Jorge Cuéllar / Jorge Gutiérrez-Seijo / Moisés Maestro-López / Luis Sánchez-Pulido / César Santiago / Mercedes Moreno-Paz / José María Valpuesta / Víctor Parro /
要旨: Chaperonins are essential protein-folding machines, classified into three structural and phylogenetic groups: Group I (bacterial GroEL), Group II (archaeal thermosome and eukaryotic CCT), and Group ...Chaperonins are essential protein-folding machines, classified into three structural and phylogenetic groups: Group I (bacterial GroEL), Group II (archaeal thermosome and eukaryotic CCT), and Group III (bacterial thermosome-like). Using ancestral sequence reconstruction (ASR) and protein resurrection, we inferred and experimentally characterized the last common ancestors of these groups (ancestral chaperonins ACI, ACII, and ACIII). The resurrected proteins exhibited ATPase activity (except ACII) and protected client proteins from heat-induced inactivation. Structural analyses by electron microscopy and Cryo-EM revealed that ACI forms single 7-mer rings, whereas ACII adopts a mixed population of single/double 8-mer rings, representing the first experimental observation of intermediate oligomeric states. ACII also features a unique cochaperonin-independent closure mechanism, distinct from modern Group I and II chaperonins. Together, these findings provide the experimental structural reconstruction of the most ancient and complex multimeric proteins so far, uncover novel intermediate states in chaperonin evolution, and offer a direct empirical framework for studying the emergence of multimeric complexity in early cellular life.
履歴
登録2025年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_54340.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ancestral Group III Chaperonin (ACIII) Double Ring in Open Conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 360 pix.
= 331.56 Å		0.92 Å/pix.
x 360 pix.
= 331.56 Å		0.92 Å/pix.
x 360 pix.
= 331.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.921 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0387
最小 - 最大-0.0018002397 - 1.8866999
平均 (標準偏差)0.0029345877 (±0.039983828)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 331.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_54340_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_54340_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_54340_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

全体名称: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)
要素
  • 複合体: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)
    • タンパク質・ペプチド: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)

-
超分子 #1: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)

超分子名称: Ancestral Fibrobacteres-Chlorobi-Bacteroidetes Group Chaperonin (AFCB)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 889 KDa

-
分子 #1: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)

分子名称: Ancestral Group II Chaperonin (ACII) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 55.676984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPLKQASSNT EADERFQALL TNVNAVRAIA DAVEGTLGPK GLDVMLVDKF GEVTITNDGV TILDQMDVQH PAARMLIQVA RAQEEEVGD GTTTATVLAG ALVSEGVNQV EQGVPVSRVI EGLRRGVERA LELLRKQALP VEGLDDPRLR AVARIAARER E DIADLVVE ...文字列:
MPLKQASSNT EADERFQALL TNVNAVRAIA DAVEGTLGPK GLDVMLVDKF GEVTITNDGV TILDQMDVQH PAARMLIQVA RAQEEEVGD GTTTATVLAG ALVSEGVNQV EQGVPVSRVI EGLRRGVERA LELLRKQALP VEGLDDPRLR AVARIAARER E DIADLVVE AARHIGEDKL QDPNFKLADT VTAREGAENQ VIEGVVLNKQ PLNKEMPKKL EDARVLVLDD PLEPEEIDEE AL STEAGFA RYLEAQEEFR ENLEKLVELG VKLVLCEKGI DDTAEELLAE AGIMAIQRVS RKDLERVAEF TGARPVKRTA LNK DAEELA KLLGHAERVR YDEKLEHVCL SGGSGEPIAT VLVGAATEEV VGERERVAKD AASAVQAAIR GGVVPGGGAA ELAV AREVE KLAEEVKGME RYGVEAVAEA LKKPLRQIVA NAGFNPLEKL GDLRAAHRTG NDSLGIDCDT GEVVDMWEAG VIDPA PVKL HALKAAGEVA AAILRINTII KMKETGPDGG EDRG

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 504265
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 3.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSparc Initial Model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 40850
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 5.0), cryoSPARC (ver. 4.0))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.8.96)
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9rwq:
Ancestral Group III Chaperonin (ACIII) Double-Ring in Open Conformation including the Equatorial and Intermediate Domains (residues 12-200 and 356-507)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る